“奎文閣”，也稱為孔廟的第六道大門。過同文門就是孔廟三大主體建築之一的奎文閣。它始建於宋天禧二年（1018年），原名藏書樓，是收集帝王所賜的書籍和字畫之處。以藏書豐富建築獨特而馳名中外。金昌宗在明昌二年（1191年）重修時改名“奎文閣”。“奎文閣”三字為乾隆皇帝重新題匾。“奎”為星名，是二十八星宿之一，為西方白虎之首，奎文閣之名即比喻孔子是天上的奎星。此樓建築非常精巧，為金木結構，整個建築沒用一根鐵釘，但它結構非常合理，異常堅固，自明弘治十七年重修以來，已經經受了幾百年風風雨雨的侵襲和多次地震的搖撼，據記載在清康熙年間發生了一次7.2級的大地震，使曲阜“人間房屋傾者九，存者一”而奎文閣安然無恙，在中國樓的建築史上稱為“孤例”。
奎文閣的後院東面是龍樹和鳳樹。遊客可以摸摸龍樹，青春永駐。現鳳樹已經枯死。
過奎文閣後為孔廟的第六進院落，這裡矗立著13座碑亭，南（前）面8座，北（後）面5座，是專為保護存封建帝王御製石碑而建，又稱“御碑亭”。共存石碑55幢，是唐、宋、金、元、明、清、民國七代所刻，分別用滿文、漢文、蒙古文所書寫，碑文多是記錄了歷代帝王對孔子的追諡加封，親自祭祀、派官祭祀以及整修廟宇的狀況。
後五碑亭左右（東西）各有一門，即東華門和西華門。其中東起第三碑是孔廟中最重的碑，65噸重。“大清皇帝御製闕里至聖先師孔子廟碑”。是康熙皇帝親自選的石料，碑文有兩種說法：一是康熙親自題刻的；二是大臣刻的。東面三塊碑自西往東依次是康熙、雍正和乾隆碑。
以上為孔廟的第一部分，即“前導區”，在古代是為祭祀做準備工作的場所。
“大成門”，是孔廟的第七道大門，也是最後一道門，從此門進入孔廟的核心祭祀區了。“大成“一詞是孟子對孔子的評價，意思是孔子已達到了集先賢先聖之成的最高境界。大成門與十三碑亭康熙碑亭之間形成了“勾心鬥角”中的“勾心”之勢。 大成門前後各有龍柱四根，中間兩根為深浮雕龍柱，兩邊的為淺浮雕龍柱。大成門的楹聯：左（東）先覺先知為萬古倫常立極；右（西）至誠至聖與兩間功化同流。
門內一棵高聳的樹叫“再生檜”，相傳是孔子親手所栽植，“先師手植檜”相傳有三株，後來幾經枯榮，於金代貞佑二年（1214）毀於兵火，元至元三十一年（1294），三氏學教授張xv將東廡廢墟上新生的一株檜樹移到這裡，後來又遭大火，僅存樹樁。現在看到的再生檜是清雍正十年（1732）復生的新條，它高約十米，粗可合抱，人們把它看做是孔子思想的象徵，它不僅和孔氏子孫的命運聯絡在一起，而且還同封建統治者的命運聯絡在一起。傳說，孔子手植檜不但能死後復生，還能預報世道好壞。宋代大書法家米芾寫詩讚道：“蛟龍怪，挺雄質，兩千年，敵金石，糾治亂，如一者。”“先師手植檜”為明萬曆年間楊光訓題寫。（大成門與大成殿之間的東西兩廡是紀念孔子之後的名人和聖人之處）
“杏壇”是相傳孔子講學的地方。《莊子·漁父》篇中有記載說：“孔子游乎緇帷之林，坐休乎杏壇之上，弟子讀書，孔子絃歌鼓琴”，意思是說“孔子帶領他的弟子出遊到了一片杏林裡感到累了，孔子彈琴休息，而他的弟子在一旁讀書。”宋天禧二年（1018），孔子第45代孫孔道輔監修孔廟的時候，將正殿後移，除地為壇，環植以杏，名曰“杏壇”。到了金代在壇上建了亭子，金代著名文人党懷英書寫了“杏壇“二字。
“杏壇”亭內有兩塊碑，南面一塊雖沒有基座，但是卻沒有被破壞過，這是因為梅花大篆“杏壇”二字是党懷英題寫的，姓黨被紅衛兵保護；而北面的乾隆碑雖然有基座，卻被破壞得厲害，後復修。
"大成殿"，金碧輝煌，是孔廟的主體建築，是祭祀孔子的主要場所，因尊崇孔子集先賢先聖之大成而得名，它始建於宋朝天禧二年，即公元1018年。1500年遭雷火破壞，現在看到的大成殿是清雍正二年（1724）火後重建的，大成殿是經特許按照皇宮的模式設計建造的，重簷九脊，斗拱交錯，金壁輝煌，大殿建在4米高的雙層基座之上，在兩側低矮廂房的對比之下，顯得更加宏偉，它與故宮太和殿、岱廟天貺殿並稱為東方三大殿。
大成殿雖然比故宮太和殿低了三層磚，但它確實有超過太和殿了，其中原因就在於大成殿的龍柱。在大成殿周圍共有28根龍柱，這些龍柱每根高5.98米，直徑0.81米，一共用了六年的時間才完成，前面的10根深浮雕，每柱有兩條龍對迎而翔，盤旋開騰，真可謂是活龍活現呀，那麼兩側及後面的18根淺浮雕，以雲龍為飾，每面淺刻9條團龍，每柱72條，共1296條，栩栩如生，無一雷同。
據說乾隆皇帝來祭祀孔子時當地官員害怕皇帝會因為龍柱超過皇宮的標準而怪罪便將石柱用紅綾、黃綢包裹起來，當乾隆皇帝瞭解了情況之後，認為孔子應該享受比皇帝更高的待遇，便命人將紅綾除去，當乾隆皇帝看到龍柱時，也被深深地震撼，這是曲阜獨有的石刻藝術，堪稱世界瑰寶。大成殿的建築藝術充分顯示了我國古代勞動人民的才華和智慧。
殿內正中供奉的孔子塑像，孔廟裡設有孔子塑像，起始於西漢。1728年孔廟毀於雷火，其塑像亦隨之受焚，1734年重塑。但1966年又曾被毀，1982年山東省撥專款48萬元、黃金48兩，組織技術人員重新修復。它坐高3.35米，採用的是我國古代天子的裝束，可見孔子的地位之高，在他的兩側為四配，左為復聖顏回、述聖孔汲，右為宗聖曾參、亞聖孟軻，再兩側為十二哲，他們都是古代上公的打扮，殿內還陳列著各種禮器、樂器、舞具，是祭祀用的，大家再請看門外正中是清雍正皇帝題寫的“生民未有”的匾額。“生民未有”的意思是自從有人類以來，還沒有全面超過孔子的人；殿內正中是“萬世師表”是清康熙題寫的，他封孔子為“萬世皇帝之師，千古人類之表”；“斯文在茲”的匾額是清光緒皇帝題寫的，意思是天下的文化都在這裡。
清雍正皇帝題寫的“生民未有”的匾額
兩廡，大成殿後東西兩側的房屋共有80間，稱為兩廡，是後世人祭祀儒家學派中著名人物的地方，諸如董仲舒、韓愈等。在中國的唐朝，僅此有20餘人，經過歷代增添更換，達到156人。所配享的人物，原為畫像，至金代改為塑像，明代換為木質牌位，均供奉在一座座神龕中。在兩廡北部還陳列著584塊“玉虹樓石刻”，是清朝乾隆年間孔子的第69代孫孔繼涑蒐集歷代名家書跡臨摹刻制而成的。
“寢殿"在大成殿的後面，它與大成殿、奎文閣構成了孔廟中軸線上的三大主體建築。寢殿是供奉孔子夫人亓官氏的大殿。寢殿內供奉著亓官氏的牌位，上書“至聖先師夫人牌位”，且罩有木雕游龍飛鳳神龕。孔子的夫人亓官氏，19歲嫁於孔子，在孔子66歲時去世。1008年追封為鄆國夫人，1332年加封為大成至聖文宣王夫人，1529年改封為至聖先師夫人，歷代與孔子同享後人祭祀
"聖蹟殿"是以儲存記載孔子一生事蹟的石刻連環畫聖蹟圖而得名的大殿，位於寢殿之後，獨成一院，是孔廟的第九進也是最後一進院落。聖蹟殿是陳放聖蹟圖的地方，聖蹟圖呢是記載孔子一生事蹟的連環畫，它記錄了孔子一生的主要言論和活動，是我國第一本有完整人物故事的連環畫，具有很高的歷史和藝術價值。
