莫斯科防空區歷史悠久：列寧為了防止協約國和白匪軍的空襲，他建議成立莫斯科防空區。
1918年初，蘇聯組建第一批航空兵支隊空軍和防空炮兵；1918年4月，承擔莫斯科防空任務的單位有北方面軍第四航空兵群、西南方面軍第2殲擊航空兵群軍屬第3航空兵支隊、若干防空炮兵連/ 探照燈連/機槍隊；克里姆林宮以及市中心直接防空任務由汽車高射炮兵第七連擔當，為了及時發現和報知空中情況，蘇軍在敵空軍最可能來犯的方向、在離首都110一140公里處設定了許 多對空觀察哨；
衛國戰爭之前，根據聯共 (布 ) 中央委員會指示採取了一系列加強莫斯科防空的措施：1925年12月，組建了國土防空獨立高炮第 l 營 (後改稱高炮第 31 營 )。1929年10月,在該營基礎上建立高炮第85團；次年，蘇軍又組建了炮兵第 10 旅：它編有高炮第85團及其他高炮部 (分 ) 隊、對空情報部隊、高射機槍部隊和電工部隊，其旅長被任命為莫斯科防空要地主任；
為了便於技術改裝和進一步完善首都的對空防禦，該旅於 1931年擴編為炮兵第1師。1 9 3 7 年又改編為防空第1軍，統一領導擔任首都防空任務的高炮、高射機槍和探照燈部隊、攔阻氣球和對空情報部隊。為確保對莫斯科所有防空兵器的集中指揮，蘇軍殲擊航空兵第57旅先後隸屬防空師和防空軍。1940年初，以該旅為基礎組建殲擊航空兵第24師。次年組建了殲擊航空兵第6軍；
蘇聯黨和政府實行的國家工業化政策讓頭幾 個五年計劃順利完成。20世紀30年代建成的國防工業使首都防空兵團和部隊在現代軍事技術裝備方面得以極大進步：部隊裝備76毫米、85毫米高射炮和37毫米高射炮；伊一15、伊一16 、伊一153 殲擊 機；1940一1941年又裝備米格一3、雅克 一 1 、 拉一3殲擊機，PUS一 2多面堡雷達等；
法西斯德國進攻蘇聯的威脅日益加劇的情況下，蘇軍採取一系列加強莫斯科對空防禦的措施。蘇德戰爭前不久，建立了“莫斯科防空地帶”。戰爭爆發後的頭幾天，編成內又增加了新組建的高炮、高射機槍等部 隊；1941年7月9日,蘇聯國防委員會根據蘇共 (布 ) 中央委 員會的提議，通過了“關於莫斯科對空防禦”的專門決議，實現了加強首都防空兵力兵器及健全其組織結構的宏大規劃。同年11月,建立了莫斯科軍級防空地域參加莫斯科會戰。當時，希特勒狂叫“將莫斯科從地圖上抹掉”，納粹德國空軍出動近千架飛機空襲莫斯科，但它們在蘇軍莫斯科防空力量的頑強阻擊下，沒有一架納粹德國飛機竄入莫斯科市區上空，保證了蘇聯軍工在嚴峻形勢下，於11月7日照常舉行慶祝十月革命的紅場閱兵式，極大的鼓舞了蘇聯紅軍的鬥志；
1942年4月，以莫斯科軍級防空地域為基礎建立了莫斯科防空方面軍，翌年6月改編為莫斯科特別防空集團軍，繼續遂行防禦敵人空襲首都的任務。戰後根據蘇共中央和蘇聯政府決定，採取了進一步加強國土防空的重大組織措施；
1954年8月，以莫斯科防空地域為基礎經過一系列改組之後，建立莫斯科防空區：保衛莫斯科和防空區境內工業經濟區域不受空中之敵的突擊。防空區編有國土防空的所有 兵種，裝備有現代化武器和技術裝備：包括各種用途的防空導彈綜合系統、攜帶大威 力導彈武器的全天候超音速截擊機、可在遠距離發現高空空襲兵器的雷達裝置；
莫斯科防空區的歷任司令均為一時之選：1 954一1 9 6 5 年 系 P.F.巴季茨基上將( 196 1年 5 月 5 日晉升為大將 )、1 9 6 6 一 1 9 7 0年為 B.B.奧庫夫上將、1 9 7 0 一 1 9 7 5 年為A.N.科爾杜諾夫空軍上將、1 9 7 5 年起，由B.B.博奇科夫空軍上將。其中巴季茨基上將曾應中國政府的邀請，於1950年2月率部來華參加防禦上海領空的戰役，擊落多架美蔣飛機，為我軍培養了第一批國土防空/空軍人才；
蘇聯的高光時代，莫斯科防空區都是國土防空軍的寵兒和核心：因為蘇聯一直將其空防部隊作為獨立軍種運作,下轄數以萬計的防空導彈，數千架直屬國土防空軍的攔截機及數百套隸屬RTV的監測及地面截收/控制雷達。在這種體制下,莫斯科防空區一直擔負著守衛蘇聯這個紅色帝國首都的要任，並一直沒有出現過大的差錯；
但是，隨著蘇聯的衰落，莫斯科防空區的前景也逐漸暗淡，1 9 8 7 年，莫斯科防空區承受了一次極為難堪的羞辱：當時，前西德學生魯斯特駕著一架塞斯納 172 型競賽機從千里之外的芬蘭赫爾辛基起飛，透過超低空飛行，公然大搖大擺地降落. . . . . 在莫斯科的心臟地帶—紅場。這次盲目白殺性飛行導致當時的蘇聯國防部長及國土防空軍總司令等多位將領被撤職。該事件與1983年韓國大韓航空公 司的波音747 客機在庫頁島上空被 國土防空軍的蘇一15截擊機擊落，死亡 2 69 人等諸多事件，顯示了蘇聯防空鐵幕之下的漏洞，但是，蘇聯國土防空軍失去了彌補的機會：蘇聯解體了；
1991年的“八.一九”政變失敗後，普拉德尼科夫晉升為國土防空軍總 司令：蘇聯解體後，普拉德尼科夫支援獨聯體部隊維持統一的最堅決的鬥士——因為原來蘇聯軍方各部門受解體影響最為深遠的就是 國土防空軍的指揮、控制及通迅 ( C 3I ) 結 構。原來 它們部署在蘇聯全境每一個角落，而分裂以後，該體系也四分五裂的歸屬於獨立的國家。
莫斯科防空區擔負戰略反導的關鍵單元—彈道導彈預警系統是依據 19 7 2 年 籤 訂的《美蘇反彈道導彈 條約》沿蘇聯國境線佈置的，有多處早期預警雷達 站。冷戰結束以後，這些預警站分佈於6個獨立國家之中,而其中至少3個共和國已表示不願與俄羅斯進行軍事合作。獨聯體中僅有6個共和國 (俄 羅斯、塔吉克、亞美尼亞、土庫曼斯 坦 、哈薩克及烏茲別克 ) 於1992 年 5月15日在塔吉克首都塔什干簽訂共 同安全條約，將部隊控制權交由獨聯體空軍元帥沙波什尼科夫統籌領導。1992年8月2 2 日，俄羅斯總統葉利欽指派普拉德尼科夫擔任俄羅斯國土防空軍司令，前蘇聯65%的防空兵器和裝備都部署在俄羅斯；
由於華約集團的破產，莫斯科防空區西部的空防問題突顯：俄軍失去800一1000公里雷達監測縱深的緩衝區，駐防於邊界的各師遭 到突然攻擊的可能性大幅度提 高，而當各加盟共和國領土上的俄羅斯雷達站撤離後這 些問題則更加惡化；
由於多方面的考慮，諸如：預算的短缺、裝備裁減而導致的人力及訓練減少、新技術項 目的裁減等，嚴重威脅著獨聯體防範空中打擊的能力。東歐各國的崩潰已經使蘇聯的預警和軍事緩衝區大步後退,，而蘇聯的解體更使得各加盟共和國成為獨立的國家,又損失了大量裝備和相當一批科研生產單位，防禦縱深也進一步縮減——俄軍高階將領不得不承認:“在蘇聯解體之前，對於臨近我國的空中目標在波羅的海咽喉博恩霍爾姆島可以掌握；而蘇聯解體以後的預警時間（目標首次出現至穿越獨聯體的時間）實際上為已接近為零。因為缺乏燃料，邊界地帶的直升機巡邏已經取消，希望蘇聯人民引以為豪的空中防線到處是窟窿…”
缺少人員也是困擾俄羅斯國土防空軍主要問題：兵役制度的改革讓俄羅斯國土防空軍嚴重缺乏兵員，尤其是嚴寒地帶的單位的人員都達到了極限卻無人接替，以至於這種單位無法保證戰備值班——它們只有30%-50%的戰鬥力，大幅度影響其作戰能力；
國防經費的大幅度消減也讓國土防空軍無法更換老舊裝置和武器，莫斯科防空區失去了更新武器的計劃：1990年初，預計以米格-31和蘇-27換裝米格-21P/ML和蘇-15的計劃不得不無限期推延——下諾夫哥羅德的米格-31和共青城的蘇-27生產線遇到訂單危機，莫斯科防空區也第一次遇到經費危機。更加糟糕的是：各個獨聯體國家由於經濟危機已經放棄了為俄羅斯國土防空軍生產裝置和武器，而俄羅斯工業也無法即時生產關鍵部件——這對於俄羅斯國土防空軍造成沉重打擊；
當時，米格-31M擁有多種先進改型卻無法大規模裝備部隊、米格設計局的I-42攔截機也無疾而終、缺少油料的莫斯科防空區飛行員只有不到80小時/年的飛行時數——莫斯科防空區陷入空前危機；
蘇聯時期，國土防空軍的地位不可動搖：按照蘇聯軍事學說，可能入侵發生的前期，空軍殲擊機主要負責地面支援，戰略導彈部隊放在戰略反擊方面，因此，如果將國土防空軍分散到空軍和戰略導彈部隊上，無疑將削弱國土防空軍按照自己特有的軍事思想進行作戰，引起其雷達技術部隊、導彈部隊、截擊機部隊的合作無法達到最佳狀態，還將降低作戰效率，容易發生誤擊——蘇聯高層多數領導一直反對合並國土防空軍到其他軍種的重要原因；
但是，蘇聯解體以後，俄羅斯經濟實力全面下降，軍事戰略和國家戰略也發生改變：俄羅斯從世界性軍事強國轉而積極融入歐洲的區域性大國，進行主動進攻、發動大規模戰爭的可能性很小。在這種條件下，俄羅斯政府和軍界高層決定：將國土防空軍合併入俄羅斯空軍！莫斯科防空區也轉入俄羅斯空軍指揮；
重組後的莫斯科防空區依舊包括莫斯科防空區和數和防空軍。部署在莫斯科防空區的彈道導彈攻擊系統轉而隸屬莫斯科防空區呢一個獨立集團軍編制，擁有獨立的軍、師、旅以提供空防、戰略反導彈、 太空監測；
莫斯科防空區在蘇聯時代享有很高自主權：重組以後還是擁有其他航空兵部隊的支援。駐守在俄羅斯中部的機動後備部隊於實戰中強化莫斯科防空區的作戰實力——蘇聯時代的老傳統：按照計劃預留後備部隊，包括多個裝備先進截擊機的防空師；這些部隊的機動性來自空中預警機和“雙基地原理”；
莫斯科防空區的核心就是中央防空指揮所：它是俄羅斯國土防空體系的神經中樞。它在地下數十米處，它是一棟三層建築，第一層是監測資料中心；第二層是戰情室，也是執勤將領執勤室，同時還是俄羅斯導彈預警系統和攔截彈制導系統操縱人員辦公室；第三層為負責7個防空區的指揮官兵辦公室；它的執勤將領也是俄羅斯軍隊中唯一可以直接向俄軍總部作戰室執星將領報告的軍兵種執星將領；中央防空指揮所值日軍官為執勤24小時然後休息3天——確保執勤人員高度集中精力；
蘇聯解體後，莫斯科防空區仍然負責保衛首都的空中和空間安全：範圍涵蓋東西1100公里、南北1300公里的廣闊地域。俄軍確定將其作為未來空天防禦和俄羅斯中央工業區的空天防禦的主要力量；為了進一步完善首都地區的空天防禦力量，保證對首都地區遂行防禦的空軍/空天力量的實施集中指揮，按照普京總統簽署的命令，2002年9月，莫斯科防空區改編為莫斯科特種司令部；
莫斯科特種司令部仍然是“戰役—戰略集團”，根據遂行任務，職權範圍比原來的莫斯科防空區擴大，為加強統一指揮，俄軍在考慮把莫斯科特種司令部與太空兵編成內的獨立特種導彈太空防禦集團軍以及莫斯科軍區的防空系統合編，以便真正實現空天一體防禦體系。在指揮關係上，莫斯科特種司令部是由空軍總司令部指揮還是由總參謀長直接指揮，俄軍尚未確定。近期正在由有關研 究機構 、總參軍事學院、莫斯科特種司令 部和太空兵進行研究論證。但俄軍己確定 了2010一 2015年進行建立中央工業區空天防禦體系的具體工作。
現在，劃歸莫斯科特種司令部的導彈一太空防禦兵的使命是：對可能發射彈道導彈地域的空天和所有的戰略空天方向實施不間斷的偵察，準確而及時地向最高統帥部報告敵方開始實施導彈核襲擊的情況，隨時確定敵方航天系統的狀況和敵方可能挑起太空作戰的情況，對抗敵方航天系統的打擊 , 保護本國重要的軍事、政治和經濟設施免遭敵導彈突擊。導彈一太空防禦兵在隸屬國土防空軍時代編為3個集團軍：導彈襲擊預警集團軍、導彈防禦集團軍和太空監視與防禦集團軍。現在這 3 個集團軍的建制已撤消，全部改稱系統：導彈襲擊預警系統，其使命是獲取和及時向最高統帥部和總參謀部等指揮機構傳送導彈襲擊預警的資訊，包括敵國導彈核突擊開始時間、規模和方向的資訊，以便使最高統帥部定下戰略核力量實略核力量實施回擊行動的決心。同時，該系統還向反導系統傳送預警資訊，向太空監視系統傳送航天器的資訊。該系統 包括兩個梯：一是航天器集團，其使命是探測世界上任何地區導彈發射的情況；二是 地面監視站系統,，其使命是自動探測對俄 羅斯及其盟國的導彈襲擊。航天器集團擁有 22顆衛星：其中有可探測洲際彈道導彈和潛射彈道導彈發射情況的衛星、照相偵察衛星 、 電子偵察衛星。地面監視系統包括地面雷達樞紐網和莫斯科反導系統遠端探測雷達 、 地面雷達樞紐網 、 超地平線視距探測雷達站和遠端早期預警雷達站；
導彈防禦系統對於實現俄羅斯的遏制戰略具有重要作用。1960 年，蘇聯發展TB一1000 型(英文為V一1000，北約稱之為SH一H型) 反導彈系統。1961年3月4日，在一次演習中，蘇軍使用這種導彈的殺傷爆破彈頭在 25公里高空截擊飛行速度為3000 米 / 秒的 SS一2彈道導彈的戰鬥部，這在世界上是第一次—美國直至1984年才取得這一結果。1971年，V一1000型反導導彈投入試驗使用，1977年正式裝備莫斯科防空區，它用於莫斯科地區的防空。1978年，導彈防禦系統開始裝備新型A 一 3 5 型(北約稱之 為 S H一08 型 ) 反導系統，它可先敵展開非戰略性導彈防禦系統，它能夠在1972年《反導 條約》限制的範圍內截擊和消滅非戰略性 (射程3500公里以內 ) 彈道導彈的突擊。太空監視與防禦系統的基本使命是反衛星作戰，對於保障俄羅斯的戰略穩定佔有重要地位。該系統可探側太空軍事行動、太空對地軍事行動的準備與開始的情況，並能降低敵 方太空軍事行動的效果，從而制止敵戰略性 進攻武器和航空兵集團的行動。該系統擁有雷達、光電器材、光學器材和無線電技術器材，可觀察近地軌道高空軌道的航天目標，及時發現近地軌道太空情況 的變化。其中最為重要的是，部署在莫斯科附近普希金諾的“頓河一2”型多功能相控陣雷達。該雷達為釐米波雷達，半球型電子視界，可對大氣層外和大氣層目標進行探測和跟蹤目標,並可為反導系統指示 目標。太空監視系統配備有高速計算機，可自動處理40公里高空的太空資訊，確定航天目標的體積和引數，查明外國航天器的作用和能力；
進人 21 世紀以來,隨著美軍太空作戰理論與實踐的不斷完善,俄軍越來越認識到：在高技術條件下，特別是在資訊科技日益發展的情況下，未來的作戰行動將逐步離開地面，空中和太空將成為主要的戰區，而且空中和太空的界限會漸漸變得模糊起來。在這種情況下，抗擊空中一太空之敵的進攻將是高技術戰爭中最重要的對抗形式之一。為抗擊敵方長時間的、密集的高精度武器突擊，俄軍 強調建立具有防空、反導和太空防禦“三位一體”能力的、強大的戰略性全國空天防禦系統，它應能在21世紀有效地對抗潛在之 敵的基本突擊力量—空天襲擊兵器集團。因此，發展和完善空天防禦體系已經成為當前俄羅斯軍事建設最重要的內容之一；
2002年11月14日，俄羅斯國防部召開部務會議，討論了俄聯邦空天防禦綱要草案，確定俄軍的空天防禦體系是國家和武裝力量戰略防禦體系的主要組成部分，也是俄羅斯主要的戰略遏制手段，地位十分重要，對於保障俄羅斯的國家安全具有重要意義。並決定在已經成立的莫斯科特種司令部為指揮中心，建立俄羅斯空天防禦體系。俄軍總參謀部作戰局局長盧克申上將稱，此次會議還確定了發展俄羅斯空天防禦應進一步採取的具體措施；
據俄媒體報道，在以莫斯科特種司令部為中樞和核心的俄羅斯空天防禦體系的編成內將包括反導系統、國土防空體系和專屬防空 體系，其中太空兵編成內的“導彈一太空防禦兵”將起重要作用。他們所屬的導彈襲擊預警師擁有可探測洲際彈道導彈和潛射 彈道導彈發射情況的衛星 9 顆、照相偵察衛星兩顆、電子偵察衛星 1 顆，並擁有包括地 面雷達樞紐 網和莫斯科反導系統遠端探測雷達。地面雷達樞紐網、超地平線視距探測雷達站和遠端早期預警雷達站組成地面監視系統，其使命是獲取和及時向最高統帥部、總參謀部等指揮機構傳送導彈襲擊預警的資訊。莫斯科特種司令部所屬的“導彈一太空防禦兵導彈防禦”師專門負責莫斯科地區的反導作戰。目前該師裝備有 B一1000型反導導彈發射裝置 36 部、A 一 135型反導系統64 部。該集團軍的另一個師—太空監視與防禦師擁有雷達、光電器材、光學器材和無線電技術器材，可觀察近地軌道和高空軌道的航天目標，及時發現近地軌道太空情況的變化。在未來戰 爭中，俄軍將結合使用反導和防空兵力兵器與空天之敵對抗。俄軍總參謀部將統一指揮俄羅斯聯邦空天防禦體系的行動。在各個戰役、戰略方向上，遂行空天防禦任務，將由合成軍首長統一指揮，綜合使用各種防空力量和導彈。
