我們人之所以是活的,就因為蛋白質是活的,是一種微型的小機器。在我們的身體裡面,有無數個這樣微型的小機器在運動。
2021年12月19日,《科學》雜誌公佈了世界上十大科技突破,並且把AI預測蛋白質結構列在榜首。
什麼是蛋白質?日常的觀點認為蛋白質就是一個雞蛋或者是一塊肉。
但是,蛋白質的作用遠遠超過它是一種食物。
蛋白質在我們身體裡面充當分子機器的角色,它是我們身體裡面的印表機、運送卡車、電動機、通訊器以及閘門。
蛋白質之所以能夠充當分子機器,是因為蛋白質有空間結構。就像一塊鋼鐵是死的,但是把它做成機器人,一塊鋼鐵就有了空間結構,它就能夠動作、就是活的。
能夠窮盡蛋白質的秘密,就能夠窮盡人體的秘密,而蛋白質的幾乎全部秘密就在於它的空間結構。
▍什麼是蛋白質結構?
蛋白質由氨基酸組成,僅僅由氨基酸組成的高分子結構,還不能算得上蛋白質,只能被稱為多肽。
打一個比喻,多肽就是一個長的鏈條,這個鏈條上的環節就是氨基酸,氨基酸按照一定的序列排列就形成不同的多肽種類。
多肽經過摺疊以後就有了空間上的結構,被稱為蛋白質的構象,而且這種摺疊要反覆的摺疊多次,才能最終形成一個執行特定功能的蛋白質分子。
蛋白質的多肽長鏈屬於蛋白質的一級結構。
一級結構有兩種摺疊方式:一種是阿爾法摺疊,一種是貝塔摺疊。
一級結構摺疊以後就變成蛋白質的二級結構,在二級結構的基礎上再摺疊一次就會變成蛋白質的三級結構。
多個具有三級結構的蛋白質,會組成一個複合蛋白質分子,這被稱為蛋白質的4級結構。
蛋白質不折疊,僅僅是一個化學大分子,它摺疊了以後就會變成分子機器,或者分子機器的一部分,這些分子機器真的能像我們通常見到的機器那樣會運動。
就是這些分子機器,執行了幾乎人體的全部生理功能。
▍分子機器有多厲害?
分子機器有很多種,我們介紹幾種主要的分子機器。
第1種,遺傳物質影印機。
遺傳物質的複製是自己不能完成的,必須經過一個被稱作核糖體的複製機器才能夠完成。
這個核糖體,主要就是由核酸和蛋白質組成,大腸桿菌的核糖體裡面有22種蛋白質。
核糖體由兩塊組成,一塊是大的,一塊是小的,大的和小的把遺傳物質夾在中間,影印就開始。
分子機器會沿著遺傳物質逐段讀取編碼,並且把周圍的核酸、脫氧核糖核酸拉到裝配匡,啟用以後就可以裝配成原來一模一樣的遺傳物質。
第2種,轉運機器。
我們人體的細胞是由兩層磷脂分子構成的,是一種親水膜。
小分子物質,比如說水分子可以自由進出,但是大分子物質是被擋在細胞膜之外的。
因為這些大分子物質有的可能對細胞有害,到底選擇哪一種物質進入細胞,這就需要一種轉運蛋白質來運作。
轉運蛋白是鑲嵌在細胞膜上的一個分子機器,把需要的物質抓住以後轉一個圈就可以釋放到細胞膜內。
第3種,通訊機器。
在細胞膜上還有一種蛋白質,它是用來和外界進行通訊。
是人體細胞感受外界刺激的重要的分子器官,一般的情況下把這個分子機器稱為受體。
受體感受細胞外面的化學物質的濃度,比如說是能夠感受到激素,就啟動細胞內部相應的生化反應。
新冠狀病毒進入細胞內部,就是要用一個特殊的鑰匙騙過這個受體器官,開啟細胞膜。
第4種,運送機器。
這種運送機器一般被稱為馬達蛋白,負責在細胞內部把物質運送到特定的位置。
在我們細胞內部有一個有纖維蛋白絲構成的骨架,就像細胞內的高速公路一樣,它一方面維持著細胞的結構,另一方面是馬達蛋白執行的高速公路。
馬達蛋白有一個長長的身體,下面長著兩個腳。頭部連線被運送的物質,兩個腳交替在纖維蛋白絲上運動,在細胞內任意移動。
在我們人體裡面20多種氨基酸一共組成了3600種多肽鏈,經過摺疊以後會形成200億種不同的蛋白質。
谷歌的研發團隊開發了AI預測蛋白質結構的軟體,可以模擬蛋白質從一級結構開始摺疊,以及最後形成的樣子。
同一條多肽的長鏈可以摺疊成幾個結果,如果錯誤摺疊就會給人帶來疾病。
在計算機上提前預測蛋白質摺疊的空間結構,就可以深入的瞭解蛋白質可能的改變,以及可能對人體的作用。
▍蛋白質錯誤摺疊會發生什麼?
這種所謂的錯誤只是在我們人類看來對我們人是有害的,但是實際上在自然界中這種摺疊仍然會發生。
所以對於自然,它是合理的。
蛋白質最著名的錯誤摺疊方式是會形成一種毒蛋白,一般我們把它稱為朊病毒蛋白。
朊病毒蛋白會干擾人的神經系統,最終會殺死神經細胞,尤其是腦細胞,造成大腦空心化,最終導致人類死亡。
朊病毒疾病很難診斷,而且無藥可救,比任何其他的病毒危害性都大。
尤其是在初期發作的時候。只有人的症狀表現出嚴重的行為障礙,比如說像痴呆症這種情況,才可能引起醫療方面的重視。
正式確認被朊病毒感染,要透過對大腦或者脊髓進行穿刺取樣。但這通常是一個比較危險的手術。
在AI上預測蛋白質的摺疊可以弄清楚蛋白質的行為,雖然不能治癒朊病毒疾病,但是有可能會給出預防性的措施。
以往科學家要揭秘一個蛋白質的三維結構,可能要用3~5年時間。200億種蛋白質,如果純粹靠人力來破譯,等到太陽爆炸也無法完成。
但是現在用AI預測蛋白質的摺疊,就只要10分鐘就可以完成了。