明代建國後，實行嚴格的海上封鎖政策，嚴厲禁止沿海各地與海外各國的貿易往來。
事實上，禁絕是不可能的。宋元時代業已十分發達的海外貿易，不可能因為一紙禁令就戛然而止。反倒是因為政府禁止海外貿易，使得走私成了獲取鉅額利潤的暴利行業。合法路子走不通，就走非法路子。有暴利就一定會有人鋌而走險，所以儘管政府嚴格禁止，那些膽大妄為之徒卻十分活躍，他們亦商亦盜，後來進而與日本倭寇勾結，在東南沿海一帶猖獗之極，成了一大禍患。明代戚繼光抗倭和在東南沿海修建長城，皆因當年的倭寇，沒有倭寇，自然就沒有抗倭和沿海長城。
倭寇是什麼？倭寇最早指的是那些在我國東南沿海騷擾劫掠的日本浪人，後來人數越來越多，其中約十分之三為日本人，為首的也多為日本人，不過其餘多數是中國人。他們既在沿海搶劫，又在海上走私貨物，亦商亦盜。官方打擊力度大了，他們就駕船逃到海上，官軍一走，他們又返回陸地，官軍很難把他們剿滅。
據史料記載，在弘治十四年（1501年）江西人李招貼引誘爪哇人運貨物來廣東貿易（非法貿易）。徽商許氏兄弟許一、許二挾巨資造船航海，他們是嘉靖年間（1522—1566年）通倭頭目徐海、王直的前輩。嘉靖元年（1522年）廣東人方甘同下海通番，劫掠居民，這是中國人與外國人勾結合夥劫掠的最早案例。到了嘉靖十三年（1534年），沿海多個省份出現海盜駕船走私、殺人越貨現象，說明海盜活動已經十分猖獗了。
日本是一個偏居於東北一隅的蕞爾小國，在宋元時期，中國與世界各國貿易已經相當發達時，根本沒有它什麼事，不過日本人在中國沿海地區的剽掠卻從未停止過。日本武士文化正在興起，好狠鬥勇，外出劫掠財物也是常事。他們到中國搶掠，被稱為倭寇。明代中國在漫長的海岸線上不得不設定“衛所”，執行海禁，防護邊疆。
等到葡萄牙在馬六甲設基地，西班牙立足於馬尼拉，荷蘭人佔領巴達維亞，這些最早航海大國的商人船隊，既可以到達中國，也可以到達日本，這樣日本才開始躋身於國際海運網路。日本距離中國很近，這就為他們參與往中國的走私活動提供了方便，於是，日本人迅速成為在中國沿海從事走私和海盜活動的重要成員。嘉靖年間，海盜猖獗，倭寇瘋狂，中國沿海烽煙四起，為時將近十年，其原因與海上貿易的這種新形勢有直接關係。
嘉靖十四年（1535年）葡萄牙人賄賂廣東官吏，取得在澳門從事貿易活動的便利。浙江寧波也成了葡萄牙人和日本人海商會聚的貿易港。
到了十七世紀，荷蘭加入，隨後又有英國加入東亞貿易活動，這些背景使得西太平洋的海面上風雲詭譎。在這些海上勢力中，中國人林鳳實力最強。除林鳳外，稱霸海上的中國人還有陳老、林道前、袁進、李忠、辛老六、李旦、鄭芝龍等，他們都有龐大的船隊。他們的基地，有的設在沿海離島，有的在外國海港，如長崎、馬尼拉等地。他們的行為統統是亦盜亦商。
李旦是泉州人，他在呂宋和長崎都有事業，是他把荷蘭人引進臺灣的。李旦有一個部下叫鄭芝龍，他把鄭當做養子，李旦死後，他到身後財產和部眾都歸了鄭芝龍。
鄭芝龍自立門戶後，以臺灣為基地，屢次劫掠福建、廣東沿海城市。他名義上接受朝廷招安，卻轉身繼續做海上走私生意。他在泉州建立指揮中心，打著朝廷旗號，招募其它海上勢力，他的隊伍愈發壯大起來。
滿人入關後，明唐王在福建稱帝，所依賴的就是鄭芝龍的勢力。1646年，南明滅亡，鄭芝龍貪戀富貴，投降了滿清。不過，他被清廷挾持北上，過了幾年，到1661年被清廷處死。不過，他的兒子鄭成功繼續抗清。
這些稱霸於海上的走私武裝集團，他們的船舶設計和配備的火力，堪稱當時的最高水平。在當時詭譎的國際環境中，他們縱橫排闔，求生存求發展。在商務方面，他們把中國的貨物，如生絲、絲織品、瓷器等轉手給外國船隊，又將東南亞貨物，如鹿皮、樟腦及香料運往中國，從中獲得鉅額利潤。在鄭芝龍全盛時期，過往中國海域的船隻，只有憑鄭家旗號才能通行。
鄭芝龍被殺後，鄭成功聽從何斌的建議，準備去臺灣發展。在何斌引領下，鄭成功二萬餘人，幾百艘船隻得以從鹿耳門航道進入臺灣，經過戰鬥，迫使荷蘭人退出臺灣。這個時期的臺灣已經有不少漢人居住，這就為鄭成功開發臺灣提供了人力和物質基礎。
不過，鄭成功收復臺灣後僅過了四個月就去世了。他的後代把大陸的社會經濟制度移植到臺灣，並且幫助臺灣居民開發土地，興修水利，發展對外貿易，使得臺灣經濟得到發展。到了鄭氏統治後期，臺灣已經有居民十二萬人。
滿清平定大陸後，謀劃取臺灣。先是與鄭氏談判，未果，後採用武力進攻。1683年7月，清廷派福建水師提督施琅率水陸官兵二萬餘人，戰艦二百餘艘，進攻臺灣，鄭氏不敵，鄭成功的孫子鄭克塽率眾歸順清政權。
倭寇的最終消亡，其原因可以從中日雙方的變化尋找原因。1598年，日本德川家康上臺執政，開始實行嚴厲的海禁政策：嚴禁船舶出海貿易，日本商人不得與海外往來，不得派遣日本人去外國，如果因偷渡被捕一律處死。這樣，日本就從源頭上消除了倭寇。
清政府也想辦法解決沿海貧苦百姓衣食無著的現實困難，比如完善糧食倉儲系統，提高糧食供應能力，為百姓提供基本生活保障。普通百姓一旦生活有了保障，一般就不會鋌而走險去搶劫走私，畢竟那是要被殺頭的事。
於是，隨著明代滅亡清代更替，倭寇竟然奇蹟般地消亡了。
至此，在東南沿海活躍了一百餘年的倭寇和海盜徹底被剷除，沿海一帶恢復了平靜。
