首次提出“人類非洲起源假說”論的，應是生物學家查爾斯·羅伯特·達爾文，他在1871年出版的《人類的由來及性選擇》一書中，其明確了人類由古猿進化而來，而且極有可能起源於非洲大陸。
在當時，可想而知，如此驚世駭俗的觀點，不僅受到了宗教勢力的猛烈抨擊，就連很多支援“進化論”的科學家也不認同。
於是，在一片反對聲中，西方學者們，開始在歐洲、亞洲的土層中，尋找人類起源的證據，化石。令他們振奮不已的是，一件件古人類化石，從歐亞大陸相繼浮出地面。
1856年，幾名礦工，在德國的尼安德特峽谷中，挖出了一些人類骸骨化石，頭蓋骨與現代人類很相似，但又有明顯差別，眉骨突出，前額扁平，小臂和小腿比現代人短，肘關節和膝關節異常粗大。他被命名為“尼安德特人”，生活在距今大約10萬年-5萬年前，於是，西方學者認為，人類起源於歐洲。並且，最多隻有十萬年的歷史。
與此同時，一些西方學者，也正在亞洲進行探索。
半個多世紀後，時任北京協和醫院，解剖系主任的加拿大人步達生，組織團隊在北京周口店龍骨山挖掘，發現了一棵古人類牙齒化石，後經過測算，這棵牙齒的主人，生活在距今大約50萬年前，後被命名為“北京中國猿人”也簡稱為“北京猿人”或“北京人”。
隨後不久，即在1929年12月2日，北京大學地質學系裴文中的團隊，繼續在周口店的洞中挖掘，又找到一個完整的頭蓋骨，“北京猿人”頭蓋骨的發現，震驚了世界，考古界認為，“北京猿人”不僅使人類起源地，從歐洲轉移到了亞洲，即人類起源於亞洲，還把人類起源歷史，向前延伸到了50萬年前。
然而，就在相隔近半個世紀後，人類的起源地又發生了轉移。
在東非大裂谷的最北端，衣索比亞阿法三角區的一個考古營地裡，即在1974年11月24日那天，美國古人類學家唐納德·約翰遜組成的團隊，挖出了一個頭骨碎片，還有下頜骨、軀幹骨等化石，可以拼成一具大致完整的人類骨架，“她”是一位女性，身高只有92釐米，解剖學特徵表明，她能夠經常直立行走。生存的年代，是距今大約330萬年-280萬年前，後來，她被命名為“露西”。
“露西”的發現，使非洲這片古老而神秘的大陸，熱鬧起來，越來越多拋棄偏見的科學家，來到這裡，探索人類起源的秘密，
隨後，在非洲不斷被發現的，古人類化石，將人類的歷史一次次地延長，也一次次證實了，達爾文的天才預言，人類的遠祖的確起源於非洲，但是，隨之而來的疑問也越來越多，究竟是古猿中的哪一支，進化成了人類。又為什麼把進化的舞臺，選在了非洲呢？
到了1984年時，英國人類學家克理斯·斯特林格，從1971年開始，採集當時世界各地最完整的古人類化石資料，並輸入計算機建立模型，透過電腦來進行資料分析判斷，資料得出的結論是：今天世界上所有的人類，都出自非洲智人的後代。
並提出了“第二次走出非洲假說”的觀點， 或說是“替代假說”論； 他說200萬年前非洲直立人第一次走出非洲，一部分直立人走出非洲，開始了漫長的遠征，最終遍佈歐亞大陸，其中進入歐洲的，後來成為尼安德特人，到達亞洲的一支，後來進化成北京猿人，和其他早期的人類。
大約10萬年前第二次非洲智人又走出非洲，替代了其他地區所有的人類，因其他地區的直立人種都早已滅絕。所以非洲“智人”與歐亞當地人種沒有基因交流。這就是當時的非洲智人“替代假說”論。
到1987年，美國加州大學艾倫·威爾遜等遺傳學家，透過對全世界不同種族的女性進行DNA分析，提出一個全新觀點，今天地球所有人類，來源於一個共同的女性始祖，約二十萬年前生活在非洲，她的後代約在13萬年前走出非洲，擴散到世界各地。取代了非洲以外所有的古人類。這便是非洲“夏娃假說”論，進一步肯定了人類的“非洲起源假說”論。
從1998年開始，一些遺傳學家透過父系DNA分析，更進一步證明，非洲“夏娃假說”論成立，支援“人類出自非洲說”的觀點，說明非洲智人約在10萬年前走出非洲，來到了東南亞地區，後又約在6萬年前,向亞洲長江領域進發，直至東北亞地區。成為了中國人的祖先。
但，真的是這樣嗎？不！有許多科學家提出質疑。
如中國科學院院士吳新智等許多科學家就提出質疑。並提出了“多地區起源進化假說”論觀點。
如人類起源應由亞洲、歐洲、大洋洲、非洲等多地同時起源的假說。此 “多地區起源假說”論，是吳新智院士在1984年就提出來了。
到1998年，吳新智院士研究多年後，又提出了“網狀的連續進化附帶雜交”的新觀點，進一步明確多地區人類起源，並與其他大陸人種進行雜交的學說。此“網狀的連續進化附帶雜交”學說，俗稱“多點水波擴散交叉”理論。即人類就像水面上的多點起源，隨機泛起波浪，必向四周擴散，那麼，多點泛起的波浪必然會交叉相遇，所以說，人類起源必然是多點起源，然後因遷移而發生相遇雜交，這就是後來的人類基因為什麼存在著，相互雜交融合的生物形態。因此“多點起源假說”很很PK了“非洲起源假說”。
隨著古DNA分析技術的進一步發展，使得科學家直接從化石中提取DNA成為可能，又得益於高通量測序技術的出現，使得科學家能夠獲得準確的古DNA資訊。
2010年，德國馬普學會下屬的進化人類學研究所，在分析了尼安德特人的DNA基因後，發現現代人與尼安德特人擁有1%至4％的共同基因；從而，說明了多點起源雜交的可能性。
到了2014年，美國科學家又在《科學》雜誌上發表文章，稱尼安德特人的基因有20%留在了現代人的基因中，這意味著，現代智人與古老歐洲的人類有過基因交流。
於是，非洲起源學派，修改了“夏娃假說”為“同化假說”，也就是說，間接地承認了，吳新智院士的”“多地起源並雜交假說”觀點。
其觀點認為，人類在遷移過程中，本土人類一直居於主體地位，外來人群起到一定程度的改造作用，但沒有發生人類整體的替代。
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