努爾哈赤所建的八旗，其成員絕大多數是滿洲人，又稱滿洲八旗，各旗也有少數蒙古人和漢人。皇太極即位後，在滿洲八旗的基礎上，於天聰九年(1635年)建立蒙古八旗(2萬5千人)，此後又於崇德七年(1642年)建立漢軍八旗(3萬3千人)。加上原有的滿洲八旗，合滿、蒙、漢共二十四旗。這就使八旗制度臻於完備，武裝力量不斷擴大。
漢軍八旗的始創，應該從恭順王孔有德、懷順王耿仲明、智順王尚可喜先後率部眾來降談起。“三順王”降後金是當時具有重大意義的事件，極大地壯大了皇太極的軍事力量，與皇太極編制漢軍八旗有著十分密切的聯絡。
孔有德(1602-1652年)、耿仲明(1604-1649年)，均為遼東人。努爾哈赤攻克遼東，孔、耿二人投奔皮島(遼寧南大海中)明總兵毛文龍麾下。由於毛文龍屢為後金所敗，後被袁崇煥所殺。孔耿又投奔登州巡撫孫元化。天聰五年（1631年），皇太極率兵圍大淩河城，孫元化派孔有德率兵3000增援，在海中遇到颶風，差點喪命。十一月，孫元化又派孔有德率800騎兵增援。孔有德心中有怨恨，又沒有糧食，軍心混亂，於是聯合參將李九成宣佈判明。孔有德率軍以耿仲明為內應，攻克登州。孫元化自殺未遂，孔有德念舊情，沒殺他，讓他乘船離開。孫元化航海到天津，崇禎得報，下令就地處決。
明將祖大壽率兵數萬將登州包圍，雙方相持不下，李九成戰死，孔、耿軍隊終因眾寡懸殊，無法打破明軍的圍攻。兩人感到力不能支，決計突圍投奔後金。
五月，孔、耿率領軍隊到鎮江，皇太極派濟爾哈朗等人迎接。孔、耿這支龐大的隊伍歷經艱險，順利來歸，這對後金是個巨大的鼓舞，皇太極隆禮相待，關懷備至。六月十三日，皇太極按孔、耿原來的自封號，正式宣佈封孔有德為都元帥，耿仲明為總兵官，賜給敕印。其他各官也視功勞分別封賞。不久，孔、耿率軍協同八旗滿洲攻克了旅順城。
天聰八年，明朝廣鹿島副將尚可喜率數千名官兵和百姓叛明來歸。尚可喜，遼東人，崇禎時為明東江總兵官(駐皮島)黃龍部下。孔有德登州叛變後，黃龍提升他為廣鹿島副將。孔有德、耿仲明引後金兵攻旅順，黃龍兵敗自殺。明以沈世奎代黃龍為總兵，部校王廷瑞、袁安幫構陷尚可喜，尚可喜還據廣鹿島。尚與孔、耿都曾是毛文龍的部下，彼此交往很密切。不久他即效法孔、耿的行動，投降了皇太極。
孔有德、耿仲明、尚可喜相繼叛明，明朝用以牽制後金的遼東沿海防線土崩瓦解，而且人心大亂，造成了嚴重的政治影響。
孔、耿、尚歸附後，皇太極對三人極為優待，為他們營建府第，同時保持他們軍隊的編制，讓他們繼續統帥，旗下漢兵沒有遭受滿人歧視之感。這一措施得到廣大漢兵的擁護,“故其將卒皆用命”。對後金來說，這比將漢兵分散到滿洲各旗管轄更有利。另外，皇太極發現三人的軍隊“諳水戰，習地利”，在這些方面均非滿族騎兵可比，確是一支不可忽視的力量。努爾哈赤時代，採取的做法是“俘掠遼瀋之民，悉為滿臣奴隸”，到了皇太極的時候，隨著軍事規模的不斷擴大，皇太極意識到單徵滿洲兵的侷限性，開始打破民族界限著手將他統治下的遼人及歸順的明兵武裝起來，建立漢軍編制。
崇德元年，皇太極封孔有德為恭順王，耿仲明為懷順王，尚可喜為智順王。將漢人組成的部隊特許三人獨立管理，使他們擁有類同八旗旗主一樣的權力。因此，孔、耿、尚等人來歸，成為皇太極編制漢軍旗的最好契機。不久，即天聰七年七月一日，皇太極令分隸滿洲各旗所屬漢人壯丁，每10名抽1丁披甲人伍，共得1580人，組成一旗漢兵，由漢官馬光遠統領，旗幟用黑色。這是正式建漢軍旗之始。
崇德二年(1637年)七月，太宗又把一旗漢軍分作左右翼兩旗，以漢官石廷柱為左翼固山額真，馬光遠為右翼固山額真。崇德四年(1639年)六月，再分二旗為四旗，合計7000人左右。
崇德七年(1642年)六月，也就是皇太極去世的前一年，他將原四旗改編為八旗，稱為八旗漢軍，旗色、名稱、官員設定一如八旗滿洲之制。至此，皇大極完成了對八旗漢軍的建立。皇太極說:“我國出則為兵，入則為民，耕戰二事，未嘗偏廢。”
皇太極建立漢軍與蒙古八旗，既增強了清朝的武裝力量，也對滿、蒙、漢的廣大人民實行了更深的控制，緩解了滿、愛、漢三族之間的矛盾。蒙、漢與八旗滿洲並立，這就從法律和制度上把這種聯合的關係進一步確定下來，標誌著以滿族貴族為核心的，與漢、蒙封建地主階級聯合統治的基礎更廣泛了。
皇太極晚年，他的子侄們在他面前發牢騷說太祖時誅戳漢人，而今漢人有為王者矣，有為昂邦章京者矣，而滿洲宗室卻有為官者，有為民者，“時勢顛倒，一至於此!”但這位遠見卓識的大清帝並未因此動搖其滿、蒙、漢並立的國策。這一國策也為後代的順治、康熙等帝王所繼承，為清初260多年的統治打下了牢固的根基
至於為漢軍八旗的建立立下大功的“三順王”，最後的結局卻都很悲慘。
孔有德入關後隨多爾袞進攻李自成起義軍，又下江南鎮壓南明政權，順治三年封定南王，九年為李定國圍於桂林，自殺。
耿仲明入關後，跟隨孔有德進攻李自成，下江南鎮壓南明政權。順治六年改封靖南王，領兵入廣東，以匿逃人罪自殺于吉安。
尚可喜於順治元年隨阿濟格追擊李自成，三年又隨孔有德南下。順治六年改封平南王、駐廣東。康照十二年，乞歸海城。三藩起事，他仍然忠於朝廷，封平南親王。十五年因子尚之信叛亂，憂而死。
