第一次挑戰神代的時候被波克蘭帝斯王附身，使用蜥蜴王較為激進的打法被神代給打敗，第二次小智做了較為充足的準備，使用了剋制雷吉斯奇魯的煤炭龜並且對戰也充滿了戰術性，但還是敗給了神代，於是，接下來要如何繼續應付神代成為了小智思考的問題，而在被自己的寶可夢鼓勵之後，小智重新振作，並做了一個決定，那就是讓自己最初的夥伴——妙蛙種子、傑尼龜以及噴火龍前來，並和它們前往深山進行特訓（巴大蝶和大比鳥哭暈）。
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相關集數：超世代第188集《最初的寶可夢！最後的戰鬥》
和最初的寶可夢一起修行：
在這一集中，妙蛙種子從大木博士的後院中傳送了過來，而託付給了君沙小姐的傑尼龜也在君沙小姐的帶領下特意趕來，噴火龍則是自己從噴火龍山谷中飛過來，最初的三隻沒有被放生的寶可夢都聚集到了一起，於是，小智帶著三隻初代御三家以及皮卡丘前往附近的山中進行修行，在收集食物以及鋪葉子床的時候還鬧了小矛盾，不過初代御三家三隻本來就感情好，所以吵吵倒也不是什麼大事，然後就這樣，小智和四隻寶可夢和睦地修行了兩三天。
再遇神代：
而一路跟著小智的火箭隊三人組自然沒有錯過這次捕捉皮卡丘的機會，於是使用了比較簡單的騙人技巧，喬裝（？）成賣拉麵的店員騙了小智並抓了皮卡丘，而火箭隊這次使用了鐵皮製成的熱氣球，也不知道這是怎麼飛起來的，而小智利用使用火焰再用水槍等不斷加熱冷卻的方式使得鐵皮出現了裂痕，再讓妙蛙種子使用招式打破了熱氣球，說實話這個方法在無印篇多次出現過，這裡就不多闡述了，而神代把一切看在眼裡，並且在和小智相遇後和小智提出了4V4的對戰。
小智VS神代，第一回合：噴火龍VS彷徨夜靈
我們都知道在對戰開拓區時期小智使用了噴火龍打敗急凍鳥完成了封神之戰，可是這一場噴火龍就丟臉了，彷徨夜靈憑藉著自己優秀的耐久，多次抗下了噴火龍的輸出，並且在噴火龍的鋼翼打中它之後依附在噴火龍的身上並使用奇異之光，所以噴火龍學到的這個新招式其實就是拿來坑自己的，最後小智還犯了讓噴火龍對著彷徨夜靈使用地球上投的大錯誤，因為彷徨夜靈是免疫格鬥系招式的，於是接下來彷徨夜靈使用了暗影拳打敗了噴火龍。
這一場雖說是噴火龍的丟臉之戰，但其實更多原因在於小智決策錯誤——畢竟動畫神技地球上投無法使用了，另外這集神代多次用無輸出傷害的鬼火攻擊噴火龍也是很迷，反正這一回合由神代是領先了，具體的後面戰況，我們就下一篇再說吧。
