1902年，袁世凱在天津創辦北洋軍醫學堂。北洋軍政司軍醫局總辦（局長）徐華清兼任北洋軍醫學堂總辦（校長）。
徐華清（1861-1924），字靜瀾，廣東五華人。因出身貧苦到香港謀生，此後受到教會的資助，他先是在香港大學學習醫學（孫中山先生的校友），後留學德國獲醫學博士學位。後因給慈禧太后治癒疾病，被冊封一品花翎頂戴、總理醫政。
徐華清
1902年，北洋軍醫學堂成立後，聘請日本陸軍二等軍醫正平賀次郎為總教習，從德、日購置圖書儀器，借用天津東門外南斜街浙江海運局暫為校址。當年十月下旬，北洋軍醫學堂首次招考學生，從百餘名應試者中取六十四人，次年春經過複試正式錄取三十七人。學堂對複試前五名還予以獎賞。
北洋軍醫學堂開設科目有：生理學、藥理學、診斷學、化學、物理學、日文、漢文等科目，實行四季考試。為加強學生的實習能力，1905年初，學堂派學生奔赴各處軍營擔任副醫官和醫長之職，副醫官月薪120元，醫長月薪80元。
1906年清陸軍部成立，辦公地點設在北京鐵獅子衚衕（今張自忠路3號），陸軍部下設的軍醫司接辦北洋軍醫學堂，更名陸軍軍醫學堂。同年遷入天津河北區黃緯路新校舍，日本正平賀次郎繼續擔任總教習。
同時，陸軍部頒佈了《軍醫學堂試辦章程》，規定學制四年，學習內容中西兼顧。1908年陸軍軍醫學堂開設藥科，學制三年，開創中國藥學教育之先河。
1910年10月，東北鼠疫流行。12月，陸軍軍醫學堂副監督伍連德被任命為全權總醫官。伍連德於12月24日帶著助手、陸軍軍醫學堂學員林家瑞，抵達疫情最嚴重的哈爾濱傅家甸，開始了大規模的鼠疫防疫工作，隨後抽調陸軍軍醫學堂以及北洋醫學堂、協和醫學院的醫護人員以及直隸、山東等地方的一些醫生，陸續前往東北。因為他們採取了科學而有效的防疫措施，肆虐哈爾濱半年之久的大鼠疫，依靠中國人自己的力量，被遏制住了。
1912年，民國建立後，陸軍軍醫學堂更名為陸軍軍醫學校，徐華清調任他職。此後校長一職由北洋軍醫學堂第一期畢業生李學瀛繼任。同年，陸軍軍醫學校成立附屬醫院。
1914年全紹清繼任陸軍軍醫學校校長。全紹清（1884-1951），字希伯，直隸宛平人，滿洲正白旗。他畢業於天津北洋醫學堂，後隨清廷派往西藏的欽差大臣入藏，任欽差大臣行署醫官。1906年到1910年，全紹清在天津北洋醫學堂任解剖學醫學教授，1912年，留學美國霍普金斯大學，又到哈佛大學進修公共衛生學。1914年，全紹清以陸軍部軍醫署署長兼任陸軍軍醫學校校長。
1918年，綏遠、山西等地發現肺鼠疫情，北京政府內務部派陸軍軍醫學校校長全紹清前往主持防疫，並任第一區檢疫委員，全紹清校長偕同教官、學生前往疫區，此後疫情在3個月內得到控制。
1918年，民國北洋政府陸軍部決定將天津的陸軍軍醫學校、保定的陸軍獸醫學校遷往北京。該校遷京後，改名為北京陸軍軍醫學校。陸軍軍醫學校附屬醫院一同遷往北京，學校通訊地址為北京東四六條衚衕東口。東四六條（東口）雖然是通訊地址，但學校並不在東四六條的衚衕裡，而是在東四六條、七條、八條東口馬路對面的富新倉。學校大門朝西基本上對著東四六條東口，故通訊的地址為“東四六條東口”。
民國時《北平內外城詳圖》中繪有陸軍軍醫學校
《北京陸軍軍醫學校》的作者沙林芳先生的父親那丹珠，畢業於北洋醫學堂第二期，沙林芳先生與弟弟均先後就讀於陸軍軍醫學校。沙林芳在《北京陸軍軍醫學校》一書中記載：“段祺瑞政府委派陸軍部軍醫司司長魏海樓，在北京東城南門倉至北門倉一帶，將舊糧倉改建為陸軍軍醫學校及附屬醫院、陸軍獸醫學校和陸軍衛生材料廠，修建了新校舍和廠房。”
當時，陸軍軍醫學校每年暑假招新生，醫科招三四十人，藥科二十人，學員學習生活一切軍事化。每週放假一天，星期六下午二時即可回家，星期日晚八時前必須返校。宿舍每間住六七人，晚上自習到十時睡覺，作息時間規定很嚴，均以軍號為準。
陸軍軍醫學校講義
不過，陸軍軍醫學校在北京期間，正值時局混亂之時，陸軍軍醫學校的校長時常因北洋政府內閣的更迭而撤換，校舍遭到軍隊侵佔，教育器材毀壞頗多，學校的發展幾乎處於停滯狀態。
曾任軍醫學校教育長的張建回憶：“當時學校經費匱乏，教員領不到薪水，教學斷斷續續，學生只能自購講義、參考書自學。”
此後，隨著時局的變幻，學校更是經歷多次合併與搬遷。1928年，陸軍軍醫學校將天津海軍軍醫學校合併（李鴻章於1881年在天津創辦天津醫學館，1893年更名北洋醫學堂，1915年改稱天津海軍軍醫學校）。1928年8月，國民政府派人接管陸軍軍醫學校，並改稱軍政部陸軍軍醫學校。當時因經費困難，醫、藥各科不能滿額招生。
1933年5月陸軍軍醫學校奉令南遷到南京，陸軍軍醫學校附屬醫院留在北平。
1935年8月學校更名為中央軍醫學校，校長由蔣介石兼任。1937年軍醫學校遷往廣州，校長仍由蔣介石兼任，張建為教育長，實際校務由張建負責。1938年日軍於惠州登陸，軍醫學校遷往廣西。1939年全校遷往貴州安順。
抗戰勝利後，中央軍醫學校在上海江灣覆校。1947年6月1日更名為國防醫學院。1949年2月至5月，該校分批遷往臺灣，而上海江灣遺留下來的校舍演變為中國人民解放軍第二軍醫大學，2017年更名為中國人民解放軍海軍軍醫大學。
值得一提的是，陸軍軍醫學校附屬醫院後來幾經變遷，如今仍然發揮著作用。在第一次世界大戰期間，北洋政府指定陸軍軍醫學校附屬醫院作為收治德奧戰俘的專門醫院，這也是第一次世界大戰中東方戰場唯一的一所“戰俘醫院”。
中國人民解放軍第七醫學中心院內的老建築，或為民國時陸軍軍醫學校附屬醫院的建築。
宋哲元主政華北時期，陸軍軍醫學校附屬醫院被改為二十九路軍後方醫院。1937年北平淪陷後，日軍佔領陸軍軍醫學校附屬醫院，改為日本陸軍第一百五十一兵站醫院。抗戰勝利後國民政府收回醫院，命名為北平陸軍醫院。
1949年北平和平解放，中國人民解放軍接管醫院，如今為中國人民解放軍第七醫學中心。
