從阿黑麻汗開始便在東部割據自立為王的，阿剌杜因王子是拉失德汗第十二個兒子。
阿克蘇，庫爾勒乃至於嘉峪關前都是他的領地，經過40年的勵精圖治，已經兵強馬壯，根基穩固。
1635年，阿剌杜因去世，其子阿卜杜拉哈即位。
這是一個驍勇善戰的王子，即位之初便剷除了自己的岳父，庫車總督阿布.哈迪。
葉爾羌汗國西部各地的貴族們都傾心於阿卜杜拉哈王子。
甚至黑山派也傾心於他。
1639年，阿卜杜拉哈率軍西征，一路上所向披靡，降者如雲。
速檀阿黑麻汗下臺，逃亡國外。
分裂了30年的汗國再一次統一起來。
剛剛登基為王的阿卜杜拉哈還未來得及享受勝利的果實，北部強敵變南侵而來-準噶爾汗國的開國汗王-巴圖爾琿臺吉見葉爾羌汗國又換了可汗，認為有機可乘，派大將孔金，色凌，蘇邁爾率軍前來。
準噶爾軍抵達和田城下，和田守將曼蘇爾伯克戰死，準噶爾軍大有一舉攻克和田之勢。
準噶爾軍來的不是時候，此時的葉爾羌汗國已經是一個政令統一，諸侯歸心的時代。
阿卜杜拉哈派弟弟伊卜剌亦木率軍抵抗，同時各路援軍也源源不斷開來，準噶爾軍大敗。
次年，準噶爾軍再度進抵阿克蘇，不過這次他們敗得更慘，三員大將中的色凌和蘇邁爾被俘。
連續兩次擊敗準噶爾汗國的赫赫武功，令阿卜杜拉哈汗的威望在汗國內如日中天。
他趁機對朝廷開始了大換血，收歸各地貴族兵權，將自己的弟弟們派駐各地擔任總督。
為了彰顯自己對“真主”的虔誠，阿卜杜拉哈汗又開始了“聖戰”。
1641年征服巴達克山（巴達赫尚，阿富汗東北部，塔吉克東部）。
1643年征服吉利吉思人。
1644年，那個曾讓馬黑麻汗牽馬墜凳的沙迪和卓死了，其子瑪木特成為新和卓，繼續支援阿卜杜拉哈汗。
1644年，中原也發生了改朝換代，明滅清興。
阿卜杜拉哈汗遣使前往進貢，清順治皇帝允許“自此 著五年可來貢一次”。
雙方正式建立了朝貢關係。
阿卜杜拉哈汗實現了搖搖欲墜的汗國的中興，但他在施政過程中卻矯枉過正。
使用鐵血手段清除異己，用大肆屠殺與流放來樹立自己的權威。
甚至將兩個立下了汗馬功勞的弟弟-伊卜剌伊木王子和伊斯瑪伊勒王子驅逐出境，這就使得他周邊與他貌合神離的人越來越多。
北部的準噶爾汗國見阿卜杜拉哈流放了這麼多貴族，便開始武裝這些人，讓他們用武力和阿卜杜拉汗競爭。
黑山派，白山派對汗位繼承人的爭奪
伊卜剌伊木與伊斯瑪伊勒在準噶爾軍的支援下，對葉爾羌汗國展開了進攻，全面內戰爆發。
面對兄弟們的進攻，阿卜杜拉哈多次進行反擊，勝負各半。
就在他忙於和兄弟們作戰的時候，他的家族內部又起爭端。
阿卜杜拉哈的長子尤勒巴思因作戰有功，被任命為喀什噶爾總督，他是汗位的繼承人，待父親一死，他便可以繼位。
尤勒巴思的喀什噶爾這時候成了白山派的大本營，尤勒巴思剛一上任，便被白山派發展為信徒。
汗位繼承人成了白山派的弟子，這讓黑山派很不爽，於是黑山派和卓瑪木特便與尤勒巴思王子處處作對，意圖動搖他的汗位繼承權。
尤勒巴思在白山派的支援下，四處招兵買馬，對父親步步緊逼，逐漸擴大自己的領地，直到阿卜杜拉哈汗控制的領地只剩下了首都葉爾羌。
阿卜杜拉哈眼見汗位不保，便開始反擊，他命次子努爾.丁王子反擊，丁王子很快收復了喀什噶爾。
但不幸的是，丁王子很快就病死了，喀什噶爾又重新落入尤勒巴思之手，並且丁王子的軍隊也被他收編。
1668年，尤勒巴思王子率軍進逼葉爾羌城，面對大軍，阿卜杜拉哈汗宣佈退位。
兒子告訴老子，父親作為一個虔誠的穆斯林，還未去麥加朝覲過。
在兒子的暗示下，阿卜杜拉哈以“朝聖”的名義出走麥加，終身未返回葉爾羌。
準噶爾汗國介入
黑山派絕不肯善罷甘休，他們到準噶爾迎回了二王子伊斯瑪伊勒，宣佈他為新可汗。
黑山派，白山派擁立的可汗多次交戰，尤勒巴思全部失利，情況緊急之時，準噶爾汗國第二任可汗僧格派軍支援，勉強維持了平衡，尤勒巴思得以殘喘。
僧格派軍可不是為了維護葉爾羌的和平，而是自有打算，他想要趁機吞併葉爾羌。
一天，準噶爾汗國的軍隊在葉爾羌汗國貴族們的指引下衝進宮中，殺死了尤勒巴思汗。
貴族擁立阿布都.拉提夫為汗。
駐軍阿克蘇的伊斯瑪伊勒王子聞之汗廷有變，便率軍前往葉爾羌，逼迫葉爾羌開城投降，1670年4月2日，他成為新可汗。
準噶爾軍撤回本土，不久，僧格在宮廷政變中被殺，準噶爾內亂，無力南顧。
白山派徹底失勢。
黑山派的春天來了，開始了反攻倒算，對白山派進行了血腥屠殺。
白山派保護阿布都.拉提夫逃回大本營喀什噶爾。
但是黑山派迅速追擊，攻克喀什噶爾，阿布都.拉提夫及所有尤勒巴思汗的子孫全部被處死，白山派和卓伊達耶提拉逃亡印度。
伊斯瑪伊勒汗開始了自己的統治，黑山派和卓瑪木特成為大教長。
黑山派終於又掌權了。
