農民起義與英國的海上騷擾
1796年，嘉慶帝宣告即位，湖北枝江和宜都等地隨即就爆發了白蓮教徒所發動的農民起義。
乾隆帝在退位前曾對白蓮教徒進行過嚴厲的鎮壓，但此後白蓮教繼續以其他的名義在民間秘密傳播。1788年，劉松與弟子劉之協以三陽教的名義進行傳教，次年與收元教的首領宋之清聯合，仍然稱為三陽教。後宋之清與劉之協不合，另立西天大乘教在川、楚、陝、豫等地廣泛傳播。後西天大乘教和收元教都被清軍所破，劉松等人均被捕，劉之協逃脫。
1795年，三陽教首領劉之協與各路教首約定日子同時進行起義，並派出傳教師到各地進行組織籌劃。次年，即嘉慶帝登基為帝之際，起義軍在湖南境內發動起義，並迅速發展壯大到數萬人。此後，四川的白蓮教領導人也響應湖北，迅速發動了起義。四川的起義軍之間都有所聯絡，並和湖北起義軍相互聲援。此後，陝西的白蓮教徒也發動了起義。
在起義爆發之後，嘉慶帝馬上詔令湖廣總督畢沅和西安將軍恆瑞鎮壓湖北起義軍，陝甘總督宜綿鎮壓陝西起義軍，而四川地區的起義軍則先後由總督福寧和英善所鎮壓。此後又陸續調遣八旗兵及各省綠旗兵增援，集中兵力對三省起義進行鎮壓。農民起義軍與清軍戰鬥的三年之中，已經發展成為二十萬人的大軍。農民起義軍在一些戰役中遭到清兵的鎮壓而陷於失敗，但清政府卻依然難以遏制農民起義的繼續發展壯大。
1799年，乾隆帝病死，嘉慶帝隨即採取了幾項重大措施，希望能透過這一系列的舉措來消滅起義，其中首先就是誅殺和珅。
在乾隆帝死後第五日，嘉慶帝就下令將和珅革職拿問，隨後又下令命臣下舉報和珅的種種罪狀。後嘉慶帝援引康熙帝誅殺鰲拜的例子，令和珅自盡。和珅死後，成親王永瑆奉旨查抄和珅家產，其龐大的財富數目震驚朝野。雖然和珅是清政府中貪官汙吏們的總首領，但朝廷之中的貪汙風氣早已上行下效，瀰漫全國。嘉慶帝希望把種種罪狀歸咎於和珅一人，以剷除和珅來緩和人民的反抗，顯然是行不通的。和珅被誅滅，但不代表大小官員們能夠隨即消除弊端，擺正風氣，人民的反抗浪潮自然也不會因此而平息。
在乾隆帝時期，滿洲八旗兵已經日益腐朽，戰鬥力也日漸衰弱。原本戰鬥力優於八旗兵的綠營兵也在乾隆帝末期日益腐化。以至到嘉慶帝時期，面對白蓮教農民起義的時候，基本上朝廷已經沒有強大的軍隊可以用來鎮壓農民起義了。於是，嘉慶帝開始逐漸倚用漢人地主武裝來配合官軍共同鎮壓起義。1798年，四川招募武裝力量達三十七萬人，湖北也達到了三十六萬六千餘人。次年，嘉慶帝令各州縣居民進行團練，與官軍配合作戰，抗擊起義軍取得了卓越成效。自1800年以來，農民起義軍面臨清軍的重兵圍剿，日益陷入困境之中，並逐漸走向失敗。
清政府為抗擊白蓮教起義而倚用團練鄉勇，但戰後清軍由於糧餉有限，不得不對所招募的軍隊進行裁汰。1803年，清政府先後遣散各營隨徵鄉勇，這些被遣散的人為清政府廝殺數年，結果戰後卻無家可歸，全都憤憤不平，後一部分投靠了起義軍的殘餘勢力，轉而抗擊清朝，使得起義軍的隊伍再次得以壯大，直至1804年，起義軍才徹底敗滅。
此次白蓮教起義波及川、楚、陝、甘、豫五省，從1796年發動一直到1804年敗亡，前後延續了九年，給予了清政府沉重的打擊，同時也鼓舞了各地被壓迫的農民。在此次起義失敗之後不久，其他地區的農民起義卻又隨之而興起。
在白蓮教起義期間，英國的船艦開始在中國海域進行侵擾。
在乾隆帝時期，英國就已經開始了海外殖民，企圖向東方擴充套件其勢力。後在嘉慶帝即位之後， 1799年，有三艘英國軍艦從印度駛來，闖入了中國境內。1808年，英國又以防備法國侵佔澳門為由佔據了澳門炮臺三處。後在清政府威脅下退出。後1814年，英國兵船在老萬山群島附近搶劫了一艘美國商船，清廷向英屬東印度公司提出了強烈抗議，並決意停止與英國商人之間的貿易活動。次年，英王派出以阿美士德為首的使團來中國進行交涉。但最終清政府和阿美士德使團因為禮儀上的糾紛而未能進行此次商談。清王朝斥退阿美士德使團，同時也失去了與英國商談正常貿易的機會。
早在明朝時候，荷蘭和葡萄牙商人就曾把少量的鴉片作為藥材販運到中國。鴉片是從罌粟中提煉出來的一種麻醉性毒品，抽吸後不容易戒絕。清朝初年，英國與清朝的貿易中出現嚴重的貿易逆差，每年需要支付大量白銀。於是到雍正時期，英國開始經營鴉片交易，從中牟取暴利。到嘉慶帝即位之際，英國東印度公司每年向中國輸入的鴉片已經多達四千箱左右。雖然清政府一再下令禁止鴉片輸入，但卻始終沒有什麼成效。鴉片的大量輸入使得朝廷白銀大量外流，正常的商業發展受到重大影響，而官吏將士以至滿洲貴族們則因為吸食鴉片而更加混亂腐敗，軍隊的戰鬥力也因此大幅削弱。清王朝的社會經濟政治都面臨著嚴重的威脅。
在延續九年的白蓮教起義失敗之後，東南沿海隨即爆發了由蔡牽所領導的武裝鬥爭，此後又相繼爆發了由林清和李文成等領導的農民起義，再次猛烈衝擊著清王朝的統治。
浙江、福建和廣東沿海地區沒有土地或擁有土地少的農民大多依靠海上活動來謀生，他們往往不堪官府的敲詐勒索而自發結成團伙來進行自衛互助。清政府將這些團伙和劫掠海上的盜匪看作一路人，統稱其為海盜或者洋盜。浙江、福建海域的團伙就是以蔡牽為首。
蔡牽是福建同安人，家境貧寒，因饑荒而下海成為盜寇，曾於1802年率領船隊攻打廈門海口的清軍炮臺。次年，蔡牽在浙江普陀海面遭到清軍襲擊，向閩浙總督玉德詐降，此後乘機揚帆而逃。1805年，蔡牽率領船隊攻打臺灣，得到了臺灣起義軍民的支援，後蔡牽被推舉為鎮海王，率領船隊進入臺灣。清政府急忙調遣軍士進行鎮壓。1807年春，清軍在廣東海上大敗蔡牽軍。次年，蔡牽軍經過休整後回到廣東海域。第二年，蔡牽率領部眾駛入福建沿海，與清兵發生激戰，後遭清軍圍擊，寡不敵眾，與妻小部眾一同沉海而死。其餘部眾在福建海上投降清朝，蔡牽所領導的海上船民武裝反清鬥爭遭到失敗。但同時也再一次地震撼了清王朝。
在白蓮教起義及蔡牽的海上鬥爭相繼失敗之後，緊接著直隸、河南及山東等地區又爆發了天理會起義。
天理會又名白陽教龍華會，是白蓮教遭禁之後形成的一個支派。林清於1806年加入了天理會，並被推舉掌管直隸坎卦組織，並自稱彌勒佛轉世。李文成是南震卦教首，此前曾與師傅梁建忠爭做教首，後李文成在林清扶植下取得勝利，順利成為教首。1812年，林清和各地教首秘密集會，商議反清起義的組織和計劃。次年，林清趁嘉慶帝去熱河避暑，指揮京城教徒攻打皇宮，李文成選派了一千名精兵進京予以協助，並於同日在滑縣率眾起義來響應林清。
起義打響後，直隸長垣、東明，山東曹縣、定陶等地的天理會教徒和農民也都紛紛起來響應，起義軍東西相連，聲勢浩大，後因遭到直隸總督、河南巡撫及山東巡撫等派兵加防進行阻攔而無法按計劃到達北京，支援京城的起義。京城林清的起義隊伍按照計劃攻打皇城，後由於得不到支援而寡不敵眾，行動遭到失敗，林清也被清軍逮捕。嘉慶帝返京之後，立即對起義軍展開了鎮壓，派遣陝甘總督那彥成為欽差大臣，與提督楊遇春、副都統富僧德以及總兵楊芳等一同攻打起義軍。李文成等人在清軍猛烈攻勢下失敗，李文成與戰友數十人自焚而死，拒不投降。隨即，直隸南部開州以南的各地起義軍也相繼遭到鎮壓而失敗。而起義軍主力尚有二萬餘人駐守在滑縣，由牛亮臣和宋元成等所統領。後宋元成戰死，牛亮臣等人被俘不屈，被押送京城處死。
這次起義前後持續了三個月，起義者聯合滿漢人民攻入了皇宮，雖然很快被清軍鎮壓而失敗，但這卻是此前極其罕見的情況，極大地震動了清政府的統治。
1820年，嘉慶帝在熱河避暑山莊突然發病，次日立旻寧為皇太子，隨即去世，享年61歲。旻寧回到京城之後繼承皇帝位，改年號為“道光”。
封建經濟的衰落
清王朝發展到乾隆帝和嘉慶帝時期，已經是一個疆域遼闊的大國，而此時的中國也已經處於封建社會的末期，這個社會的經濟制度已經極其腐朽，再不能適應社會生產力向前發展的要求。但清朝統治者卻一直力圖維護這個早已腐朽不堪的經濟制度，以此來鞏固自己的統治。在這樣的“故步自封”之下，代表新的生產力和生產關係的資本主義萌芽受到了嚴重的阻礙，整個社會的經濟陷入了發展遲緩、甚至日漸衰落的狀態之中。尤其在此時，西方的一些國家已經先後進入了資本主義社會，並試圖進入中國市場。清王朝為了抵制西方的侵入，加強了對外貿易的限制和管理，但卻只是讓自己更加落後於世界的發展水平，陷入更加危險的境地。
在清朝初期到嘉慶約二百年之間，農業生產幾乎處於停滯狀態，沒有太大的變動。在進入封建社會末期的過程中，清王朝在土地制度上依舊保留著人身依附相當嚴重的租佃關係，數以億計的佃農除了要負擔租稅以外，還必須承擔各式各樣肉體以及精神上的痛苦。
清朝統治初期，為了鞏固自己的政權，獲得廣大農民的支援，曾在土地政策方面採取了一些形式上有利於農民的措施，其中最為主要的就是招墾政策。招墾政策即是鼓勵農民對荒地進行開墾，而那些無主的荒地經過開墾之後就能作為農民自己的產業。其次就是建立更名田，即將明朝一部分藩王擁有的土地分給原先的佃農進行墾種。但實際上，一般來說，在這些荒地被開墾之後，往往會有地主出來認領，從農民手中奪取勞動果實，農民的權益其實並不能得到真正的保障。並且，官僚地主們兼併土地的程序也是不容小覷的。清朝的官員高士奇原本是個只能勉強餬口的窮苦儒生，進入官場之後很快就成為擁有巨資產業的富翁。還有大官僚孫玉庭也是，原本家產微薄，做了一任總督之後就得以兼併了大量土地，迅速成為佔有田地三萬餘畝的大地主。這些官僚之所以能夠迅速兼併大量土地得以致富，並不單純地依靠其俸祿，最主要的還是倚仗其特權地位，得以貪汙索賄，巧取豪奪。
清朝時期，佃農和地主的關係是農業生產關係的主要內容。實際上清王朝統治時期，廣大佃農們依然處於農奴的地位。雖然清王朝的統治者們曾頒佈過一些書面的限制，來為佃農爭取一定的權利，但實際上，這些律法卻不一定都能夠實現。但清朝時期的農業租佃關係在清朝末期開始有了一定的鬆動，例如在封建社會後期出現的永佃制，就在清朝有所發展。但廣大農民的地位卻始終沒有發生實質性的變化。
清王朝在建立之後，曾為了鞏固自己的統治而在經濟和財政上給予過農民一系列的優待，即所謂的輕徭薄賦和與民休息。隨著生產力的發展，清王朝的財政收入一直有所增長。在開國初期每年大約為一千四百餘萬兩，到順治帝后期增加到了近兩千萬兩，康熙帝時期則已超過三千萬兩，到乾隆帝時期突破了四千萬兩。但是清王朝實際的開支卻遠遠超過這些數字。到順治帝后期的時候，朝廷賦稅收入還不到兩千萬兩，但兵餉支出卻已經約為二千四百萬兩，國家財政入不敷出。
清王朝的各項稅收之中，田賦佔據了大約四分之三，鹽稅、關稅以及其他雜稅等收入大約佔四分之一。隨著清王朝財政的虛空，統治者們開始變相壓榨廣大勞動人民，採取了財政加派的行動，對整個社會產生了十分惡劣的影響，加重了人民負擔的統治對國民經濟也造成了嚴重的影響。漕糧的徵課就是其中一個很好的例子。清王朝徵收漕糧，還需要將這些漕糧運送到北京和通州等地，所以除了漕糧正項費用之外，還需要加上一些附加專案，如隨漕正耗，隨漕輕齊，行月錢糧，等等，大量的苛捐雜稅應運而生。1806年，嘉慶帝時期所編纂的《兩淮鹽法志》之中，正綱課目以外的各種雜項浮費就達到了九十二種之多。最終承擔財政賦稅的人，除了廣大的農民以外，還有一批為數眾多的勞動者，主要是礦丁、灶丁及運丁等從事開礦、製鹽以及漕糧運輸等事宜的手工業勞動者。
隨著社會的發展，封建的自然經濟也開始走向解體，但是清王朝卻為了鞏固其統治，對工商業的發展設定了許多政策上的限制，使得工商業的發展遠遠不足以打破封建主義的樊籬。但商品經濟的發展卻已經開始孕育資本主義的萌芽，但這種萌芽在所有制和僱傭關係以及分配關係等方面都保留著較多的舊痕跡，呈現出了新舊混合的色彩。
在清代的手工業中，個體的小手工業一直佔據主導地位，但隨著商品經濟的發展，開始出現簡單協作的作坊以及有場內分工的手工工場。一般來說具有規模較大的手工作坊和工廠的手工業主要是鐵器鑄造業、棉布染織業、糧食加工業、製茶業、製糖業、造紙業以及木材加工業，等等。此外，還有一些屬於地方特產的傳統手工業也有為數眾多的作坊，例如以制瓷著稱的景德鎮等。
在清朝初期至嘉慶帝時期，清王朝對於工商業基本上是採取重農抑商的態度。但是隨著社會生產力的發展，為了順應時勢，也不能夠不發生一些變化。清王朝所制定的所有工商業的政策都是以維護其統治，凡是不利於朝廷統治的政策都被冠上各種藉口加以摒棄。但即使如此，阻礙經濟發展的政治權利卻不能夠堵塞經濟發展的道路，政治上的種種限制開始呈現出逐步鬆弛的趨勢。
西方在工業革命之後急速進步到資本主義社會，急需開拓海外市場，西方殖民主義國家開始以所謂的開放貿易為手段，企圖侵入中國這個廣大市場。而清王朝在面臨西方的威脅之下，卻採取了禁海閉關的政策，企圖以此阻擋西方殖民主義國家的入侵。鴉片戰爭以前， 1655至1684年間清朝的禁海閉關政策比較嚴格，1717至1727年間清王朝對南洋一度禁海，1764至1784年間中俄貿易曾經三次禁止。此外，對外貿易基本上是開放的。但這個政策作為加強國防、防止外國入侵的手段卻一直貫徹始終。
清朝禁海閉關政策的內容大體上來說有三個方面：一是對商人出海貿易的禁止以及限制；二是通商口岸的關閉以及限制；三是對出口商品的禁止以及限制。這三方面的限制主要著重於國防的安全，防止外國的侵略。而這一切的限制能夠實現，主要是由於當時中國仍然是一個自給自足的封建經濟社會，中國人即使被限制在自己的國度，也依然能夠有足夠的東西來維持生活。因此，西方侵略者想要開啟中國的大門，僅僅依靠商品是註定會失敗的。於是，在商品之外，他們加上了大炮，對中國市場的大門採取暴力強行突破。而中國一直停滯不前，除了禁海閉關政策之外，卻沒有相應的軍事力量來進行支撐，終究不能將西方侵略者一直拒之門外。
清王朝除了禁海閉關之外，對於對外貿易的管理上也採取了種種限制。對外國商隊、商船以及商人的管理主要有三個比較重要的方面：一是外國商人只能夠和中國官方所指定的商人進行貿易，不得與指定商人以外的任何商人進行任何交易；二是外國商人不能夠私自和中國內地商人進行任何的聯絡，在這方面，朝廷控制得更加嚴格；三是外國商人不能夠和中國商人之間有任何資金上的借貸關係，以免橫生事端。但這些規定限制並不是都能夠得到認真的執行。
中西方的貿易無論是海上還是陸地上都逐漸在擴大，而由於中國自給自足的封建經濟擁有一定的抵抗力，西方國家對中國市場的開拓一直達不到滿意的程度，而西方的商人則把這一切歸咎於清王朝統治者的阻礙。為了進一步開啟中國市場，填補貿易逆差，西方侵略者不擇手段，走私毒害中國人民的鴉片。輸入中國的鴉片主要來自於英國的殖民地印度，七十年代初期，英國殖民政府在印度實行鴉片專賣，實際上，這些鴉片都專門銷往中國。走私鴉片給英美兩國帶來了鉅額的利潤，並改變了對外貿易中的白銀流向，大批的白銀開始從中國流往西方。而鴉片的泛濫，也給中國人民造成了巨大的災難。同時也埋下了此後鴉片戰爭的隱患。
