海都企圖兩面夾擊忽必烈的希望成了泡影，但他在突厥斯坦和準噶爾仍舊負隅頑抗，忽必烈派他的孫子甘麻喇去守衛西部邊境，卻被海都在杭愛山山脈附近打敗，在色楞格河附近還被圍困了很久，費盡心思後才僥倖逃脫。
1289年7月，忽必烈不顧自己年事已高，決定去西邊會會他的這個優秀堂侄海都，他再次御駕親征，但過著遊牧生活的海都聽聞他的厲害堂叔要過來，立刻逃之夭夭，忽必烈撲了個空。為了解決海都這個後患，1293年，留在和林駐守的伯顏發動了一次遠征，雖然取得了一定戰果，但依舊未能徹底打敗海都。此後不久，伯顏調回元朝大都任宰相，鎮守蒙古本部，繼續追擊海都的任務就交給了忽必烈之孫鐵穆爾。
1294年2月18日，忽必烈在大都病逝，終其一生，也未能看到征服海都的最終勝利，海都依舊盤踞在杭愛山以西的蒙古和中亞地區，堅決不承認忽必烈的統治，始終以窩闊臺系的正統標明自己是合法大汗的地位，他時不時派兵騷擾一下漠北蒙古，戰爭的陰雲始終籠罩在蒙古高原本部。
忽必烈的繼承人鐵穆爾繼續了這場戰爭，他派將軍床兀兒西征，在答魯河和阿雷河流域戰勝了海都，並一再追趕把他趕去了遙遠的西方，到了1298年秋天的時候，眾人都以為海都再也無力掀起浪花，於是開始撤軍，只留下了汪古親王闊裡吉思駐守，他也是皇帝鐵穆爾的女婿。但是，誰都沒想到，海都和他忠實的盟友，察合臺汗國的首領都哇，在寒冷的冬天捲土重來，偷襲了闊裡吉思，闊裡吉思率兵奮起抵抗了4次，但最終還是不敵被俘，闊裡吉思隨後被都哇殺掉。
1301年，海都嘗試最後一次進攻蒙古本部，他率領窩闊臺系和察合臺系的王宗們向皇城和林進軍，他一定要奪回象徵著榮耀和光輝歷史的祖庭，這是他正統大汗的天命所歸，他這次的對手是鐵穆爾的侄子海山，也是元朝未來的第三任皇帝，1301年8月，兩軍在和林與鄂爾渾河左岸支流塔米爾河的中間大戰一場，很不幸，海都再次戰敗，但命運之神再也沒有留機會給海都，在撤軍的途中，這位桀驁不順，一直與命運做抗爭，憑自己的能力一手恢復他家族汗國的草原真正雄鷹去世了，繼承汗位的他的兒子察八兒繼續著他的遺志，繼續反對皇帝反對忽必烈家族，但是他遠沒有他父親那般雄才大略，很快察合臺汗國脫離了他的控制，1303年，窩闊臺汗國和察合臺汗國的首領派人去北京，表示願意臣服歸順，這一步極具歷史意義，標誌著四大汗國除了欽察汗國外蒙古帝國再一次在形式上的統一。1309年，察八兒進攻察合臺汗國想再次控制它，但被打敗，他只得隻身逃往北京尋求避難，窩闊臺汗國再次結束。
有些朋友對蒙古分裂始於忽必烈有異議，忽必烈雖然稱了大汗，但他在蒙古本土的控制力並不如在中原地區，蒙古部落的反抗，海都建立汗國，都是源自於對他大汗位置的不承認，海都也割斷了中原和波斯的聯絡，也造成了忽必烈和他弟弟旭烈兀的分割。忽必烈的勢力範圍實際上主要是在中原大陸，並不是真正意義上的大汗，窩闊臺汗國，察合臺汗國，欽察汗國都不認他這個大汗，在他們的認知裡忽必烈就是等同他們一般地位的封地首領，蒙古帝國最後一任真正的大汗是蒙哥。
1309年後，忽必烈的繼承人雖然讓其它汗國都臣服了，但當時蒙古已事實上分裂，這種分裂不單是行政管轄上的，更重要的是文化習俗上的，如中原地區的漢化，欽察汗國伊斯蘭化，伊爾汗國伊斯蘭化，還有的區域在基督化，所以蒙古帝國表面上幅員遼闊，但實際上已經難以為繼四分五裂了。
好了，感謝各位網友的耐心收看，蒙古帝國的分裂這個話題到今天這期就正式結束了，希望對此段歷史感興趣的朋友有所幫助。下個話題我們再見！
