蒙古部落最初是沒有戶籍制度的。1205年，鐵木真推行了“千戶制度”，這是蒙古戶籍制度開端。滅金之後，窩闊臺聽取了耶律楚材的意見，在中原編戶齊民，收取賦稅，這是蒙古賦稅制度的轉型。元朝之後，忽必烈以民族、職業、信仰來劃分戶籍，在歷史上算是別具特色。元朝的戶籍制度總體不算先進，但是對明朝產生了重要的影響。
一，從千戶制度到括戶中原
蒙古為遊牧民族，長期處於氏族時代。在12世紀，蒙古部落的社會組織是部落聯盟—氏族部落——家庭這種結構，沒有戶籍制度，但是已經出現了階級分化，出現了貴族、平民、奴隸三大階級。在鐵木真征戰的過程中，又出現了護衛軍，其數量最終發展到了10萬，是蒙古汗國軍事的中堅力量。
為了加強部落的組織能力、動員能力，鐵木真於1204年推行“千戶制度”，將部落按照萬戶、千戶、百戶的形式組織起來。這種制度和金國的“猛安謀剋制”異曲同工，是一種行之有效的戶籍制度。1206年，鐵木真統一了漠北，於是將千戶制度推廣到整個草原，形成了95個千戶。
千戶就此取代了過去的氏族成為了漠北的基本單位，同時也成為了蒙古分封的基本單位。鐵木真任命自己的親信、宗族等擔任千戶長、百戶長等，並且規定了各千戶的牧場，各有疆界，不準隨意遷徙。千戶之下的牧民則為領主提供相應的貢賦和兵役。對於功勳貴族，則可以分封為萬戶侯，擁有更多的特權。
蒙古滅金入主中原後，蒙古的千戶制度並不適應於中原，於是蒙古開始仿照唐宋推行中原的戶籍體制。最初，窩闊臺聽取了耶律楚材的建議，以萬戶總軍，以長吏牧民，初步實現了軍政分離。之後，又任命耶律楚材為中書令，負責中原的戶籍、財政事務。耶律楚材於1230年設定了十路課稅使，並且開始括戶（統計戶口）的工作。
耶律楚材
由於蒙古入侵中原，戰亂持久、屠殺較多，經濟殘破，因而戶口數量比金代是遠遠下降了。耶律楚材考慮到恢復經濟的重要性，於是就仿照唐朝的租庸調製，推行新的稅收制度，其稅收儘量降低，這就是元朝“以寬治國”的開端。從1235年開始，北方的戰局結束，開始穩定下來，經濟在低谷中緩慢恢復。
但是，由於蒙古還在對外征戰，經常會臨時增加一些新的稅收，這樣也加重了百姓的負擔。蒙哥時期，北方大量的百姓逃亡南宋，於是又繼續加大括戶的強度。同樣的政策還在西域、中亞推行，由於西方的戰事更加緊張，西域農民的負擔異常沉重。蒙哥意識到危機的存在，不得不下令各地長官要節制，試圖規範西域地區的稅收。但在戰爭年代，這種規範也大多流於形式。
二，按照職業劃分戶口
按照職業劃分戶口並非是蒙古的獨創，但是卻是蒙古戶口的最大特色。在汗國初期，草原上分化出了軍戶（護衛軍）、商人、工匠、牧民、奴婢等階層。蒙古對外征戰的過程，從外地俘虜了大量的工匠和奴婢。為了維護傳統的等級制度，蒙古必然會按照這種身份、職業來劃分戶籍制度，於是出現了軍戶、站戶、匠戶等。
蒙古還將不同信仰的人劃入不同的戶籍，使之提供不同的義務，享受不同的權力，這些戶口有儒戶、醫戶、陰陽戶、道士、樂戶、僧人、也裡可溫、達失蠻等。
儒戶，也就是儒生。1223年，在耶律楚材的建議下，窩闊臺實行“戊戌選試”，在中原選出了4030為儒生，納入儒戶之中。儒戶可以從事農業、商業等，只需要按照相關規定繳納稅收，但不用承擔徭役，儒戶還可以世襲。忽必烈即位後，又增加了儒戶幾千。1276年，忽必烈對儒戶重新進行了考核，最終得到儒戶為3890戶。窩闊臺時期，儒戶其家人都可以免除徭役，而忽必烈規定只有儒生本人可以免除徭役。
元朝滅宋後，規定南宋的“登科、發解、真材、碩學、名卿、士大夫”都可以納入儒戶。隨後，元朝在南方進行了大規模的統計工作，最終於1291年完成。元朝又在全國各地設定儒學提舉司，統諸路、府、州縣學校、祭祀、教養、錢糧之事。也就是讓儒戶去承擔全國各地的教育事業，這是元代官學十分發達的原因之一。這些學校的經費來自於學田，其數額頗為可觀。
蒙古經常征戰，對醫學非常重視，因而單獨立醫戶。鐵木真對外征戰中，會收集各地的醫生，耶律楚材就有一手醫術。在窩闊臺時期，醫生的地位提高。到了忽必烈時期，開始立醫學教授，以收攬明陰陽醫術之人。納入醫戶的人免除徭役。當然，元朝對醫戶的水平要求比較高，“諸醫人於科內，不能精通一科者，不得行醫。”陰陽戶和醫戶類似，主要是會占卜、天文之人，其中很多為元朝的天文學做出了巨大的貢獻。
道士，顧名思義，就是道教人士。1222年，丘處機西行萬里見成吉思汗，得到成吉思汗的欣賞，隨後就出現了道士這個戶籍。僧人，就是佛教教徒、最初僧人被納入道士這個戶籍，到窩闊臺時期單獨分出。最初道教抑制打壓佛教，到蒙哥之後，提高了佛教地位，使其平起平坐。到忽必烈時候，全國僧人達到了21萬人。道士和僧人都只負責本教的宗教事務，不承擔徭役和賦稅。
丘處機
也裡可溫就是基督教戶籍。基督教在蒙古高原傳播具有很久的歷史，因而信仰者也較多，僅大都就有3萬人。達失蠻為穆斯林，主要集中於西域地區，元朝稱之為“回回”，其人數很多。元朝規定，基督教徒和穆斯林可以從事各種行業，主需要按照相關行業的規定納稅就可以，徭役可以適當減少。
三，按照民族劃分戶口
元朝推行了民族等級制度，將全國的民族分為了蒙古、色目、漢人、南人四個等級。這是一種民族政策，也是一種戶籍政策。當然，元朝並沒有“四等人”這種說法，只是體現於元朝的法律、政治制度之中。
四等人中最高級別的為蒙古族。蒙古人最早是指蒙古部落，是漠北部落之一，為室韋的分支。成吉思汗統一漠北後，這裡的突厥、回鶻、契丹等都自稱為“蒙古”，也就是蒙古成為了這些部落的通稱，於是一個新的民族誕生了。蒙古族在元朝為“國族”，是其宗室，享受眾多的世襲特權，世代擔任軍事長官。當然，並非所有的蒙古族都有特權，蒙古族之中也有平民，奴婢，他們的地位就非常低了。
色目人，也就是泛指西方各族，包括西夏人、回鶻人、吐蕃人、突厥人、中亞西亞東歐各族等。這些民族也各有各的義務和權力，例如回鶻（維吾爾）許多擔任元朝的文官，經營財政；吐蕃人主要從事於宗教事業；欽察人成為職業的軍人，隨從征戰；一般的穆斯林則算為達失蠻。在所有的色目人中，維吾爾的地位最高，比漢人略高，其他的則和漢人相差不大。
漢人，也就是原本金國統治下的漢人、契丹人、女真人、渤海人以及高麗人。這些民族基本從事於農業，因為基本是按照農業戶口來管理。元朝科舉制沒有完全恢復，因而漢人當官的前途並不樂觀。但是在忽必烈時期，其帳下投靠了大量的漢人，他們擁有了特權，進入了統治階層。忽必烈讓漢人擔任文官，一定程度上維護了北方官僚地主的利益。
南人，也就是南方人，南宋境內的各族。當然，這裡不包括四川人，因為這裡在蒙哥時期就納入了蒙古版圖。忽必烈在滅南宋後，下詔南宋地方官員可以暫時留任。當政權穩固後，忽必烈下令大量裁汰江南官員，並且下令中央官員永遠不準選用南人。因此，南人在政治上的地位是最低的。元朝滅宋後，下令廢除南宋的苛捐雜稅，將北方相對寬鬆的稅收推廣到南方。不過，由於政治不斷腐化，元朝的稅收在後來也不斷在增加。
元朝推行“四等人”制度，給予不同的民族不同的權力和義務，其目的是為了維護蒙古人的特權，同時保障既加入統治階層的利益，以此來鞏固自己的統治。但是，這種民族歧視的政策，使得民族矛盾尖銳，最終讓元朝百年而亡。
元朝滅亡後，其民族政策被廢除，朱元璋推行了嚴格的“華夷之辨”。不過，元朝按照職業劃分戶口的方式被明朝繼承了下來，甚至更加強化。明朝規定軍戶、民戶、商戶之間不能轉化，嚴格限制百姓的流動，這是代表元朝的“以寬治國”轉為了“以嚴治國”。加上嚴格的海禁、重農抑商、文字獄、八股取士，明朝走上了和元朝完全不同的道路。
