經過四年的市少體的歷練，馮祺於1999年進入申花俱樂部梯隊。曾作為上海九運男足代表隊的一員參加了2001年底在廣州舉辦的第九屆全運會，並隨隊奪得男足亞軍，年輕的馮祺是上海隊後場的重要一員。
2003年，年僅二十二歲的馮祺幫助申花捧起末代甲A的聯賽冠軍獎盃（後在足壇反賭掃黑行動中被剝奪），也正是由於那一年的出色表現，讓很多球迷記住了這個長相清秀，身體素質與頭腦俱佳的年輕球員。雖然那一年的申花同樣湧現出包括杜威、吉祥兄弟、于濤等一批青年才俊，但馮祺以其沉穩的作風在球迷間博得一席之地。時任申花隊主帥吳金貴曾這樣評價馮祺：作為年輕球員，馮祺已經具備成為一名優秀球員的基礎條件。他用努力和勤奮彌補了他所缺乏的比賽經驗。
球場上拼搶積極的馮祺
憑藉2003年時的出色表現，馮祺在2004年成功入選了沈祥福指導執教的國奧隊，只是仍然由於傷病的關係致使這名嶄露頭角的年輕球員接連錯過了太多比賽，回到俱樂部之後亦逐漸淡出公眾視野。
2010年初，新上任的申花隊主帥布拉澤維奇曾讓其助手拜塞克考察球員，馮祺和于濤是僅有的兩名第一時間收到當時俱樂部發出歸隊簡訊的兩名申花老臣子。但馮祺最終卻因傷腳踝與半月板的傷勢，不得不放棄了2010賽季的所有比賽，並在季末選擇退役。
退役後，便很少聽到關於馮祺的訊息，不知這位昔日申花隊的希望之星現在近況如何。
