其實要想把元朝歷史弄透，最先要搞清楚的就是元朝的歷史分期問題和元朝歷史的兩條線索，整個元朝圍繞著兩條主線，就像一篇文章一樣徐徐展開，研究元代這一時期的歷史，對於我們重新構建對中國的認識，以及對這段盲區的誤解的解開，有著重要意義。
我們先說歷史分期問題，首先，我在本文中所說的元朝，是廣義上的元朝，即從公元1206年開始的大蒙古國，到1402年鬼力赤殺死坤帖木兒，並去大元國號，建立韃靼部落，正式恢復到初始的部落狀態、北元滅亡止，一共196年的歷史。這一斷代其實是存在問題的，最大的問題在於北元是何時結束的，有學者認為是1388年脫古思帖木兒死後，阿里不哥的後裔也速迭兒奪走皇位，並只保留汗號，不稱帝號止，顯然百科詞條上以1635年察哈爾汗國滅亡止，以及以1757年準噶爾汗國滅亡為收尾點是錯誤的。
說完元朝的起止問題，就要正式切入歷史分期問題，在這之前，我們先把元朝的兩大主線說清楚，其實這兩大主線就是汗位繼承問題和是否以統治中原為目標所實行的政策之爭的問題，這兩個問題引起的是元代黨爭問題和自始至終都存在的皇位傳承問題。不同歷史分期的不同時間段都存在不同形式的衝突，而這一衝突，最終以蒙古徹底退出中原、不再以恢復元朝統治目標的形式結束。
01
第一時段：大蒙古國時期（1206年~1271年）
1206年，元太祖孛兒只斤·鐵木真消滅蔑兒乞部和乃蠻部聯軍，殺死結義兄弟札木合，正式統一蒙古各部，蒙古貴族於斡難河（今鄂嫩河）發源地召開忽裡臺大會，共同推舉鐵木真為“成吉思汗”，成吉思汗隨後頒佈《成吉思汗法典》。依據成吉思汗的《法典》，蒙古大汗的各個兒子都應當有自己的兀魯思（類似於漢語中的“封地”），並且汗位應當由忽裡臺大會決定，而依據蒙古舊習，汗位應當由幼子繼承。此後，成吉思汗就伐金和西夏問題進行了長久的鬥爭，又西征消滅的花剌子模。1227年，由於成吉思汗突然去世，汗位傳承決定並不明朗，因此，接下來的一年交成吉思汗的幼子拖雷監國。
由於蒙古貴族不想讓拖雷繼承汗位，因此由鐵木真的三兒子於1229年繼承汗位。1238年，窩闊臺接受耶律楚材的建議，命術忽德和劉中舉辦科舉，史稱戊戌選試。這次考試錄取東平楊奐等名士，為統治華北帶來不少人才，但後來以“當世或以為非便，事復中止”。早期窩闊臺對待南宋的態度只是劫掠為主。1235年開始的第二次西征，主要由朮赤的長子斡兒答、次子拔都、自己的長子貴由、察合臺的長子拜達、以及拖雷的長子蒙哥以及成吉思汗留下的大將兀良哈·速不臺統帥，史稱“長子西征”。1241年，窩闊臺去世，幾乎所有大軍都回來爭奪汗位。但貴由所率領的軍隊尚未歸來，窩闊臺的皇后乃馬真·脫列哥那就揹著蒙古貴族發動政變，宣佈由自己攝政。1246年七月，乃馬真後去世，貴由才在蒙古貴族的支援下登上汗位。但1248年貴由在征伐拔都的途中突然染病去世。1249年三月，其皇后斡兀立·海迷失趁機立她的孫子失烈門（闊出長子）為大汗，並臨朝稱制。貴由的另外兩子忽察、腦忽都宣佈稱汗，導致政治混亂。1251年，拔都率領諸王舉辦忽裡臺大會，擁立蒙哥為大汗。海迷失隨後被監禁。海迷失使用巫術詛咒蒙哥死，被蒙哥下令扔到河裡淹死。至此，汗位傳承轉向拖雷系，其實這個時候矛盾還沒有被激化，因為忽裡臺大會還可以召開，貴族還有權力選舉大汗，成吉思汗黃金家族的人其實都有份。
1259年8月11日，蒙哥在釣魚城被炸死。按照蒙古習俗，汗位立幼不立長，因此，在蒙哥汗沒有兒子的情況下，蒙哥的七弟阿里不哥擁有汗位的合法繼承權。次年農曆三月二十四日，忽必烈憑藉精兵，於開平（即後來的元上都）自立為大汗。四月，忽裡臺大會召開，蒙古貴族擁立反對漢化的阿里不哥為大汗。1264年公曆8月21日，阿里不哥被俘，1266年，忽必烈毒殺阿里不哥。也因此，蒙古帝國分裂為大汗汗國和四大汗國。
1271年，忽必烈正式稱皇帝，建國號“大元”，取易經“大哉乾元”之義。在此之前，國家的名稱為“大蒙古國”。這一期間，圍繞汗位繼承，主要矛盾是汗位是否符合蒙古貴族的意願，而最終的鬥爭結果是蒙古帝國的分裂，以及忽裡臺大會最終成為一個形式被保留下來，但汗位繼承必須由拖雷第四子忽必烈的後人繼承。而漢化問題，一開始成吉思汗和窩闊臺都搞過，最終都沒有成功，直到阿里不哥戰敗，忽必烈與其他蒙古貴族的矛盾從此都以戰爭為表達方式作為結束。但如何漢化，這是忽必烈和繼任者們所需要關心的問題。
02
元朝初建時期（1271年～1307年）
1276年，忽必烈滅南宋，1279年，徹底擊敗南宋流亡小朝廷，此後中原雖有反叛，但並沒有給大元帝國帶來多大的威脅。忽必烈統治期間，一直由北方投降的漢人、西亞來的色目人主政，圍繞著龐大的帝國開支，以阿合馬為首的理財派和以太子真金為首的儒學派爆發了激烈的黨爭，而忽必烈支援理財派。隨著太子真金的去世以及阿合馬死後因貪汙一事遭到忽必烈清算，之後的朝政走向發生了變化。1294年2月18日，忽必烈去世，遺詔由皇太孫鐵穆耳繼承皇位。鎮守和林的鐵穆耳及時回到都城，在忽裡臺大會中獲得重臣伯顏與玉昔帖木兒等支援，打敗真金的長子甘麻剌與次子答剌麻八剌等繼位。
由於忽必烈對周邊國家（包括日本、安南、占城、緬甸、爪哇）大力用兵而沒有徵服成功，鐵穆耳接收到的其實是一個爛攤子。再加上自1268年爆發的海都之亂，四大汗國除了伊兒汗國承認忽必烈的宗主地位，其他汗國都聯合起來，以海都（窩闊臺的孫子），以忽必烈易經被漢族同化為由討伐忽必烈，導致忽必烈一直到死都沒有擊敗這場事實上並非叛亂的侵略戰爭。1306年，鐵穆耳擊敗海都，此後，四大汗國各自為政。鐵穆耳統治期間，整頓腐敗，減免江南賦稅，代表著理財派的失敗。鐵穆耳平定內亂對功臣多加賞賜，導致財政入不敷出。1307年正月，鐵穆耳駕崩。是為元成宗。在這一時期，皇位傳承的問題主要體現在皇位是否由鐵穆耳繼位，而元朝對中原的統治策略問題從平定海都之亂到減免江南賦稅，都表明王朝主要以漢化為主。
03
皇位傳承紊亂時期（1307年～1333年）
元成宗去世之後，很快，由於太子德壽早逝，左丞相阿忽臺擁護皇后卜魯罕與信奉伊斯蘭教的安西王阿難答監國，並有意讓阿難答稱帝。由於擁有大軍的海山還在都城之外，海山之弟愛育黎拔力八達在探聽到卜魯罕的陰謀後，當機立斷與右丞相哈剌哈孫發動大都政變。他們斬殺阿忽臺，控制大都局勢，擁護率軍南下的海山稱帝，即元武宗。皇后與阿難答被元武宗斬殺，其回回部下退入西域吐魯番地區。由於愛育黎拔力八達立有大功，因此海山冊封愛育黎拔力八達為皇太弟，並仿照宋太祖、太宗的金匱之盟訂立武仁之約。此後，海山為緩解財政問題，重新啟用理財派，開始廣收賦稅。重新設立尚書省，將中書省宣敕與人事任免權劃歸給尚書省，並強化海運。加封孔子為“大成至聖文宣王”，並給予孔子的家族與弟子一些稱號。為了解決元成宗時期的財政危機，元武宗設定常平倉以平抑物價，下令印製至大銀鈔，發行“至大銀鈔”和“至大通寶”，然而反而使銀鈔嚴重貶值。
1311年，海山因酗酒去世。愛育黎拔力八達繼位，即元仁宗，實現大蒙古國建立以來首次政權和平交接。元仁宗推行及時撥亂反正的政策，為了給改革提供人才，他推行“以儒治國”政策，並裁汰冗官、加強中央集權以整頓朝政。他曾令王約將《大學衍義》譯為蒙文，賜臣下說“治天下，此一書足矣。”並將《貞觀政要》和《資治通鑑》等書摘譯為蒙文，令蒙古人與色目人誦習。
1312年元仁宗將其儒師王約特拜集賢大學士並將王約“興科舉”的建議“著為令甲”，至此恢復科舉制度。本次科舉以程朱理學為考試的內容，史稱延祐復科，最後錄取護都答兒、張起巖等56人為進士。倚重漢人文臣，處死蒙丞相脫虎脫等，排除朝中異己。財政方面，仁宗取消武宗的經濟措施，並且於1314年在江浙、江西、河南等地查清地方田產，史稱延祐經理。由於皇后答己干政，重臣鐵木迭兒貪贓枉法，在太后的撐腰下都無法制止，因此，為了對抗太后的權力，接受鐵木迭兒廢除武仁之約的建議，以王約輔佐皇太子碩德八剌，將元武宗長子周王和世琜外放鎮守雲南、次子圖帖睦爾放逐海南島。同年冬天，元武宗舊臣皆感憤怒而擁護和世叛變，最後敗走漠北，依附察合臺汗國。元仁宗實行的一系列改革措施統稱延祐更化。1320年元仁宗駕崩後，皇太子碩德八剌即位為元英宗。
元英宗繼承元仁宗的遺志，繼續改革，推行至治新政，拔除了權臣鐵木迭兒的勢力。1323年，根據元文宗修改的歷史，鐵木迭兒養子鐵失聯絡甘麻剌的兒子晉王也孫鐵木兒，準備發動政變，並擁立他為皇帝，殺死元英宗和他的宰相拜住，也孫鐵木兒抱著觀望態度，並未拒絕，因此坊間多傳他也參與了南坡之變。但是，這事實上是元文宗以及後來的元惠宗的栽贓。
元英宗被弒後，也孫鐵木兒趁機帶兵南下，以迅雷不及掩耳之勢殺死鐵失等人。隨後自立為皇帝，即泰定帝。泰定帝召回被放逐到海南島的武宗系圖帖睦爾為懷王。泰定帝統治期間，為了避免自己步英宗的後塵，不敢對賣官鬻爵的倒沙剌予以懲處，也正因為此，泰定帝統治期間出現了元朝最後的穩定和輝煌。
泰定帝於1328年七月崩於上都，丞相倒剌沙擁立七歲的阿速吉八為帝，是為天順帝。而鎮守大都的燕帖木兒與伯顏擁立周王和世於漠北，懷王圖帖睦爾於江陵稱帝，宣佈泰定帝、天順帝都是非法皇帝，同年圖帖睦爾先至大都繼位，是為元文宗。燕帖木兒率軍攻入上都，天順帝不知所終。隔年和世琜於漠北和林稱帝，即元明宗。元文宗放棄帝位，派燕帖木兒迎元明宗繼位，並且被立為皇太子。然而燕帖木兒毒死元明宗，元文宗復位，改元天曆，史稱天曆之變。
元文宗時期大興文治，1329年設立了奎章閣學士院，掌進講經史之書，考察歷代治亂。又令所有勳貴大臣的子孫都要到奎章閣學習。於奎章閣下設藝文監，專門負責將儒家典籍譯成蒙古文字，以及校勘。同年下令編纂《經世大典》，兩年後修成，為元朝一部重要的記述典章制度的鉅著。然而丞相燕帖木兒自恃有功，玩弄朝廷，導致朝政更加腐敗。1333年元文宗去世後，因為毒死元明宗的罪行良心受到譴責，遺詔立年僅七歲的明宗次子懿璘質班為帝，是為元寧宗。但元寧宗僅在位不到兩個月即去世，由於燕帖木兒弄權，兩個月不擁立新的皇帝，導致這段時間元朝沒有皇帝。不久後燕帖木兒也去世。元明宗的長子妥懽貼睦爾被文宗皇后卜答失裡從靜江（廣西桂林）召回並立為帝，是為元惠宗，又稱元順帝。
這一期間，皇位在仁宗系、甘麻剌和武宗系之間胡亂傳承，誰有拳頭誰就是天下之主。而這一時期，對待中原如何統治的態度，也是不同的皇帝走不同路線，武宗傾向於表面文章，實際上卻在經濟上不知道如何下手，仁宗和英宗則要徹底學習漢族的先進制度，泰定帝偏向宥和政策，極力彌合統治階層的分裂，但在經濟上減少印鈔，將物價平抑回去，而對待儒家以虛尊儒學為主，卻對伊斯蘭教推崇備至，而文宗則只對漢化流於形式，根本沒有進行過任何實際意義的改革，他和武宗還不一樣，武宗是不懂漢文化，所以改革出現問題，而文宗的改革純屬形式主義。
04
皇位穩定時期（1333年～1368年）
元惠宗繼位後，繼續任用權臣伯顏，但不久即啟用脫脫，號稱賢相，開始最後的漢化改革。但是這些改革，最終由於元惠宗啟用了奸臣哈麻，並陷害死脫脫為結局。此後，國家陷入紅巾軍起義的大潮之中。
05
退守大漠時期（1368年～1402年）
1368年，朱元璋在應天（今江蘇南京）即皇帝位，建立大明，同時對北方進行北伐，元惠宗倉皇逃離元大都。兩年後，元惠宗病逝於哈拉和林。此後的皇位仍舊在武宗一系傳承。直到1388年，阿里不哥的後裔也速迭兒稱大汗，對於其是否去掉大元國號和帝號，學術界沒有統一認識。隨後，脫古思帖木兒的後裔奪回大汗之位。1402年，鬼力赤殺死坤帖木兒汗，正式將蒙古分裂為韃靼和瓦剌兩個部落。這一期間，汗位回到阿里不哥系和忽必烈系之間的爭鬥，而對待中原的問題，元昭宗愛猷識理答臘和他的兒子脫古思帖木兒都以恢復中原為目標，而也速迭兒之後，歷任大汗毫無恢復中原之心。
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