最終幻想3中，遊戲開始產生了質的改變，遊戲畫面不再是2D畫面，而是開始製造出人物的立體感。
主角魯納斯在洞窟中緩緩睜開眼睛。在狹長的洞穴中，您可以嘗試使用虛擬操縱桿進行移動。 遊戲採用“地雷”方式遭遇敵人，易於控制。雜魚被消滅，繼續前進就會到達第一個水晶的位置。路上會出現一個寶箱，所以拿羊。這時候，你到達水晶附近就會進入BOSS戰。
離開村子後，順著地圖向南走，來到了劇情發生的瓦斯村，遇到了離開村子的阿魯庫。得知後，阿魯庫加入了隊伍。進了村子，才發現還是挺奇怪的。空曠的村子裡沒有一絲怒火。 在村子裡逛了一圈，進了酒館，發現這裡的村民都被施了魔法，變成了透明的人。與一旁的實德老人對話。他會請主角幫忙。營救村民並告訴主角飛艇的位置。
強化的飛空艇，果然不凡，輕而易舉的將巨石砸成碎片。在施德的帶領下，我們來到了南方的康南村。這裡是施德的家鄉。主角們見他在照顧生病的妻子，也覺得不方便打擾，所以早早離開了。在向這裡的村民打聽訊息時，主角得知附近山上有一條巨龍，經常來騷擾這裡的村莊。 為了測試自己的實力，我們一行人決定去回龍。
抬頭一看，發現一條巨龍盤旋在高空之上。盧納斯一行人，似乎已經被巨龍發現了。 於這個巨大的生物，主角們根本無法抗拒。眾人一覺醒來，發現自己身處巨龍巢穴，似乎有意將四人當做幼龍的食物。這時，一個藍衣青年從旁邊的草叢中走了出來。互相介紹完後，才發現眼前這個年輕人因為失憶而苦惱。
在森林裡，我們遇到了小人族的一員。他似乎是為生病的村民而來，並給了我們縮小的魔法。 身後的巨龍轉身，依舊跟在後面。看來我們要看到活著的人或屍體了。我們得到了收縮魔法，我們自然而然地逃到了通往小國的森林裡。我們還是理性的選擇了在這個殘酷的世界裡繼續生存下去。我們別無選擇，只能眼睜睜地看著他吃唯一的藥。作為等價物的交換，醫生打開了讓我們逃離熱那拉山脈的秘密通道。
一路向北，會有一個巨大的漩渦擋住去路，旁邊還有一座巨大的塔。進去後發現這裡地上有青蛙，上層沒有辦法。我們不得不走出塔樓，繼續向西走。當他們來到旁邊的一個山谷時，這裡住著許多聖人。談話中，他們告訴我們，只有來到Onta山頂，做出一些犧牲，才能消除漩渦，還教了我們青蛙變身的技巧。
