1936年，馬步芳趕走叔叔馬麟之後，正式成為了代理青海省主席，成功掌控了青海省的大權。馬步芳並不滿足於此，他希望的是自己能掌控整個青海的軍政大權，擋在他前面的是他哥哥、青海騎兵第5軍的軍長馬步青。
馬步青
隨著抗日戰爭的爆發，青海內部的鬥爭被推遲了好幾年，但馬步芳心裡從未放棄過除掉馬步青的想法。抗日戰爭爆發以後，馬步芳對軍隊的掌控慾望更是到達前所未有的程度，他當然不容許青海馬家軍一支重要的武裝力量被哥哥掌控。與此同時，國民政府與青海之間的矛盾也逐漸開始強烈起來。
國民政府與青海的主要矛盾，是在於河西走廊的控制權。河西走廊原本是屬於甘肅省管轄的，但因為甘肅省內部分裂嚴重，甘軍始終難以形成強大的戰鬥力，河西走廊就在1930年被青海所佔據。抗戰爆發前，西北諸省並非國民政府所經營的重點，青海控制河西走廊並未引起國民政府太大的關注。然而到了抗戰開始以後，蘇聯逐漸成為中國最主要的支援國家，而蘇聯支援的重要通道就在新疆一線，河西走廊的地位就顯得越發重要，國民政府當然不願意這麼一個重要通道被青海控制在手裡。
早在抗戰爆發初期，國民政府就有過要派中央軍直接控制河西走廊的想法，雖然暫時沒有實施，但青海方面也聽到了風吹草動。擺在青海馬家面前的，是順從、退讓與違背、抗爭的兩種方式。中央軍控制河西走廊，是為最終直接有效管理新疆而作準備的，也是決不允許青海拒絕的。
青海軍隊控制河西走廊，也是當時一個十分有意思的現象。河西走廊，不但是交通要道，還是甘肅省的半壁江山。自從青海軍在1930年佔據河西走廊以後，這一地區的軍政事務都在馬家的掌控之中。在這漫長的十多年時間裡，河西地方的代理人，一直都是馬步芳的哥哥馬步青。馬步青所依靠的主要力量，則是青海的騎兵第5軍。
青馬軍盤踞河西地區的十多年時間裡，歷任甘肅省主席都試圖將這一廣袤地區收回甘肅管轄，但青馬家族據理力爭，導致甘肅屢屢功敗垂成，遲遲難以實現，最終只得不了了之，默許了青海軍對於河西地區的管轄。馬步青和馬步芳兩兄弟之間，正是因為哥哥長期帶兵駐外，才使得馬步芳有機會邁上青海省主席的職位。
為了能使騎5軍順利撤出河西走廊，國民政府對青海馬家做了許多工作。有意思的是，工作的重點物件，並不是佔據河西的騎5軍軍長馬步青，而是盤踞在青海馬氏家族老巢西寧的青海省主席馬步芳。
吳忠信等人先後來到青海，與馬步芳就河西地區的問題進行了商談。馬步芳明顯感覺到撤出河西地區，已經不容許他與中央政府進行商討，國民政府對河西地區是志在必得。馬步芳心裡也暗中下定決心，準備服從國民政府，同時找機會除掉馬步青。他首先將自己所控制的一部分軍隊，調出了甘肅酒泉，以表示自己服從國民政府的安排。
馬步芳
馬步芳的舉動，引起了馬步青的恐慌。馬步青經過再三考慮後，他認為自己沒有周旋的門徑，更不敢獨自違背中央政府命令，只好表示屈從。然而，他又意識到，弟弟馬步芳在青海根深蒂固，獨攬軍政，自己回去青海以後，勢必會面臨著很多的尷尬，輕者進退維谷，重者水火不容。馬步芳深知馬步青的顧慮，他很快就與國民政府商量好辦法，那就是將馬步青強行調出河西。
1942年春天，國民政府正式下達命令，調遣馬步青擔任柴達木屯墾督辦，要求他限期騰出河西走廊。命令下達後，馬步青頹廢異常，深感前途茫然。無奈之下，馬步青只得找部屬們商量如何應對，有人提出暫緩行動，賴在河西不走了，也有人提出主張不經西寧直奔柴達木。然而國民政府的命令緊迫，不容許馬步青繼續拖延。無奈之下，馬步青只得在1942年5月11日，於武威市正式宣誓就職柴達木屯墾督辦。不久後，馬步青率領騎5軍返回西寧，開始籌備柴達木屯墾督辦公署、制定屯墾計劃。
初到西寧時，騎5軍以及馬步青本人都受到了禮遇。在馬步芳的授意下，他的兒子馬繼援一有時間就會去問候伯父馬步青，讓馬步青非常有好感。逐漸地，馬步青沒有了戒心，認為自己與馬步芳是打斷骨頭連著筋的親兄弟，他斷然不會害自己。因而，他每天喜笑顏開，安於現狀，無暇過問軍隊事務。再後來，馬步青乾脆把騎5軍的軍事訓練事務全部交給了馬步芳指揮。在馬步青回青海前，原本第八戰區司令長官朱紹良曾經給過暗示，讓他小心提防馬步芳。到了這時，馬步青早就將朱紹良的暗示拋在了腦後。
一個月後，馬步芳著手調換騎5軍軍官。馬步芳倡議組織一個軍官訓練團，由馬步青任團長，自己擔任副團長。這支軍官訓練團成立後，抽調騎5軍與82軍部分青年軍官，前去參加輪訓。從這時起，馬步芳逐漸在哥哥的部隊中安插自己的嫡系心腹。很快，馬步芳安排丁元傑出任了柴達木屯墾督辦公署秘書長，總攬了督署的大權，同時將騎5軍原參謀長吳靖廷調去省政府任職，轉而派親信郭全梁擔任騎5軍參謀長。不久後，馬步芳又故技重施，將騎5軍第5師參謀長韓起祿調到省政府擔任水利局局長，派親信張成楨擔任騎5軍第5師參謀長。就這樣，馬步芳逐漸將騎5軍內部的重要職位全部換成了自己的心腹。
1943年春天，馬步青乘坐汽車，抵達柴達木盆地。他在察汗烏蘇住了四五天，看到當地每天都是風沙遮面，感覺自己完全不適應，只好返回西寧。至於柴達木盆地，馬步青只留下了騎5軍的一個團以及督辦機關人員。這些人忙活了一陣子，在當地開墾了二千多畝地，播種了一些青稞、油菜、洋芋等作物。
馬步青雖然自己跑回去，但對外卻開始了瘋狂的宣傳活動。他返回西寧後，立刻就以青海柴達木屯墾督辦的名義，電報各方說：“馬步青率領督辦公署全體職員百餘人，在民國三十一年12月7日，赴柴達木屯墾，目前已經佈置一切，正在加緊勘探。”與此同時，馬步青對外呼籲：“屯墾正在加緊進行，希望各方移民，源源而來，不勝歡迎。”為了幫助馬步青進行屯墾，國民政府也發表電文，號召全國人民移民到柴達木盆地。只可惜，無論他們怎麼宣傳，願意移民的人還是沒有幾個。
1943年8月，馬步青的女婿、騎5軍第5師的師長馬呈祥也離開了柴達木盆地。雖然馬步青非常反對，但馬呈祥不顧馬步青命令，一路將所部帶至西寧樂家灣兵營。對於自己的返回，馬呈祥早就找好了理由，他對外界宣稱：“柴達木地區山高地涼，不適宜農作物生長，我率軍試墾一年，收成不大，覺得沒有任何屯墾的價值，所以暫時將軍隊撤回。”實際上，馬呈祥根本沒有在柴達木盆地呆多久，所謂的沒有價值完全是因為他不願意留在柴達木。經過馬呈祥這麼一鬧，屯墾工作再也無法進行下去了，只得草草收場。
馬步青在柴達木屯墾工作的失敗，成為了他丟失軍權的前奏。這時候，只要是去拜見馬步芳的騎5軍高階將領，他都會趁機予以拉攏，饋贈房產、金錢、糧食等等，以增進這些騎5軍將領對他的好感。馬步芳還裝作擔憂地告訴這些將領們：“我哥現在不管教部隊，你們要好好訓練隊伍，愛護團體，騎5軍和82軍是一家人。”
為了樹立自己的威信，馬步芳在直屬的第82軍面前訓話時說：“騎5軍平時根本沒有訓練，完全不能打仗，將領們每天忙著抽大煙或者打麻將，我哥迷醉於玩樂，不注意訓練部隊。”隨後，馬步芳又授意人向國民政府控訴馬步青，其罪狀之首就是“馬督辦瀆職，拒不堅持墾殖事業”。
到了1943 年年底，國民政府下達了新的任命，將馬步芳的第82軍、馬步青的騎5軍，整編為國民革命軍第40集團軍，隸屬於第八戰區長官部。而第40集團軍內部，由馬步芳出任總司令，馬步青出任副總司令，安舜擔任參謀長，馬呈祥擔任騎5軍軍長、馬繼援擔任82軍軍長。
自此，馬步芳身兼第40團軍總司令和青海省主席的職務，將青海的軍政大權集於一身。而此時的馬步青，已經難以調動軍隊，甚至是他培植多年的騎5軍都已經不聽他命令了。 當時的騎5軍軍長馬呈祥雖然是馬步青的女婿，但他早已經被馬步芳收買，只聽命於馬步芳。正是由於這一招釜底抽薪，讓馬步青喪失掉了軍權。
丟失軍權以後，馬步青心裡憤怒不已，他選擇了離開西寧。然而此時，山窮水盡的馬步青，已經沒有別的出路了。為了顧及顏面，馬步青只好帶著家眷來到蘭州住下。馬步青沒想到的是，他哪怕到了蘭州也沒能擺脫爭鬥的漩渦。有一天清晨，馬步青在去清真寺的路上，竟然遭到了幾名持槍劫匪的綁架。劫匪們操著青海話，用槍抵著他的腦袋，將他塞到小汽車裡，揚長而去。事後，綁匪向馬家索要500兩黃金才算了事。
馬步青被釋放後，極為惱怒。他昔日是統兵數萬、坐擁河西幾十縣的將軍，竟然在蘭州街頭被人綁架，實在是奇恥大辱。一番思考之後，馬步青就感覺這事是弟弟馬步芳指使人乾的，畢竟當初為了趕走叔叔馬麟，馬步芳就派人假扮過強盜，搶走了叔叔的財寶。憤怒之下的馬步青立刻發電，痛罵了一番馬步芳。馬步芳對此卻只是安慰了哥哥一番，並沒有正面說這個事，只是發電告訴馬步青：“阿哥，你離開了自己的勢力範圍，就會受到欺侮的，還是趕緊回來吧。”不等馬步青回答，馬步芳就派人前往蘭州，準備護送馬步青返回西寧。
馬步青認定綁架的事是馬步芳乾的，哪肯再回去。不久後，國民政府撤銷了柴達木督辦公署。國民政府改任馬步青為蒙藏委員會委員，調馬步青前往重慶任職。到重慶後沒多久，馬步青因為氣候不適應，只得返回河州老家居住。馬步芳再度派人來請馬步青前往西寧，馬步青對此只回答了一句話：“我不是你哥，也沒有你這樣的弟弟，我們以後不要再見了。”馬步青說到做到，此後再也不願意和弟弟見面，一直到死都不肯原諒馬步芳
