1937年9月10日,在蘇聯領導者斯塔林授意下大清洗在蒙古國展開。蒙古人民革命黨黨內高層65名幹部被捕,這65人包括中央委員會成員、大呼拉爾{議會}成員、部長會議成員、軍隊高層將領,這基本包含了所有高層領導。
對國家領導層的大清洗開始之際針對宗教界的大清洗也同時展開,規模更為龐大和血腥,手段更為粗暴野蠻,史無前例,慘絕人寰,包含了當時的所有喇嘛。當時執行蘇聯旨意的內務部抓“喇嘛反革命集團”的荒唐邏輯是,如果你是反革命,那麼教你經文,知識的師傅肯定就是反革命。反過來師傅是反革命,那麼你的學生亦是同謀,當時的宗教界喇嘛師生關係錯綜複雜,所有喇嘛皆被打成了反革命。
對喇嘛的大清洗他們定了嚴格的標準,每個內務部肅反人員一天最少要處理十個喇嘛,多多益善超額完成者進行嘉獎。一個叫巴亞兒瑪各乃的工作人員一個星期審理了幾百個喇嘛,進行了全國通告嘉獎,並頒發了北極星勳章。當時一下子抓捕了很多喇嘛,導致監獄裝不下,所以每個星期都會集體槍決一到兩次,用卡車拉到遠處槍決並掩埋。
1939年末,當時的最高領導人喬巴山的工作總結裡有這麼一段話:“到11月,共處決喇嘛20356人,600名是高階喇嘛,3174名是中級喇嘛,13120名是低階喇嘛,摧毀797座寺廟。有些躲過迫害的喇嘛要麼鑽到深山老林裡或越境躲到內蒙古。大清洗一共處決了蒙古國六分之一的人口,當時的蘇聯帶給蒙古國人民的傷害是無法衡量的,到現在人們提及那段不堪回首的歷史都心有餘悸。
當時蒙古國是個遊牧社會,廟是少有的固定建築,是周邊地區的經濟、文化、醫療,教育中心,幾百年積累下的各種書籍、經文、藝術品,文化底蘊被灰飛煙滅,廟裡的金銀佛像,法器被蘇聯掠奪,797座寺廟整個都被摧毀。