清代黃河治理機構沿襲明朝制度，工部掌管天下百工政令，但河道總督則直接受命於朝廷，一般為正二品官員，治河機構分設河道總督，道，廳，汛，堡五級。
如今黃河治理機構中，黃河防總總指揮由河南省省長擔任，黃河防總常務副總指揮由黃河水利委員會主任擔任，下設省，市，縣三級河務部門，縣級河務局以下為段或班組，也是五個層級。
康熙南巡治河圖
順治元年(公元1644年)，設河道總督，駐紮濟寧，管理黃河、運河。康熙十六年(公元1677年)移駐清江浦。後來因治河任務輕重不同，河道總督駐地在清江浦與濟寧之間往復遷移。
清江浦河帥府
雍正二年(公元1724年)，因武陟一帶黃河決溢頻繁，設副河道總督，駐武涉。雍正五年，副河道總督分管山東、河南河務。雍正七年，分別建立江南河道總督(仍駐清江浦)和河南、山東河道總督(又稱河東河道總督，駐濟寧)，兩河道總督併兼兵部尚書右都御史街。
武陟嘉應觀
當時清代黃河治理機構形成河督即河臺、道、廳、汛、堡等五個層級。河道總督下設四道，河督部院有文武兩套機構，文職司核算錢糧，購備材料等事；武職負責防守工程，兩者職責彼此也有連帶，期在互相牽制。文職機構有管河道，設道員，以下為河廳，以同知、通判充任。再下為汛、堡，有州同、州判、縣丞、主簿、巡檢各官。河道總督所轄武職人員較少，清初設豫河、淮河兩營，河兵人數最多時僅2145名。河南黃河工程防守主要靠堡夫，即有一定搶險技術的沿黃百姓。
河道總督部院
當時河東河道總督下設四道：彰衛懷道，開歸陳道、兗沂曹道和山東運河道。
其中彰衛懷道，駐武陟，轄黃沁廳、衛糧廳、祥河廳、下北廳等四廳；開歸陳道駐開封，轄上南廳、中河廳、下南廳、蘭儀廳、儀睢廳、商虞廳、歸河廳等七廳；兗沂曹道駐兗州，轄曹考廳、曹河廳、糧河廳三廳；四是山東運河道，駐濟寧。廳下結合沿黃各縣設汛，以上各廳共有三十六汛。各汛下設堡，每汛下設數堡乃至數十堡不等。今日鄭州花園口鎮沿黃六堡、七堡、八堡等村名，由歷史上設立的黃河最基層管理機構堡而得名。
咸豐五年，黃河自蘭考銅瓦廂決口改道，6年後江南河道總督裁撤；光緒二十八年；又將河東河道總督裁撤。
民國初年，全國無統一治理黃河機構，各省河務受各省建設廳及中央主管水利機構節制。河南黃河河務由河南都督兼管，下設開歸、彰衛懷兩道，並維持清末廳、汛和河營機構。民國二年，改設河南河防局。民國八年，改河南河防局為河南河務局。河南河務局下設上南、下南、上北、下北、西沁、東沁六個分局，分局下設二十三汛。
民國十八年，國民政府公佈國民政府黃河水利委員會組織條例，特任馮玉祥為國民政府黃河水利委員會委員長，因無治河經費，黃河水利委員會實際並沒有成立。直到民國二十二年，國民政府特派李儀祉為黃河水利委員會委員長，並任命相關官員，籌建黃河水利委員會，黃委會原定南京，在西安、開封設辦事處，後遷至開封。
花園口口門合龍
1946年2月，為粉碎國民黨當局利用黃河迴歸故道，水淹下游解放區的圖謀，中國共產黨解放區晉冀魯豫邊區政府在山東菏澤 成立的冀魯豫黃河故道管理委員會， 5月, 黃河故道管理委員會改稱冀魯豫區黃河水利委員會。1949年6月, 中共解放區成立黃河水利委員會，繼由王化雲任主任。中華人民共和國成立後黃河水利委員會改為水利部直屬。
冀魯豫解放區黃河水利委員會紀念碑
1949年經機構調整，重新組建的黃河水利委員會，下設山東黃河河務局和河南黃河河務局，之後又陸續增設三門峽水利樞紐工程局、規劃設計院、黃河上中游治理局、水利科學研究院和引黃灌溉試驗站等單位。
黃河水利委員會辦公大樓
黃河水利委員作為機構設定完備，技術力量雄厚的流域機構，積累了豐富的治理開發黃河的實踐經驗，所屬機構遍佈黃河流域九省區的大型治河機構。
如今的黃河水利委員會為副部級單位，駐地鄭州，下轄16個正副局級事業單位，以及黃河設計公司、明珠集團等大型國有企業，全體幹部職工人數達4萬餘人。
在黃河防汛管理層級上，分為五級，黃河防總，山東、河南、山西、陝西四省河務局以及沿黃有關市級河務局、縣級河務局，其中山東黃河縣級河務局下設修防段，河南黃河縣級河務局下設工程班組，其中黃河防總總指揮由河南省省長兼任，基本對應清代黃河治理機構形成河督、道、廳、汛、堡等五個層級。
