異功散是錢乙所創，源於《小兒藥證直訣》。錢乙是北宋著名的醫學家，被後世譽為兒科之聖，幼科之鼻祖。錢乙創制的幼科補劑六味地黃丸、治小兒肺盛氣急喘嗽的瀉白散，治小兒心熱的導赤散，治寄生蟲病的使君子丸現在還都是臨床常用的方劑。其中異功散就是在四君子湯的基礎上加入了陳皮而組成的治小兒消化不良的方劑。
脾主運化，為後天之本，人體各臟腑器官的生理功能都要依賴脾運化的水谷精微來維持。四君子湯甘溫益氣，健脾養胃，是健脾補氣的基礎方。方中參術都有較強的補益脾胃的作用，但終究是滋膩之品，吃多了反而會增加脾胃負擔，雖然方中加入了滲淡和中的茯苓輔助白朮，補中和胃的甘草輔助人參，有補氣健脾而不滯膩的效果。但小兒“五臟六腑，成而未全，全而未壯”，滋膩之品的影響較成人會表現得更加明顯。陳皮辛散苦降，溫和不峻，偏於理肺脾之氣，不但有理氣燥溼的作用，四君子湯中加入陳皮有助於參術之健脾益氣，再加入生薑、大棗調和脾胃，增強了行氣和胃的作用，使溫而不燥，補中有行，補而不滯，是該方的點睛之筆。全方對於小兒氣虛兼有氣滯的嘔吐瀉下、脾胃虛弱、不思飲食等有很好的治療效果。如果再加入半夏，稱作六君子湯，增強了理氣化痰止嗽的作用。
四君子湯善於補氣，但容易出現虛不受補的狀況，加入陳皮後在補氣的同時增強了行氣的作用，能推動所補之氣執行，非常適合於脾虛兼有氣滯、稍微服用補藥就引起腹脹食少的人，尤其適合於脾虛氣滯導致的小兒消化不良。四君子湯補中益氣，健脾養胃，在增加了陳皮後增加了特殊之功效，故名異功散。
