2021年的9月的《Journal of Human Genetics 》釋出了《Dual origins of the Northwest Chinese Kyrgyz: the admixture of Bronze age Siberian and Medieval Niru’un Mongolian Y chromosomes》一文，對於中國新疆的柯爾克孜族的Y染色體進行了分析。
文章對分佈在新疆198個kizilsu（克孜勒蘇自治州）和99個urumchi（烏魯木齊）的柯爾克孜族進行了分析。
文章最終認為，we found that the Northwest Chinese Kyrgyz display a high proportion of Y-lineage R1a1a1b2a2a-Z2125, related to Bronze Age Siberian, and followed by Y-lineage C2b1a3a1-F3796, related to Medieval Niru’un Mongols, such as Uissun tribe from Kazakhs.（譯：我們發現中國西北的柯爾克孜族表現出高比例的R1a1a1b2a2a-Z2125，這一型別來自於青銅時代的西伯利亞，其次是C2b1a3a1-F3796，這一型別來自於中世紀的尼倫蒙古，正如哈薩克的烏孫/兀慎部落一樣。）
一、第一大型別：
43.6%的個體來自R1a1a1b2a2a-Z2125,，這一型別出現在4000年前的西伯利亞的青銅文化中，佔據了柯爾孜克族最大的型別，這與其歷史記載的南西伯利亞起源是相符的。
非常重要的是，根據《A dynamic 6,000-year genetic history of Eurasia's Eastern Steppe》的資料，R1a1a1b2a在古代匈奴、突厥等部落中，佔據非常重要的地位，在晚期匈奴中佔10%左右，佔古代突厥人的14.3%左右。
根據《137 ancient human genomes from across the Eurasian steppes》的資料，埋葬在高勒毛都1號墓（有史以來考古發現最大的一個匈奴貴族墓）的DA39古人，C14顯示時間為距今2020-1950年間，這個個體的Y就是R1a1a1b2a，和柯爾克孜主流一致，根據中國史書分析，他很可能是下面幾個匈奴單于中的一個：
狐鹿姑單于（公元前96-85年）、壺衍鞮單于（公元前85-68年）、呼韓邪單于（公元前58-31年）、復株累若鞮單于（公元前31-20年）、烏珠留若鞮單于（公元前8-13年）、呼都而屍道皋若鞮單于（公元18-46年）。
二、第二大型別：
23.2%的個體來自C2b1a3a1-F3796，這些個體nearly the same TMRCA ages (about 13th–14th centuries)（他們的共同的最近共祖時間是13-14世紀），無論是從歷史記載還是基因組證據，他們均來自尼倫蒙古支系。
文章特別提出，哈薩克的烏孫/兀慎/Uissun部落的的父系Y染色體的STR與柯爾孜克高度接近，這個部落的核心也是來自尼倫蒙古的C2b1a3a1-F3796，歷史上，這個部落是哈薩克大玉茲的核心，基本上誰是烏孫/兀慎/Uissun部落的可汗，就同時也是整個哈薩克的可汗。根據《史集·部族》裡記載，成吉思汗長子朮赤所封四個千戶中，有兩個千戶由“兀慎”部落組成，是朮赤封國中蒙古部落的最大一部，這應該就是這部分人員的源頭。
三、O型別
柯爾克孜族中，O不是主流，是小眾，O2佔比2.3%左右，其次有個特殊的是有一定的O1b2-M176，這一型別在西部蒙古族中有一定比例。
