明太祖朱元璋廢除丞相制的初衷，確實是希望徹底廢除宰相制，皇帝同時親掌相權。
《皇明祖訓》：【太祖高皇帝曰:有敢言輔臣為相者，或輔臣自言為相者，坐罪。】
朱元璋：【嗣君並不許立丞相，臣下敢有奏請設立者，文武群臣即時劾奏，處以重刑。】
問題是，後世子孫誰也沒有明太祖高皇帝如此充沛的精力與權力慾。
所以，才設定內閣，設定司禮監，分享了相權，自己才有足夠精力和時間，去鬥蛐蛐，做木工，修道練丹。
朱元璋殺胡惟庸後，廢中書省與丞相制，以天子直接統領六部，【吏部尚書】成為百官之首，又有別稱“天官”，主持每三年一考核的【京察】制度。
洪武十五年，設定【殿閣大學士】，備位顧問，明成祖朱棣正式設立【內閣】，讓【殿閣大學士】分擔政務，解縉為第一任【內閣首輔】。一開始確實只是個秘書機構，閣員職銜只給了五品，遠不如正二品的六部尚書。
明仁宗與明宣宗時期，信用內閣“三楊”（楊士奇/楊榮/楊溥），給他們加上了從一品的“三孤”（少師/少傅/少保）頭銜，尊崇其地位，更給予他們起草詔令，批答奏章的“票擬”權力，這樣一來，內閣輔臣的權力和地位，就都逐漸壓倒了六部，“閣部之爭”也貫穿了整個明朝前期。
如明代宗景泰年間，【兵部尚書】于謙以指揮北京保衛戰，大敗瓦剌大軍，力挽狂瀾、救國於危難之功，封“少保”，無論地位還是威望，均為百官之首，更得明代宗充分信任，甚至舉國軍政大事，百官行止，都是于謙一言而決。
【前後徵調，皆謙獨運。當軍馬倥傯，變在俄頃，謙目視指屈，口具章奏，悉合機宜。僚吏受成，相顧駭服。號令明審，雖勳臣宿將小不中律，即請旨切責。片紙行萬里外，靡不惕息。帝知謙深，所論奏無不從者。嘗遣使往真定、河間採野菜，直沽造乾魚，謙一言即止。用一人，必密訪謙。謙素病痰，疾作，景帝遣興安、舒良更番往視。聞其服用過薄，詔令上方制賜，至醯菜畢備。（景帝）又親倖萬歲山，伐竹取瀝以賜。】
此刻的【兵部尚書】于謙，當然毫無疑問就是大明朝的實際首相，被時人後世稱為“救時宰相”，而同時期的【內閣首輔】，均遠不能與之相比。
明孝宗弘治年間，對內閣輔臣和六部尚書採用“平衡並重”策略，馬文升/王恕/劉大夏等部臣，與丘濬/李東陽/劉健/謝遷等閣臣，皆受其信用。
然而，吏部尚書王恕和內閣首輔丘濬，平時就關係極差，互相從不說話，於弘治六年爆發一場嚴重的“閣部之爭”。明孝宗選擇支援丘濬，將王恕罷官，給事中毛珵、御史宋德、周津等人歸罪於丘濬，彈劾其“不可居相位”，明孝宗不加理睬，次年更加封丘濬為從一品“少保”。
也就是最遲從此刻起，【內閣首輔】=宰相的認知，已成為朝野百官的共識。
明武宗正德初年，【司禮監掌印太監】劉謹專權，提拔【吏部尚書】焦芳入內閣為【內閣次輔】。焦芳認為「內閣處密勿之地，雖與聞機務，而不得專進退百官之權，兼掌部印，實芳所欲也」，希望繼續兼任吏部尚書，【內閣首輔】李東陽堅決反對，迫使焦芳讓步，主動請辭部務。
換言之，到此時，朱元璋廢丞相制後，曾經的外朝百官之首【吏部尚書】，別說和【內閣首輔】比，連【內閣次輔】都不如了，在必須二選一時，只能捨棄。
李東陽之後，正德朝的楊廷和，嘉靖朝的張璁/夏言/嚴嵩/徐階，隆慶朝的高拱，萬曆朝的張居正/申時行，崇禎朝的溫體仁/周延儒……等等【內閣首輔】，更不必說，
滿朝百官甚至連皇帝自己，皆視之為宰相、首相，除“閣老”外，多有尊稱“相國”“相公”者。
朱元璋的子孫們，中後期的明朝皇帝，自己也沒有真把“永不設宰相”的“太祖祖訓”當回事，給予親信大臣的權力，比起此前唐宋兩朝，許多名正言順的宰相，有過之而無不及。
如唐朝在唐高宗以後，大臣只要加了“同中書門下三品”“同中書門下平章事”，就算是正式宰相了。這兩個頭銜，一次可以同時加給很多人，有的還是低品官員一步登天。
如太平公主權力鼎盛時，朝堂同時存在七位宰相，五人出自她的門下，薛稷、岑羲、竇懷貞、崔湜、蕭至忠……
難道真有人以為，如正德朝的楊廷和，嘉靖朝的張璁/夏言/嚴嵩/徐階，隆慶朝的高拱，萬曆朝的張居正，這些聲名煊赫的明代首輔，無論權勢還是地位，竟還不如上述這些佞臣小丑？
嘉靖年間，楊繼盛彈劾嚴嵩：【太祖革除中書省，不設丞相，而嚴嵩儼然以丞相自居，挾皇上之權，侵百司之事。】
萬曆初年，劉臺彈劾張居正：【自內閣大學士張居正專政以來，每每自道，必曰‘吾相天下，何事不可作止？何人不可進退？’……夫其進退人也，威逼人也，宰相之實也。】
這些上引朱元璋祖訓，用以打擊權臣，指斥其"非宰相而行相權”的上奏，都被明朝中樞毫不客氣地駁回無視了。
張居正秉國時，狂言：【我非相（宰相），乃攝（攝政）也】，毫不客氣地掛上：【日月並明，九州朝大明天子//丘山為嶽，八方拜太嶽相公】的對聯。
而時人後世筆記，亦稱其“江陵張相國”。萬曆朝陳第有詩云：「跼蹐何所思，江陵張相國。」
因此，內閣首輔被文武百官通稱為“相國”，內閣輔臣被通稱為“宰相”，朝臣入閣被通稱為“宣麻拜相”，司禮監掌印太監被通稱為“內相”，在明朝中後期，再普遍不過了。
這就和明朝的六部尚書，同樣也被尊以種種古稱一樣：吏部尚書（大冢宰、太宰），兵部尚書（大司馬），戶部尚書（大司農），禮部尚書（大宗伯），刑部尚書（大司寇、大司徒），工部尚書（大司空）……一樣。而此後的清朝官場，也沿襲了這種古稱指代。
