1、流感樣徵候群：表現為發熱、寒戰、頭痛、肌肉痠痛和乏力等，可在睡前注射IFN—a，或在注射干擾素同時服用解熱鎮痛藥，以減輕流感樣症狀。隨療程進展，此類症狀可逐漸減輕或消失。
2、一過性骨髓抑制：主要表現為外周血白細胞(中性粒細胞)和血小板減少。如中性粒細胞絕對計數≤1.0x 10的9次方，而小板<50x 10的9次方/L，應降低IFNa劑量；1~2周後複查，如恢復，則逐漸增加至原量。如中性粒細胞絕對計數≤0.75x 10的9次方/L，血小板<30x10的9次方/L，則應停藥。對中性粒細胞明顯降低者，可試用粒細胞集落刺激因子(G-CSF )或粒細胞巨噬細胞集落刺激因子(GM-CSF)治療。
3、精神異常：可表現為抑鬱、妄想症、重度焦慮等精神病症狀。因此，使用干擾素前應評估患者的精神狀況，治療過程中也應密切觀察。抗抑鬱藥可緩解此類不良反應，但對症狀嚴重者，應及時停用IFNa。
4、干擾素可誘導產生自身抗體和自身免疫性疾病：包括抗甲狀腺抗體、抗核抗體和抗胰島素抗體。多數情況下無明顯臨床表現，部分患者可出現甲狀腺疾病(甲狀腺功能減退或亢進)、糖尿病、血小板減少、銀屑病、白斑、類風溼性關節炎和系統性紅斑狼瘡樣綜合徵等，嚴重者應停藥。
5、其他：少見的不良反應包括腎臟損害(間質性腎炎、腎病綜合徵和急性腎衰竭等)、心血管併發症(心律失常、缺血性心臟病和心肌病等)、視網膜病變、聽力下降和間質性肺炎等，發生上述反應時，應停止干擾素治療。
早期不良反應用藥一週內幾乎所有患者都會出現流感樣表現，如發燒、畏寒、身痛、頭痛、出汗、噁心、嘔吐等。症狀較輕時可不予治療，只須適當多喝些開水、臥床休息，一般10日左右症狀便可消失。症狀重者則須服用些解熱鎮痛藥，如阿司匹林、消炎痛等。
中期不良反應用藥1個月後有的病人會出現消化道症狀、面板“過敏樣”症狀成精神症狀，如食慾不振、噯氣、噁心、嘔吐、注意力不集中，眩暈、判斷力障礙、嗜睡或失眠，甚至產生悲觀厭世等精神症狀。如果患者原有抑鬱、狂躁病史，則可能會使原發病加重或復發。一般消化道反應較輕者，經2~4周可自行緩解，重者則宜服用促消化藥。面板過敏反應一般一週左右可自行消退，不需特殊處理，但應注意避免刺激面板。失眠較重者可服用弱鎮靜劑，精神症狀較重時則應立即減藥，或停用干擾素。
部分惠者在用藥兩個月後可出現脫髮，大劑量用藥時可提前發生，小劑量時可於3個月後發生，女性較男性更明顯。此外還可導致一過性蛋白尿及白細胞和血小板數量下降等骨髓抑制現象，個別患者原有的糖尿病。心臟病可能加重。
雖然干擾素的不良反應在停藥後可以逆轉，不良反應的輕重每個人並不一樣，也不一定都會發生，但作開方用藥的醫生，在使用干擾素前一定要給病人講明利弊，定期隨訪和及時給予必要處理。
