主線劇情：001、002、005、007、044、049-050、056、059-060、099-102、135-139、190-193、203-208、235-238、245-246、249-250、277-278、299-300、308-310、332-336、363-364、365-366、371-375、434、459-463、538-551、556、564-566、609-612、630-632、667-672、697-698、719-720、723-726、742-743、751-756、808-809、823-824、832-836、838-83、845-846、865-867、904-905、908-909、916-917、918-919、921-922、936-937、944-945、949-950、951-952、956-957、964-965、980-981、982-985、998-99、1009-1011、1028-1031
《來自黑暗組織的女子》（128-131）[136-141] 神秘女孩灰原哀登場。
《與黑暗組織的再會》（176-178）[190-192] 貝爾摩德登場。
《與黑暗組織的接觸》（307-313，345）[332-338，371-375] 追蹤Gin 琴酒。引出新人物赤井秀一。
《黑色衝擊》（425，462-465）[459-463，502-505] 組織成員水無憐奈、基安蒂、科恩出場，引出新人物本堂瑛佑。
《紅與黑的對撞》（491-504）[538-551] 水無憐奈和本堂瑛祐的身份揭曉。引出新人物 Bourbon 波本
《神秘列車篇》（699-704）[751-756] 各方人物的身份初步揭露。Bourbon是誰？
《緋色篇》（779-783）[832-836] 安室透和衝矢昴的身份以及赤井秀一的生死之謎徹底揭曉。
特番--0 Episode "ONE" 變小的名偵探
1 雲霄飛車殺人事件
2 董事長千金綁架事件 （前三集鋪墊）
5 新幹線大爆破事件（漫畫中柯南此時得知琴酒和伏特加外號，但TV魔改劇情，不用太在意）
14 奇怪的尋人事件（宮野明美登場）
44 江戶川柯南誘拐事件（柯南父母登場）
49-50 外交官殺人事件（服部平次登場，柯南第一次變回工藤新一）
53-54 霧天狗傳說殺人事件
56 電玩公司殺人事件（龍舌蘭登場）
59-60 福爾摩斯迷殺人事件（服部平次看穿柯南身份）
79 柯南對怪盜基德（怪盜基德登場）
124-125 浪花連續殺人事件（遠山和葉登場）
135 黑衣組織十億元搶劫事件（琴酒殺死宮野明美，柯南從明美口中首次瞭解到黑衣組織）
136-139 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件（灰原哀登場）
140-141 競技場一視同仁脅迫事件
142-144 魔術愛好者殺人事件（怪盜基德）
181-182 黑暗中的死角（新出醫生登場）
190-192 與黑暗組織的再會（柯南首次與黑衣組織交鋒）
203-208 生死一瞬間（柯南第二次變回工藤新一，新蘭線）
235-238 名偵探齊聚一堂！工藤新一VS怪盜基德（提到烏丸蓮耶）
241-243 人魚失蹤記（琴酒真名）
245-246 戰鬥遊戲的陷阱（朱蒂登場）
249-250 神秘乘客（赤井秀一登場）
277-278 來自芝加哥的男人（詹姆斯·布萊克登場）
291-292 犯罪的紀念品（貝爾摩德相關）
293-294 情急之下的應變之道
296-297 幽靈鬼屋的真相
299-300 英文教師VS關西名偵探
301-302 瘋狂足球迷（貝爾摩德線索）
306-307 中華街的雨中幻影
308-310 工藤新一的紐約事件（新一小蘭攜手救下貝爾摩德）
311-312 光彥森林迷失記（沼淵己一郎，無關緊要）
332-333 殘留下的無聲證言
334-336 接觸黑色組織（柯南第二次與黑衣組織交鋒）
354-355 用錢買不到的友情（提到宮野厚司）
360-361 東都現像所的秘密（赤井秀一相關）
363-364 4輛保時捷（小哀越來越危險）
365-366 隱藏在廁所中的秘密（小哀找到母親的錄音）
396-370 便利商店的陷阱（小蘭涉入主線）
371-375 與黑暗組織直面對決 滿月之夜的雙重謎案（紅黑高能對決！）
376-377 尋找臀部上的記號
392-393 帝丹高中校園靈異事件
405-406 星星與香菸的暗號
420-421 斯托拉帝巴利歐斯不協調的和音（boss郵箱）
428-430 詭異宅院大冒險
459-463 黑色衝擊！組織之手逼近的瞬間（水無憐奈登場）
467-468 無法回頭的兩個人（本堂瑛佑登場）
502-505 黑暗組織之影
527-528 黑色相片的下落
538-551 紅與黑的碰撞（紅黑高能對決！）
554-555 卡拉OK包廂的死角（本堂瑛佑看穿柯南真實身份）
556 紅白黃色和偵探團（衝矢昴登場）
557 柯南VS雙重暗號之謎
558 推理對決！新一VS衝矢昴
570-571 殺人犯 工藤新一
572-573 新一的真實身份和小蘭的眼淚（柯南第三次變回工藤新一）
574 真正想知道的事
575-576 憎恨的藍色火花
593-594 魚兒消失的一角巖（衝矢昴與小哀）
614-615 偵探團VS搶匪團（傷疤赤井秀一登場）
629 引發危機的紅色前兆
630 黑色13的暗示
631 步步逼近的黑色期限
632 搖曳的紅色目標（確認傷疤赤井秀一身份為波本）
667-672 福爾摩斯的默示錄（柯南第四次變回工藤新一，向小蘭表白）
673-674 緊急事態252（衝矢昴相關）
697-698 幽靈飯店的推理對決（世良真純登場）
669-701 偵探事務所挾持事件
702-703 柯南VS平次 東西偵探推理對決
708-709 博士的影音網站
719-720 婚禮前夕（安室透登場）
724-726 偵探們的夜想曲（波本三選一）
727-728 一點都不能原諒
733-734 賭上性命的戀愛轉播
736737 泡沫、熱汽與煙
742-743 工藤優作的未解決事件（世良和衝矢昴見面）
751-752 迫近灰原秘密的黑影（小哀危）
753-756 漆黑的神秘列車（紅黑高能對決，柯南知道波本身份）
757 密室中的柯南
758 揭開謎底的波本（柯南麻醉針被看見）
774-775 又甜又冷的宅急便（安室透相關）
776-778 怪盜基德與赤麵人魚（世良真純，怪盜基德）
779-780 裝滿水果的寶箱（世良真純相關）
783-784 現場的鄰人是前男友（羽田秀吉登場）
786-787 茱蒂的回憶與賞花的陷阱
791-792 小五郎在酒吧裡
793-794 小蘭也倒在浴室了
797-798 嫌疑犯是京極真
807-809 紅衣女的慘劇（世良真純相關）
812-813 戀愛小說的意外結果（“領域外的妹妹”登場）
816-817 柯南與平次戀愛的暗號（不要瞎想）
823-824 氣氛僵硬的茶會（緋色篇序幕）
832 緋色的序章
833 緋色的追尋
834 緋色的交叉
835 緋色的迴歸
836 緋色的真相（RUM出動）
緋色篇紅“黑”高能對決
838-839 太閣戀愛的名人戰（羽田秀吉相關）
840-841 沉入盛夏遊泳池的謎團
845-846 三個第一發現者（RUM特徵）
863-864 鐮鼬旅館
865-867 縣警的黑暗（黑田兵衛登場）
868 悄悄靠近安室的黑影（M20聯動原創）
882-883 好吃得要死的拉麵2（領妹相關）
891-892 關係不好的女子樂隊（回憶到蘇格蘭）
898-899 不明真相的偵探團
904-905 結婚申請書的密碼（小哀回憶APTX-4869名單裡有羽田浩司的名字）
908-909 櫻花班的回憶（新蘭高甜）
916-917 與17年前同樣的現場（第一次解讀17年前案發現場的暗號）
918-919 靈魂偵探殺害案件（琴酒時隔多日終於登場，並重新懷疑毛利小五郎）
921-922 背叛的舞臺（暗號有關）
927-929 柯南與平次的鵺傳說（平次要表白，卻…）
933-934 試衣間的死角
936-937 漣漪中的魔法師（回憶，10年前工藤一家與赤井一家在海邊碰過面）
940-941 在波洛咖啡廳解謎（大岡紅葉登場）
944-945 新老師的骸骨事件（若狹留美登場）
949-950 隔壁的江戶式推理秀（脅田兼則登場）
951-952 手臂白皙的女人（若狹留美相關）
953 蛋糕融化了！（M22聯動）
964-965 燃燒帳篷的怪物（黑田兵衛與若狹留美碰面）
982-985 紅色修學旅行（小蘭親新一）
998-999 尋找瑪莉亞！（新一上熱搜）
1009-1011 充滿謎團的雞尾酒（紅茶會議）
1028-1031 目標是警視廳交通部（黑田兵衛稱呼安室透為“波本”）
