嘉靖年間，明朝建立已經一百餘年，天下承平日久。在北部邊境，寧夏、宣府、大同等九個軍鎮牆高濠深，兵將眾多，擔負防禦蒙古部落侵擾的重任，被稱為“九邊”重鎮。
但從嘉靖三年開始，九邊之一的大同軍鎮，叛亂迭起，甚至一度勾聯塞外部落入侵，幾乎復刻唐朝中期安史之亂。為何相隔千年，邊疆軍鎮同樣在帝國中期爆發叛亂？這其中既有偶然性，也有歷史的必然性。
在北方邊境，北方蒙元勢力不斷入侵，劫掠內地，甚至深入京城周邊，明朝君臣不勝其擾。土木堡之變，讓明朝喪失大量野戰精銳部隊。隨著時間推移，明朝中期以後，邊境完全採取防禦政策，逐漸形成以“九邊”軍鎮為基礎的堡壘防禦體系。
朝建立以後，朱元璋吸取前朝教訓，大力整治國家軍隊，在全國建立大大小小數千個衛所，規定軍人作為軍戶，世代從軍，父死子繼。而不同於唐末的藩鎮，軍鎮都由文官巡撫、御史節制管理，避免邊軍尾大不掉，為害一方。但看似穩定的軍鎮防禦體系，實則暗藏動亂的禍源。
一是衛所軍戶制度延續百餘年，積弊叢生。以大同軍鎮為例，雖然文官巡撫掌握軍鎮上層權力，但始終透過總兵、都督等世襲武官控制兵卒。但世襲武將長期壓榨軍戶，刻薄嚴厲，不體恤底層軍人，對下毫無威信。
而塞外遊牧部落長年侵襲，軍戶長期擔負軍事鬥爭任務，作戰死傷相藉，生命財產得不到保障。即使沒有戰事，又要負擔沉重勞役，築城浚濠，異常艱辛。平常，還需要應付軍官臨時差遣，為其耕田勞作、起屋架樑，幾乎等同於軍官免費的奴隸。軍餉剋扣更是常態，底層軍人僅能依靠祖上繼承的微薄軍墾屯田維持生計。
在被普通民眾鄙視的情況下，窮困軍戶大多隻能相互結成姻親，利益關係緊密，牽一髮而動全身。一旦涉及到生死存亡的根本利益，就容易誘發群體反應。這種落後的軍事奴隸體制，充滿了壓迫剝削，是導致叛亂的重要因素。
但反觀九邊軍鎮情況類似，卻只有大同鎮，從嘉靖三年至嘉靖十二年，發生大小叛亂暴動七次，延綿近十年。這其中，自然也有事件爆發的偶然因素。
二是大同軍鎮內部的偶然事件，直接導致叛亂不休。嘉靖三年，巡撫張文錦效仿宣府鎮，在鎮城外圍建立小堡壘，形成攻防體系，防止蒙古部落直接攻擊鎮城。但張文錦忽略了底層軍戶的想法，強制命令，直接從鎮卒中抽選二千戶，遠赴堡壘駐紮，造成恐慌情緒。
鎮卒普遍認為，遊牧部落入侵難以抵擋。遠離大同的高牆保護，在堡壘中駐紮，與送死無異。
因此，試圖向參將賈鑑請求，收回駐紮命令。參將賈鑑是當時世襲軍官的一個縮影，將普通底層軍戶視同豬狗奴隸，毫不體恤，限期完成五個堡壘的修築，稍有遲緩，便鞭打笞杖。根據尹耕《大同平叛志》的記載，參將賈鑑甚至在工期緊張的情況下，勒令軍戶開墾周邊荒田，作為日後自己的私家田莊，以便增加收入。
矛盾更加激化。鎮卒們在身家性命和朝廷法度間，果斷選擇殺死參將賈鑑，逃竄到周邊荒山聚眾自保。隨後，巡撫張文錦因為懼怕叛卒招引塞外遊牧勢力，派人招撫叛卒入城。但未曾想，被叛卒聚眾圍攻殺害。
第一次大同叛亂徹底爆發，是為“五堡之變”。隨後，在朝廷招撫下，逮捕處決了首犯四十人，叛亂平息。此時，大同叛卒只是鎮卒中一小部分，也僅僅是反對遷移，並不想發動長期叛亂。
三是叛亂的種子始終未曾根除，相互不信任導致叛亂再起。嘉靖十二年十月，大同朔風凜冽，天寒地凍。為防止遊牧部落侵擾，總兵李瑾提議清理大同鎮城外的濠溝，獲得大同總制大臣劉源清的同意。
歷史又再一次重複，李瑾並未吸取九年前的教訓，仍舊限期三天疏浚四十里濠溝，對鎮卒動則鞭笞。相同的情形下，備受苦楚的鎮卒再次聚眾叛亂。總兵李瑾被殺，巡撫潘仿被逼逃走。此時，總制大臣劉源清一意孤行，認為九年前五堡叛亂處置太輕，才導致叛亂再起。因此，劉源清派兵攻入大同南城，大肆殺戮。原本只是數十名叛卒鬧事，聚眾劫掠。但在屠城的恐懼之下，大同鎮卒被迫響應，關閉城門，反擊朝廷軍隊。
四是地方和中央之間溝通不暢，使得叛亂難以平息。總制劉源清派出巡邏隊，攔截大同鎮發往北京中央的奏章。
大同軍鎮內部難以得到朝廷直接指示，加深了對城破屠城的恐懼，只能加強防禦。而在朝廷的一再過問下，劉源清仍舊斷言，大同全鎮叛亂，沒有招撫必要，必須破城剿滅。國家行政系統效率低下，上下溝通不暢，讓這場叛亂遷延日久。原本數十人的暴動，一步步演變成整個大同軍鎮的大規模對抗，進而導致塞外遊牧勢力趁機入侵。
官吏苛刻，上下關係緊張，是叛亂的背景原因。不顧現實情況，肆意壓榨，危及士卒生命，是叛亂的直接導火索。而歷次叛亂中被殺的鎮卒，親屬故舊仍然在鎮城生活，復仇心理與日俱增，背叛與陰謀始終籠罩城市。
繼任官員試圖清算前賬，稍有動靜，屠城的謠言就不斷髮酵。官府與大同鎮卒間互不信任，由此導致降而復亂，是叛亂不止的深層內因。大同軍鎮在嘉靖年間的屢次叛亂，與唐中期安史之亂一樣，都是封建王朝中後期，社會矛盾累積、國家體制腐朽的突出表現！
