日本列島發現的最早的水田在繩文時代晚期,距今兩千四百年至兩千五百年前。
保留這一所謂“繩文水田”遺蹟的是福岡市的板付遺蹟和佐賀縣唐津市的菜畑遺蹟。板付遺蹟的水田用板樁排列(板狀的木樁排列)擋土而成的田埂來劃分,並分佈有水渠;水渠上有用木樁加固、調節水量的攔水堰。此處甚至有取水和排水用的出入水口,水利設施相當完備。
被推定為溼地的菜畑遺蹟,幾乎是同樣的構造。這就是說,水田是從朝鮮半島等地跟完善的水利技術一起傳入的。關於水稻的傳入的時間,在過去很長一段時間裡,很多人認為是與公元前5世紀前後從朝鮮半島傳入日本列島。
但日本國立民宿博物館的一個研究小組利用碳14測年法對從箸墓古墳周邊出土的土器上附著的碳化物進行了檢測,據此提出的說法是早在公元前1000年左右稻作就已經傳入日本,比之前的定論更早。除此之外,在岡山縣6000年前的土壤層中也發現了水稻的成分,有人一次推測有可能繩文時代前期就出現了水稻耕作。