2001年，雅馬哈FJR1300在繼承前輩FJ1100和FJ1200的基礎上，搭載著更先進的液冷並列四缸引擎上市，發動機採用鍍層氣缸、輕量活塞、兩軸平衡器等元素。不僅是發動機，在車架方面也採用了全新的設計。在歐洲首次亮相的FJR1300，開創了運動旅行車的全新品類。
在2003年該車配備了ABS，同時增加了前輪碟剎盤的直徑、配備防盜器等等。2005年10月再次升級，配備了自動離合器YCC-S（雅馬哈晶片控制換檔）的FJR1300在法國巴黎的車展上首次亮相，無需離合器操作即可實現換檔，大大的提高了該車的旅行功能。
從2013年，這款作為海外銷售的日本車才開始在日本本土銷售，2013款以整流罩為中心，進行了全新的設計。並且在2015年新增了結合金屬深灰色和黑色的全新配色。
經過2013年的小改款之後，2016年7月的FJR1300AS/A系列也有很大的調整，採用6檔變速箱、LED大燈，整流罩經過重新設計匹配燈具（僅限 FJR1300AS），並且FJR1300A採用了A&S離合器，進一步提升了這款車的運動旅行車的效能。在2018年，FJR1300有了全新的配色啞光藍。
具首款車型的釋出已經過去整整20年了，雅馬哈為FJR1300推出了20週年紀念款。整車以黑色作為車身的主色，在油箱頂部有20週年金色的“FJR”標誌，金色的前後輪轂，特殊的坐墊縫線。在尾部還設計了邊箱架，保證顏值的同時，拆裝也非常的方便。
據悉，20週年紀念版車型將會在2022年2月10日在日本釋出，“FJR1300AS 20 週年紀念版”售價為1980000日元（約11.1萬元），“FJR1300A 20 週年紀念版” 1650000日元（約9.25萬元）。但同時，這款車過後，該車型將會在日本停產，意味著這款車在日本的銷售將會終止，對於日本的車迷來說，可謂是悲喜交加。
