中成藥的應用也是根據中醫辨證論治的思想，病機不同，治療原則不同，用藥亦不同，在此仍分為之前所述的5種證型。
1．肝胃不和證
(1）四磨湯口服液：順氣降逆，消積止痛。症見腹脹痛、啼哭不安、厭食納差、腹瀉或便秘等嬰幼兒，或症見骯腹脹滿、腹痛、便秘等中老年。兒童每次10毫升，每日3次，成人每次20毫升，每日3次。孕婦、腸梗阻、腸道腫瘤等患者禁用。
(2）胃蘇沖劑：理氣消脹，溫中和胃，解痙止痛。症見胃骯痛、竄及兩脅、暖氣則舒者，每次巧克，每日3次。
(3）氣滯胃痛顆粒：疏肝理氣，和胃止痛。症見胸痞脹滿、胃骯疼痛。每次5克，每日3次。孕婦慎用。
2．溼濁（熱）痞阻證
楓寥腸胃康：理氣健胃，除溼化滯。症見中運不健、氣滯溼困而致的急性胃腸炎及其所引起的腹脹、腹痛和腹瀉等消化不良症。每次4一6片，每日3次。
3．飲食積滯證
(1）保和丸：消食、導滯、和胃。症見食積停滯、骯腹脹滿、暖腐吞酸、不思飲食者，每次2丸，每日2次。孕婦忌服。
(2）王氏保赤丸：健脾、祛溼、祛痰。症見小兒乳滯疥積、痰厥驚風、喘咳痰鳴、乳食減少、吐瀉發熱、大便秘結、四時感冒以及脾胃虛弱、發育不良等症，或症見成人腸胃不清、痰食阻滯者。成人每次0 . 3克，每日2次，小兒遵醫囑。
(3）健胃消食片：健胃消食。症見不思飲食、暖腐酸臭、骯腹脹滿、消化不良者，每次3片，每日3次。
4．脾胃虛弱證
(l）香砂六君丸：益氣健脾和胃。症見消化不良、暖氣少食、院腹脹滿、大便塘瀉者，每次6一9克，每日2一3次。
(2）人參健脾丸：健脾益氣。症見飲食不化、噁心嘔吐、院悶嘈雜、腹痛便塘、不思飲食、體弱倦怠者，每次2丸，每日2次。
(3）參苓白朮丸：補脾胃、益肺氣。症見食少便塘、氣短咳嗽、肢倦乏力者，每次6一9克，每日2一3次。
5．胃陰不足徵
養胃舒顆粒：滋陰養胃。症見胃骯灼熱、隱隱作痛者，每次1一2袋，每日2次。
預後：功能性消化不良是慢性疾病，由於與器質性疾病無明顯的關係，故一般預後良好，儘管在某個時期內症狀可能會有所緩解，但是大部分患者的症狀仍長期存在，並有將近1/3的患者在數年之後具有典型的腸易激綜合徵的表現。腸易激綜合徵之前的文章有詳細介紹。
