清政府對川滇藏交角區域的政治態度因吳三桂叛亂而發生了變化，意識到川滇藏交角區域是內地聯絡西藏，溝通南北的重要樞軸，必須加強控制。
在和碩特蒙古不斷侵擾西南邊界的情況下，清政府只得發動“西爐之役”，以武力阻止和碩特蒙古繼續擴大勢力範圍。但由於斯時川滇地區飽受吳三桂叛亂影響，民不聊生，而中央政府還面臨著恢復戰區的生產、經濟、人口等諸多問題，故直接管理川滇藏交角區域的條件尚未成熟。
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清政府對川滇藏交角區域的初步管理
一 罕都事件及吳三桂叛清對川滇藏交角區域的影響
罕都事件及吳三桂叛清是清初影響川滇藏交角區域局勢發展的重大事件，是清政府在加強對川滇藏交角區域的管理之際面臨的突發問題。尤其是吳三桂叛亂後，將這一區域的各種矛盾和利益衝突徹底激化，使地區局勢極度惡化。
清政府在該區域的統治效力亦遭到嚴重威脅。但隨著清政府剿滅吳三桂的軍事行動的推進，阻礙清政府加強對川滇藏交角區域控制的不利因素被一一破解。清政府在平息吳三桂叛亂後，乃得以順利強化在川滇藏交角區域的管理。
1罕都事件及其對川滇藏交角區域的影響
當蒙藏聯合勢力透過罕都對康區南部實現控制時，紅帽派帕克木瓦的出現給川滇藏交角區域的局勢增添了不確定因素。當紅帽派帕克木瓦到吳三桂處時，五世達賴喇嘛極為敏感地嗅到了危機，認為他會蠱惑人心，損害清政府與蒙古部落的和睦。
所以奏請清政府將帕克木瓦交給噶瑪巴。康熙皇帝接到奏報後，表示同意五世達賴喇嘛的建議，並遣派理藩院官員去到雲南辦理移交的具體事宜。然而，令人意外的是，罕都卻不同意將紅帽系活佛移交給噶瑪巴。當清政府已派人將噶瑪噶舉派紅帽系活佛等送回楚布寺居住，準備移交給達賴喇嘛方面時，罕都竟然起兵搶掠、阻撓，，最終導致此次移交工作停止
2吳三桂叛亂對清政府與和碩特蒙古關係的影響
清政府一開始在川滇藏交角區域的施政，主要依靠的是平西王吳三桂。不容否認，吳三桂在清政府建立伊始，以及清政府實現對西南地區的控制中都曾發揮過積極的作用。
但是隨著清政府政權的逐漸穩定，統治者進一步謀求大一統統治，清中央政府同吳三桂的矛盾也就日益尖銳。吳三桂叛清的原因是多方面的，其叛清事件對清政府治理西南邊疆，對川滇藏交角區域的局勢及發展均產生了重大影響。
但清政府也借平定吳三桂之機，有效地扼制了和碩特蒙古在川滇藏交角區域勢力的擴充套件，也進一步加強了中央政權對該區域的控制。
雖然從整體上看，蒙藏聯合政府在對待吳三桂起兵之事上並沒有明確的“選邊站隊”，仍保持著中立的態度。但這種態度實際上對吳三桂更為有利。
再加上蒙藏聯合政府內部有間隙，在對待罕都問題和出兵協助清政府平亂問題上也存在分歧。清政府藉助西藏勢力消滅了罕都割據勢力，格魯派上層亦借平定吳三桂叛亂掃除了叛臣，雙方利益不同但目的一致。但對於和碩特蒙古而言，罕都雖然在宗教上背棄了格魯派，而身份上卻依舊是和碩特蒙古。
二吳三桂叛清前後清政府與和碩特蒙古互動關係的變化
1從非武力到使用武力的態度轉變
明朝末年，和碩特蒙古憑藉格魯派的支援與協助，依靠自身強大的軍事力量，不斷征服藏族地區的各個對手，最終成為了藏族地區的主要統治者。
清朝建立初期，全國局勢不穩，清政府不得不認同和碩特蒙古在川滇藏交角區域的統治。但這種情況並未持續太久。到康熙四年（1665 年），清政府在剿滅反清勢力夔東十三家後，四川行省機構得以由保寧遷往成都，四川地區的局勢趨向穩定。此時，清政府也終得以騰出精力開始謀求在藏族地區的管理。
康熙十二年（1673 年）十一月，吳三桂在雲南起兵叛亂，危及到清政府的統治，清政府與和碩特蒙古的關係也發生了一些微妙變化。面對來勢洶洶的叛亂，清政府一開始處於被動，戰場上也處於下風。
由於清政府忙於調兵平叛穩定局勢，至於其他方面只能暫時擱置，在此關頭，和碩特蒙古成為其拉攏的物件，清廷一度希望和碩特蒙古能出兵相助。
在這樣的條件下，清政府自然不可能採取導致藏族地區陷入動盪，加劇自身統治危機的行動。但清政府在努力維護好與和碩特蒙古的友好關係同時，也對和碩特蒙古擴張勢力的行為，明確加以制止。
2、清政府在川滇藏交角區域影響力不斷擴大
打箭爐一帶的長河西、魚通、寧遠軍民宣慰司轄地是出入西藏的交通樞紐，無論從黎州路、雅州路進出西藏，都要經過打箭爐。如果清政府不能控制住打箭爐一帶，那清軍進出西藏的道路就有被阻斷的危險。
康區的資源富集區是打箭爐，通商貿易為這裡帶來了滔滔不竭的財富。另外，這一帶同西藏聯絡密切，控制住這一區域，對清政府日後處理西藏問題，甚至直接管理西藏均具有戰略意義。
因此，清政府志在必得要堅決控制打箭爐地區。處於上述考量，清政府面對和碩特蒙古無休止的侵擾，在對抗準噶爾叛軍中節節勝利，吳三桂叛亂肅清之後，最終選擇以強硬方式阻止和碩特蒙古染指打箭爐，維護該地區的穩定。
清政府直接管理川滇藏交角區域
準噶爾入侵西藏給清政府派兵進入藏族地區，直接管理西藏創造了機會。康熙帝果斷派兵前往西藏驅逐準噶爾。為了確保清軍進藏作戰順利，清政府借保障進藏道路安全之機，直接用武力接管了川滇藏交角區域，實現對該區域的直接統治，這樣和碩特蒙古也就退出了川滇藏交角區域。
一 西藏局勢的變化
蒙藏聯合政府之間的矛盾，削弱了和碩特蒙古的實力，導致其對西藏、川滇藏交角區域的控制力不斷減弱，這給準噶爾入侵西藏提供了機會。準噶爾進藏後，拉藏汗被殺，和碩特蒙古在西藏 75 年的統治宣告結束，令和碩特蒙古的發展遭遇重創。而和碩特蒙古實力的減弱，和準噶爾入藏，無疑為清政府直接管理川滇藏交角區域創造了良好的契機。
1和碩特蒙古在藏控制力減弱
西藏民眾得知倉央嘉措圓寂的訊息後，對拉藏汗產生了極大的仇恨，希望推翻其統治。而和碩特蒙古諸部也對拉藏汗新立六世達賴喇嘛的行為極為不滿。羅卜藏丹津和察罕丹津公開反對拉藏汗私立的達賴喇嘛，並推選噶桑嘉措為轉世靈童。
1705 年，拉藏汗殺害桑結嘉措，進一步激化了蒙藏聯合政府內部的矛盾。之後，拉藏汗又廢除了第巴制度，建立由四名蒙古宰桑組成的大臣會議制度。這樣一來，西藏世俗貴族階層就被排除在了管理層外，沒有參與西藏政治事務的機會。這勢必引發他們的強烈不滿，導致蒙藏聯合政府的破裂。
由於西藏僧俗不支援，和碩特蒙古諸部不擁護，西藏世俗貴族反對，拉藏汗在西藏的統治岌岌可危，西藏社會也隨之動盪不安。此時的西藏，世俗統治危機重重，宗教領袖尚未落實，清政府的直接管轄尚未實施，這就為準噶爾部的入侵提供了機會。
2準噶爾入侵西藏
康熙五十五年（1716 年），準噶爾部策妄阿拉布坦分兵進入西藏地區。一路由大策凌敦多布帶領，負責突襲西藏；另一路則負責從青海塔爾寺接出達賴喇嘛轉世靈童噶桑嘉措。兩隊人馬最後在那曲地方會師後，一同護送達賴喇嘛到拉薩。
從該計劃來看，不難看出，此次軍事行動是以護教的名義展開的。策妄阿拉布坦也清楚的知道，要想在西藏建立持續穩定的政權，必須依靠宗教勢力。而能夠起到“以點帶面”作用的宗教領袖，則是非達賴喇嘛不可，所以護送達賴喇嘛回藏是此次行動的關鍵。
二準噶爾入藏對川滇藏交角區域的影響
1籌備經川滇藏交角區域的進藏路線
第一次入藏對準噶爾用兵是以清軍的全軍覆沒而告終。此次軍事行動在官方史料中並沒有充分的記載，記錄下的也則多是零星的區域性勝利。這也是目前對清軍第一進藏對準作戰的研究相對第二次作戰偏少的原因。不過在清宮康熙朝滿文件案中，還是有幾份文書反映了這次戰爭的真實情況。
清政府第一次進兵西藏並沒有途經經川滇藏交角區域。從歷史經驗看，從北方途經甘青的道路是西藏與內地溝通交流的傳統通路，中央政府在沿路設定了較為完善的機構，如茶馬司、驛站等，能保證行軍物資供應和提供沿線情報，以保障清軍進藏行軍各項所需。
與北方道路比較，穿越青藏高原東部川滇藏交角區域的南路，道路崎嶇，並不利於大隊人馬通行。從宋、明、元以來，北路一直都是進出西藏的主要通路，而南路從未有過大規模的行軍。
2第二次遠征西藏
清軍第二次遠征西藏，對西南地區產生了深遠的歷史影響，甚至關係到全國的統一。因此，成為了清史研究、治藏研究、康區研究上的一個很有價值的研究課題。對該課題的研究，或從軍事戰略視角，或從邊疆政策、或從治國策略出發，研究成果甚為豐富。特別是撫遠大將軍胤禵的滿文奏摺被陸續翻譯出版後，對該課題的研究將會有所突破。
面對清政府多路出兵的攻勢，策妄阿拉布坦只能蜷縮到準噶爾盆地，謀求自保。而在西藏的策凌敦多布就變得孤立無援，還要面對從青海南下的延信和從東面進擊的川滇兩路軍隊的進攻。在清軍南北兩路大軍的夾擊下，策凌敦多布腹背受敵，不得已只能作困獸之鬥，分派藏兵抵禦噶爾弼的川滇大軍。
清政府對藏用兵和在川滇藏交角區域建立進藏交通線，都直接觸及到和碩特蒙古的利益。而此時和碩特蒙古的處境卻頗為尷尬。
一方面準噶爾入藏嚴重損害其利益，但清政府派兵進藏驅準，看似是在幫助和碩特蒙古處理西藏事務，但另一方面清政府能夠大舉用兵西藏，則說明其自身實力已可以完全繞開和碩特蒙古直接管理西藏和川滇藏交角區域。正是因為中央政府實力強勁，已可以不再依靠地方勢力代管邊疆，和碩特蒙古不得不俯首於清政府。
