科學發現是將事物認識的不確定性變為確定性的過程，從不確定的事物認識到確定的事物認識或從確定的事物認識到不確定事物認識的變化符合科學哲學的轉換原理。以科學哲學的悖論原理為依據，可以把事物分為兩種，一種是確定的事物存在和性質，一種是不確定的事物存在和性質。可以把人們對事物的認識分為兩種，一種是對事物已知的認識，一種是對事物未知的認識。從對事物已知的認識到對事物未知的認識或從對事物未知的認識到對事物已知認識的變化符合科學哲學的轉換原理。哲學家通常把未知的事物定義為自在事物，所有自在事物組成自在的世界，把已知的事物定義為自為事物，所有自為事物組成自為的世界。
事物的概念取決於事物的定義，事物的定義取決於事物的概念，概念和定義的相互決定符合邏輯哲學雙向論的等效原理。可以把科學哲學定義為一門以科學方式解釋哲學和以哲學方式解釋科學的學科，根據不同學科之間概念和定義對應性的等效關係或等效性的對應關係，相應地可以把藝術哲學和美學定義為以藝術和美的方式解釋哲學和以哲學方式解釋藝術和美的學科；可以把經濟哲學和文化哲學解釋為以經濟和文化方式解釋哲學和以哲學方式解釋經濟和文化的學科。
科學哲學只是專門哲學的一個分支，一般說來，有多少門專門學科，就有多少門科學哲學，比如：教育學和心理學對應教育哲學和心理哲學，生物哲學和生命哲學、歷史哲學和軍事哲學、體育哲學和旅遊哲學等都有各自對應的學科。哲學在人類知識進化史上曾經是“學科中的學科”或“科學中的科學”，但有科學技術是第一生產力的說法，沒有科學哲學是“第一學科”的提法，科學從工業革命以來逐漸上升為“第一知識體系”，哲學的價值越來越多地體現在它的思維性和認識性，現代哲學是一門思維、認識和分析事物的科學，而科學哲學是一門以哲學的思維方式去認識和分析科學事物的學科。
科學哲學的不確定原理或認不準原理有三個來源或三個應用場景：一，暗物質的不確定性、測不準性和認不準性，既可以從暗物質的存在和性質去解釋暗物質現象，也可以從非暗物質的存在和性質進行解釋，從前者的解釋中產生了真暗物質概念，從後者的解釋中產生了假暗物質概念。絕大多數科學家已認可了真暗物質的存在和性質。二，暗能量的不確定性、測不準性和認不準性，既可以從暗能量的存在和性質去解釋暗能量現象，也可以從非暗能量的存在和性質進行解釋，從前者的解釋中產生了真暗能量的概念，從後者的解釋中產生了假暗能量的概念，絕大多數科學家認可了真暗能量的存在和特性。
三，反物質引力的不確定性或測不準性和認不準性，反物質的引力既可能表現為吸引力，也可能表現為排斥力，科學家對反物質引力屬性的認識有難以調合的悖論性，根據粒子物理學的標準模型，他們預測了反物質引力的吸引力性質，但在一些科學家構想的反物質天體和反物質宇宙或“映象宇宙”中，反物質粒子聚整合團塊，似乎表現了反物質相互吸引的性質。反物質斥力的可能性小，反物質引力的可能性大，但唯有科學家的實驗證據是回答反物質引力或斥力屬性的關鍵。物理實驗是檢驗科學真相的唯一標準，從不確定性原理的三個來源或三個應用場景中可以設想現代物理學三項“了不起的實驗”，一是暗物質搜尋實驗，二是喑能量探索實驗，三是反物質屬性的實驗。
可以將科學哲學的測不定或不確定原理分為主觀型和客觀型的兩種，主觀的或認識的測不定或不確定原理是暫時性有效的，客觀的或本體的測不定或不確定原理是永久性有效的，比如：反物質引力的方向性、暗物質和暗能量真假性的測不定或不確定符合主觀的或認識的不確定性原理，這是暫時性的測不定或認不準，不是永久性的科學謎題。電子在原子軌道的運動軌跡，地球和太陽或某個行星和恆星在宇宙執行的軌跡符合客觀的或本體的不確定性原理，人們只能以某種參照物為標準相對精確地測定或確定電子、某個行星和恆星的瞬時位置，不能以絕對參照物為標準無限精確地測定或確定電子、某個行星和恆星的瞬時位置。
