1908年，光緒皇帝和慈禧太后先後去世，袁世凱也陷入了深深的危機之中，光緒皇帝的弟弟、攝政王載灃十分想要除掉袁世凱。
實際上，清政府對袁世凱早就有了忌憚之心。自從北洋新軍練成之後，袁世凱就一直被猜忌著。為了打壓袁世凱，同時加強對北洋新軍的控制，清政府在1898年委派榮祿組織武衛軍，以全面掌控軍隊。
攝政王載灃
當時清政府最主要的武裝力量有四支部隊：一是直隸提督聶士成統領的武毅軍，由淮軍演變而來，又稱“聶軍”；二是甘肅提督董福祥下轄的甘軍，在甘肅編練而成，俗稱“董軍”；三是四川提督宋慶指揮的毅軍，由豫軍改編而成，又稱“慶軍” 。第四就是由袁世凱在小站督練的新建陸軍。
武衛軍成立以後，聶軍被改編為武衛前軍，董軍被改編為武衛左軍，新建陸軍被改編為武衛右軍，慶軍被改編為武衛後軍。不久後，榮祿又自己招募了一萬多親兵，這支部隊編練完成後駐紮於北京，被稱為武衛中軍。武衛五軍的建立，一定程度上達到了清政府集中兵權的目的，也限制了袁世凱的進一步發展。
只可惜好景不長，1900年，八國聯軍入侵，清政府全面潰敗，不得不簽訂喪權辱國的《辛丑條約》，這就是著名的庚子國變。庚子國變中，武衛前軍、武衛左軍、武衛後軍、武衛中軍先後潰敗，只有袁世凱因為當時擔任山東巡撫，將自己的武衛右軍帶去了山東，才儲存了下來。武衛五軍一下子沒了四個，使得清政府不得不依靠武衛右軍。不久後，武衛右軍再度變回北洋新軍，一下子就不可遏止地發展起來了。在全國範圍內，再也找不出其他能與北洋軍相提並論的部隊了。
眼看著袁世凱的權勢日益膨脹，滿清權貴們如芒刺在背，心中感到寢食難安。1903年10月，為了打破袁世凱一人獨掌軍權的局面，清政府又使了一招，決定設立練兵處，下令全國軍事和練兵事務均統一於練兵處，由慶親王奕劻擔任總理，袁世凱會辦。成立練兵處的目的當然還是為了控制兵權，但仍然收效甚微。因為奕劻貪得無厭，昏庸無能，練兵處形同虛設，根本沒有達到預期的目的。
1905年，北洋新軍在河間進行秋操，這是北洋新軍成立以後第一次秋操，向外界展示了北洋新軍強大的戰鬥力。與此同時，北洋軍的強大也讓清政府越來越忌憚了。朝中大臣除了拼命彈劾袁世凱和奕劻之外，還想出了一個新的辦法，那就是培養一個能與袁世凱對抗的新力量。
經過一番挑選之後，滿族官員們選中了少壯派將領良弼。良弼是清朝宗室後裔，祖上是努爾哈赤的弟弟巴雅喇，不過因為巴雅喇的兒子鞏阿岱親附多爾袞，被順治皇帝罷黜了宗室位置。良弼很小的時候就失去了父親，一直和母親相依為命，這也讓他沒有染上與其他八旗子弟一樣的惡習。不光如此，良弼還是留學日本計程車官學生，當時清政府想要扶植用來對付袁世凱的力量，除了滿族以外，就是日本留學計程車官生，良弼正好兩者都滿足，自然受到大加重用。他剛一回國，立刻就被當時的兵部大臣鐵良重用。
1906年，清政府再度在彰德組織秋操，這一次秋操不再是北洋軍的獨秀，而是南北兩支部隊的演習。北軍是段祺瑞所率領的北洋陸軍第三鎮，南軍則是張彪所率領的陸軍第八鎮。第八鎮並不屬於北洋軍系統，而是由湖廣總督張之洞所編練的新軍。這次會操與以往不一樣的地方在於，閱兵大臣和審判長都是滿、漢各一人，閱兵大臣為袁世凱和鐵良，審判長為馮國璋和良弼。
彰德秋操之後，袁世凱感覺到自己越來越不被清政府所信任，而北洋軍內部對清政府也開始不滿起來。北洋軍之所以對清政府不滿，主要原因就在於良弼。北洋軍大多是小站練兵時代出身於北洋陸軍武備學堂，他們被稱之為武備系或者北洋系。因為加入較早，北洋軍的中堅力量一直都被武備系所把控，後面從日本留學回來計程車官生受到武備系的排擠，非常難以進入北洋軍。
奕劻
有鑑於此，良弼回國後就爭鋒相對提出了以士官生對抗武備系，這也得到了清政府的支援。練兵處成立以後，良弼就從各地調來了大量士官生，讓他們佔據了練兵處各個要害職位，這就是當時的士官系。士官系以良弼為首領，經常與武備係爭奪軍權，自然讓武備系眾人非常反感。
為了打壓袁世凱，1906年，清政府決定將兵部改為陸軍部，原有的練兵處和太僕寺也一齊併入。陸軍部的成立是朝中滿族親貴為了統一全國軍政，削弱漢人龐大兵權而採取的又一項重要措施。無奈之下，袁世凱被迫交出北洋一、三、五、六四個鎮的兵力。儘管如此，以鐵良和良弼為代表的滿族將領們並未就此罷休。他們很清楚，兵權雖然收回來了，但如果不對各級將官加以改組，那麼這種收回就失去了意義，各級將領依然聽從袁世凱的命令。
當時北洋軍中，統制以下各級軍官都是武備舊人。因此，鐵良就任陸軍部大臣之後，就開始著手對北洋新軍進行改組。他們計劃更換原先的“北洋系”各級軍官，以滿人和士官生取而代之。這種做法自然引起了北洋系軍人的抵制，於是雙方摩擦不斷，最後竟鬧到了慈禧太后那裡。
慈禧當時的心理處在一種微妙之中，她一方面想抑制袁世凱的勢力，另一方面又需要倚重袁世凱，而對滿族親貴的勢力，她同樣是一方面想扶持，另一方面又有所警惕，尤其是擔心滿族親貴支援“帝制派”捲土重來。再加上當時內外交困，時局不穩，她當然不希望陸軍部 將矛盾激化，釀成事變。因此，慈禧太后在1907年下了一道諭旨，讓奕劻管理陸軍部事務。當時不少人不解其意。在慈禧看來，自己是要調和陸軍部與北洋系之間的矛盾，實際上卻不是如她所想。
陸軍部成立後，鐵良由戶部尚書調任陸軍部部長。他是袁世凱的死對頭，自然得針對袁世凱，可現在慈禧又讓奕劻掌管陸軍部事務，這就等於在鐵良頭上加了一道緊箍咒，許多重要的任免必須得到奕劻的准許方可生效。當時奕劻早已與袁世凱結為一黨，兩人關係在朝野上下也不是什麼秘密。這樣一來，陸軍部的改組計劃便受到了壓制。慈禧本意是想調處陸軍部和北洋軍的關係，平衡兩邊的勢力，事實上卻幫了北洋軍的忙。直到兩宮駕崩，北洋軍中仍是武備派的天下。
慈禧太后和光緒皇帝先後去世以後，袁世凱的形勢越來越危險了。在傳言中，據說光緒皇帝臨死前曾經拉著弟弟載灃的手，讓他一定要殺了袁世凱。這個傳言雖然沒有得到證實，但光緒皇帝本身確實很厭惡袁世凱。戊戌變法之所以失敗，很大程度就在於袁世凱的倒戈，最終也讓光緒皇帝淪落到被囚瀛臺的下場。
載灃是光緒的弟弟，因為哥哥的事情一直對袁世凱非常痛恨。早在預備立憲成立內閣時，載灃就曾與袁世凱在會議上吵得不可開交，甚至差點直接動手。在當時朝廷內部所有反袁的勢力中，就以載灃為首的載字輩兄弟們最為積極，他們巴不得殺死袁世凱。對袁世凱更為不利的是，當時外界還有一種傳言，光緒皇帝是被袁世凱毒死的。
就連宣統皇帝在日後也曾回憶，聽說當時光緒皇帝本身只是普通感冒，並沒有什麼大問題。然而吃了袁世凱送來的一副藥之後，立馬就病重身亡。連宣統都疑心袁世凱謀害了光緒，可以看出當時這事情影響有多大。無論是戊戌變法的倒戈，還是有害死光緒的嫌疑，要處死袁世凱都在情理之中，隆裕太后和攝政王載灃也一心要除掉袁世凱。
然而最終，袁世凱卻逃過了一劫，這裡面很大一部分原因在於奕劻、張之洞等人的力保。奕劻、張之洞等人在當時都有非常大的影響力，隆裕太后和載灃也不得不重視，最終只能將袁世凱免職，讓他返回原籍。
溥偉
明面上雖然沒法處死袁世凱，但反袁派系的眾人並沒有就此放棄，他們準備找機會殺死袁世凱。這其中就以肅親王善耆、鎮國公載澤、恭親王溥偉三人最為賣力，他們甚至已經想好怎麼殺袁世凱了。他們想的辦法也不是什麼新鮮的，而是打算照搬康熙皇帝擒鰲拜的辦法。康熙皇帝擒鰲拜是故意賜給鰲拜一個座位，然後讓鰲拜去坐。這個座位是一個三條腿的椅子，肯定是坐不穩的，鰲拜坐下後立馬摔倒，康熙就趁機給鰲拜安了一個“君前失禮”的罪名，讓人將他拿下。
康熙只是擒拿了鰲拜，善耆等人卻是想趁機幹掉袁世凱。溥偉是恭親王奕訢的孫子，奕訢曾被咸豐皇帝賜給了一把白虹刀，這在當時跟尚方寶劍差不多。善耆等人就計劃讓溥偉攜帶白虹刀進入宮中，找機會將袁世凱除掉。善耆等人計劃雖然好，但依然走漏了風聲，被張之洞等人所阻止。
清政府之所以難以下定決心殺死袁世凱，更大的原因在於隆裕太后和載灃兩人過於軟弱，遲遲無法下定決心。當時朝中的派系鬥爭和滿漢之間的摩擦不斷，讓隆裕太后和載灃頭疼萬分。如果要處理袁世凱，問題會變得更為複雜。除此之外，使載灃猶豫不決的還有一個重要原因，那就是因為北洋軍的存在。
北洋軍為袁世凱一手親練 ，清政府對這支武裝力量一直心存疑慮和擔心。慈禧太后臨死前出於防範考慮，就曾下令將段祺瑞的第六鎮調出北京，而讓鐵良所轄的第一鎮進京接防。在調防前，為了安撫第六鎮，慈禧還特意做出安排，發給第六鎮每名士兵二兩銀子、一套新裝和兩雙鞋子。不難看出，就連慈禧在處理北洋軍問題上都十分謹慎，可見朝廷對北洋軍的忌憚和防範之心有多重。
當時北洋六鎮中，除第三鎮開赴東北、第五鎮駐紮濰坊外，其餘四鎮都駐紮在京津、直隸一帶。其中第一鎮就駐紮在北京郊外，其中一個團還直接擔任宮廷宿衛。儘管第一鎮此時已經由鐵良直接統轄，鎮中旗兵人數不少，但袁世凱的舊屬仍廣佈其間，統制何宗蓮本人就是武備系出身，又是小站練兵時代的老人。一旦處死袁世凱發生什麼變故，那後果將不堪設想，這不能不說是橫亙在載灃心中的一大障礙 。
就在載灃患得患失、難以決斷之時，陸軍部送來緊急報告，奏稱北洋陸軍各學堂和北洋部分陸軍不經批准，竟然要擅自舉行冬季演練。載灃接到訊息嚇了一跳，還沒來得及證實，緊接著又傳來一個聳人聽聞的訊息，說是保定發生兵變，數千軍人捲入其中。變兵縱火搶劫，保定城內火光沖天，槍炮震耳。目前段祺瑞已率部前往彈壓，還在激戰之中。
這個訊息頓時在朝廷中引起了一場不大不小的恐慌，打了載灃一個措手不及。載灃等人沒料到的是，這一切都是段祺瑞耍的手段。早在兩宮駕崩之時，段祺瑞就曾偷偷從保定返回北京。袁世凱的危機不光是他自己的，也是整個北洋軍的，段祺瑞等人深知一旦讓鐵良、良弼等人上臺，北洋諸將肯定討不了好，他們急需商量辦法如何救下袁世凱。
段祺瑞擅自回京本來是擅離職守，他只暗中見了馮國璋等人後，就再度返回保定，然後打著生病的旗號，躲在家裡不再出門。段祺瑞病倒的訊息傳出後，北洋系的將領們紛紛前來探望，他們就趁機開始進行謀劃了。所謂的冬季操練，其實就是段祺瑞想出來的一個主意。
從北京回來後，段祺瑞就把自己關在屋裡，並召集親信和幕僚們反覆商討。在北京他與馮國璋見面，想法就十分明確了，那就是北洋軍必須搞出一點動作，讓朝廷感到這支武力的舉足輕重。
不過到底要怎麼搞，卻是一個問題。雖說北洋軍中大多數高中級軍人都是袁世凱一手栽培起來的，北洋軍官兵長期被灌輸的也是“袁宮保是我們的衣食父母”之類的思想，不少部隊裡還供奉著袁世凱的長生牌位，但在皇權至上的封建社會里，為了袁世凱的個人進退或生死而公然擁兵謀反，顯然是不可能的。這畢竟是一樁大逆不道之事，即便像段祺瑞、馮國璋這樣的親信也不敢這樣去想、這樣去做。
袁世凱
商討來商討去，最後大家決定真真假假地搞一次冬季操練。所謂真，就是放出風去，說是北洋陸軍即將舉行操練，部隊也行動起來，讓外界產生一種北洋陸軍真要舉行操練的印象。所謂假，就是這一切不過是虛張聲勢，實際上按兵不動，並不舉行操練。這樣一來，陸軍部勢必會雷霆震怒，因為不經批准便擅自舉行操練，就是犯上作亂。陸軍部肯定會抓住這件事大做文章，而對朝廷來說，無形中便產生了一種影響、一種壓力。
段祺瑞要的就是這種效果，如果朝廷追究起來，他也想好了對策，那就是矢口否認，並不承認有這個事，畢竟北洋軍並沒有任何動靜，不過是外界以訛傳訛而己，甚至還可以反咬一口，說是陸軍部有意陷害，唯恐天下不亂。陸軍部和北洋系軍人的芥蒂由來已久，這種事外界很難不信，陸軍部要想洗清自己，也非常困難。在段祺瑞看來，這個計劃可謂是一箭雙鵰，既可達到向朝廷示威的目的，又捎帶著給了陸軍部一個難堪。
當然，這樣做也不是沒有風險。萬一事情敗露，輕則被查辦，重則就要掉腦袋。段祺瑞是考慮過這個最壞結果的，但目前的形勢而言，袁世凱必然要去職，北洋諸將都處於一個非常危險的境地裡，時刻有可能被朝廷清算。與其坐以待斃，鋌而走險，這樣或許會絕處逢生，改變當前不利的局面。
計劃訂下後，剩下的就是如何把計劃傳遞出去了。在當時的情況下，如果公開召集各地北洋將領前來開會，顯然大過招搖，容易引起外界注意。於是，段祺瑞又放了一個煙幕彈，聲稱自己得了重病，外面的北洋諸將前來探病也就成了情理中的事了。而就在探“病”的過程中，段祺瑞秘密地把計劃佈置了下去。為了防止意外，他講得很含蓄也很謹慎，但北洋的將領們卻都心領神會。北洋會操的風聲就這樣真真假假地傳揚開去，果然鬧得陸軍部神經緊張。
就在陸軍部那邊真假莫辨之時，保定又發生了一件事。事情的起因是由北洋第六鎮第十一協的幾個士兵聚賭引起的，他們先是發生了爭執，各不相讓，吵了一番沒結果後直接打了起來。隨著大家各自呼朋引伴，捲入爭鬥的人越來越多，到最後直接引起了火併。
第十一協原本駐軍北京南苑，幾個月前剛奉命調來保定，駐紮在郊外。該協的協統是李純，也是袁世凱一手提拔起來的小站嫡系，同時是段祺瑞的老部下。火併事件發生後，為了不使段祺瑞受驚，李純當即打電話給段祺瑞報告事情原委，並且說他現在已經在派人處理了，讓段祺瑞不要擔心。
段祺瑞
段祺瑞接到報告後，當然很惱火，劈頭就罵了幾句，但他並沒有當回事。當時他正在與人下圍棋，放下電話後，他又回到棋盤前。還沒有開始下棋，段祺瑞頭腦中突然閃過一個念頭，興奮地跳起來。他趕緊朝著手下大喊：“趕快接李純。”電話接通以後，段祺瑞就直接說道：“你那邊發生了兵變？”
李純一聽就愣住了：“不是兵變，只是幾個弟兄聚賭引起來的小火併而已，我已經在處理了。”段祺瑞根本不想繼續聽下去，直接打斷道：“不，那就是兵變，你明白嗎？你那裡發生了兵變。”還不等李純回過神來，段祺瑞又接著說道：“你那裡發生了兵變，你應該怎麼處理？”
李純瞠目結舌，半天說不出話來。段祺瑞眼看李純不說話，聲音就更大了，幾乎是在下命令了：“你還愣著什麼，現在發生了兵變，我命令你火速率部彈壓。你明白嗎？”李純直到這時才彷彿有些開竅了：“你是說彈壓兵變？”段祺瑞立刻回答道：“我的意思你懂嗎？聲勢要鬧得越大越好，我馬上就帶兵來增援你。”
放下電話後，段祺瑞立即集合部隊。頓時，軍號齊鳴，人喊馬嘶，塵土飛揚，部隊一批批地開赴出事地點。段祺瑞還下令動用大炮，震耳欲聾的炮聲把這次兵變渲染得更加神乎其神。保定城內外，各種傳說不脛而走，越傳越離奇，越傳越誇張。與此同時，段祺瑞還向北京發報，報告發生大規模兵變以及自己正率部進行彈壓。．
就在保定城外槍炮震耳、鬧得不可開交之時，段祺瑞卻在公署內與幕僚下著圍棋。對於他的計劃來說，所謂“兵變”，真可謂神來之筆，兵變所產生的心理效應，相比會操更有過之而無不及。當訊息傳到宮中，果然引起了一陣驚慌。儘管事後發現是一場虛驚，但彷彿印證了載灃心中的擔心，他原本就很脆弱的決心於是變得更加脆弱了。
1909年1月2日，清政府鑑於袁世凱權勢日盛，難以駕馭，就以他患有足疾，走路非常困難，無法再擔任官職的藉口，罷免了他的官職，讓他回籍養病。諭旨中雖未露出明顯的貶斥之意，但明眼人都清楚，所謂“足疾”，不過是個藉口而已。因為袁世凱只有很輕微的風寒症，根本談不上什麼走路困難。
袁世凱被罷免後，從北京登車返鄉。雖然此時朝廷只是下令免除自己的官職，但袁世凱心中的驚恐依然沒有減少一點，他深知只要朝廷再發一道指令，立刻就會要了自己的命。車子進入保定車站後，段祺瑞立馬帶著幕僚，前來拜見袁世凱。袁世凱有些意外，又在意料之中。雖然說段祺瑞是自己的老部下，但在這種時候能夠不避嫌疑，不怕牽連，足見其情義深厚。更何況此前段祺瑞等北洋系將領搞出的動作，確實是拉了自己一把。於是，他趕緊吩咐讓段祺瑞上車。
段祺瑞登車後，袁世凱起身拉住他的手：“這次真是多虧了你們，要不是有你們，我只怕是出不了北京了。” 段祺瑞心裡悲喜交集，似乎動了感情：“我雖然沒有多少能耐，但‘ 忠義’兩個字卻還是不敢忘記。今後袁大人只要用得著我的地方，只管派人來一句話。我哪怕是赴湯蹈火，也在所不辭。”
袁世凱一聽就哭了，他顫著聲音道：“大家都是自己人，就不要說這些見外的話了。有句古話說得好：人生得一知己足也。我有你這樣的朋友，還有什麼可擔心的呢？”為了表示自己對段祺瑞的感激和籠絡，袁世凱將他以前花了三十萬元錢在北京買下的府學衚衕送給了段祺瑞。隨後，火車繼續前行，袁世凱總算成功脫險。載灃等人未能除掉袁世凱，終將為之後悔。
