在楊堅晚年的時候，楊堅一直都有個心思，那就是在他的本命之年改個年號，藉以驅散心中的陰霾，為未來營造一種祥和的氣氛。楊堅曾經對雙林寺惠則等沙門寫下"尊崇三寶，情深救護。望十方含靈，蒙茲福業，俱登仁壽"的話。自從建造了仁壽宮後，楊建越來越喜歡這座行宮，內部不僅舒適，名字也起得好聽，"仁壽"二字象徵著太平盛世，又包含佛教無量壽國的意思，這與他晚年的心境十分吻合，於是才有了我們多次提到的"仁壽"這個年號。
與"開皇"年號比起來，"仁壽"年號有功成享福之意，這說明楊堅當年的銳意進取已經消磨殆盡，取而代之的是暮氣沉沉。楊堅當然還是特別渴望精神上的一種滿足，尤其是大肆清洗政敵之後，他特別需要一種精神上的安慰，這種安慰不僅是政治上的，也是生理上的。十一月三日舉行新皇太子楊廣繼立儀式時，京城突然下起了大雪，周邊發生了地震，導致楊堅內心很是不安。後來袁充上奏說晝日變長，楊堅又變得十分興奮，特意讓人轉告他自認為很靈驗的術士庾季才，希望能夠得到證實。可是楊堅沒想到，庾季才沒摸清自己的心思，竟然說袁充是欺君，楊堅很不高興，當場罷免了袁充的官職，不過念在袁充他開國元老的情分上，賞賜了他一半俸祿，讓他回家養老。
經過這一番折騰，現在唯一能讓楊堅保持興奮的，覺得內心充實、有力量的也就是佛教和祥瑞了。
楊堅就是在這樣一種內心膠著矛盾的狀態下，迎來了他在位時期的第二個年號"仁壽"。
仁壽元年（601年）元旦朝會上，楊堅宣佈改元，任命楊素為尚書左僕射，取代已經被罷免的高穎，起用蘇威重新擔任尚書右僕射;改封楊廣的長子楊昭為晉王，擔任內史令兼左衛大將軍，前些年的政治鬥爭終於以人事變動而告終。楊堅希望這種變動帶來的結果是以他為核心的中央朝廷能夠高度集權統一，朝廷政風能夠為之一新。
這一年尤其是進入六月之後，楊堅一口氣做了幾件事，一是派遣十六使到各地巡省風俗，訪查地方官的治績；二是宣佈廢除中央及地方學校，僅保留國子學七十二名學生；三是在宣佈廢學的同時，向全國十三個州頒送舍利，以表明楊堅新的治國理念。
頒送舍利這件事，楊堅已經籌劃了很長時間。此前楊堅專門讓人造了六座釋迦等身像，安置在釋法藏所住的寺院，又與其信任有加的高僧縣遷說到登基前曾有一位僧人送給他一裹舍利，明顯看出其出生神話中神尼預言他日後登基興佛一脈相承的故事。但是這一次楊堅拿出舍利實物為證，想與曇遷共數，但是數來數去總是數不清，於是楊堅才決定派遣三十名高僧前往各州頒送舍利，這個決定其實是與佛教界共同籌劃進行的，目的不言自明。
為了增強送舍利的權威性，楊堅還因為舍利不斷放光而與獨孤皇后及宮女共同敲擊舍利，但無論怎麼敲舍利都絲毫無損，於是舍利被奉為神明。其實楊堅晚年的崇佛並非單純的宗教行為，而是一場神化楊堅的運動。
當然，頒送舍利的範圍不僅限於全國十三州，高句麗、百濟、新羅三國使者將要回國時，都請賜了一顆舍利，與朝鮮關係極為密切的倭國（日本）曾在開皇二十年（600年）遣使入隋，後來在隋煬帝楊廣在位的大業三年（607年）再次入隋，按照《隋書》的記載是∶"聞海西菩薩天子重興佛法，故遣朝拜，兼沙門數十人來學佛法"，這也可以看出楊堅當年敬佛已經是名聲遠播。
依據史料的記載來看，從改元仁壽以來，楊堅動員了全國力量，投入了巨大的人力物力，進行了大規模的崇佛運動，在短短三年的時間，全國修建了一百一十多所寺塔。如此大規模地動員百姓修建寺塔，是隋朝開國以來從未有過的現象，這當然與楊堅晚年大搞政治清洗後，急需粉飾太平的心態有關。儒學那個時候已經不能再為楊堅帶來改弦更張的動力，所以他只能藉助宗教的狂熱與迷信來強化他的專制獨裁，以其作為凝聚社會的精神力量而再造輝煌。
但想象很美好，現實很殘酷，楊堅的努力並沒有讓他在位的最後時間裡形勢趨於緩和，反而激起了宗教狂熱的那種亢奮。就在楊堅在全國大批興建寺塔的仁壽二年（602年），爆發了廢黜蜀王楊秀的事件，這種權力鬥爭與宗教崇拜二者互相作用，讓楊堅從中得到了很大的精神滿足感。這個時候楊堅也就變成了名副其實的"孤家寡人"，而這種情況又讓他轉而與神靈對話，對於高高在上的"孤家寡人"來講，內心其實是苦悶的。
當然，楊堅實行專制獨裁不都是出於自私自利的目的，作為皇帝的楊堅內心一直保持著強國的夢想和關懷社會的心，這是由他皇帝身份決定的。但需要注意的是，他的理想藍圖是在他晚年偏離與脫離社會狀態下構建的，與現實是有巨大反差的，這也使得他所作的改造社會的努力反而變成了阻礙社會發展的力量，這一切都是我們今天回望歷史時所得出來的結論。作為當事人的楊堅卻並不知道這一切，當時的楊堅還真誠地相信自己製造的轟轟烈烈的崇佛運動會為大隋王朝帶來好運。
勞民傷財地頒賜舍利並沒能給楊堅帶來預期的效果，反而加重了百姓的負擔。這就讓當時本就已經負擔過重的百姓更加繃緊了神經，於是在統治力相對薄弱的地區，又爆發了民眾反抗。
仁壽元年（601年），資州（今四川資中）山僚造反，楊堅急調衛尉少卿衛玄出任資州刺史負責鎮壓，衛玄到任後並沒有進行大規模的武力鎮壓，而是曉之以理動之以情進行勸說，最終讓山僚全部歸附。與資州相鄰的嘉州（今四川樂山）相繼爆發了夷、僚反抗，朝廷老將元褒經過三個月的鎮壓才最終平定。
據《隋書·郭榮傳》的記載，仁壽初年，西南地區的夷人和僚人多次發動武裝叛亂，波及相當多的地區，以至於楊堅不得不派出其心腹將領郭榮，擔任八州諸軍事行軍總管領兵征討，而此時嶺南地區的潮、成等州的僚人也相繼造反。仁壽元年年底，交州（今越南河內）俚帥李佛子也率眾反叛，最終還是楊素推薦的瓜州刺史劉方帶領十萬大軍前去平叛，才最終平定叛亂。
從當時隋朝的局勢來看，地方上的民變反抗雖然能反映出社會關係急劇緊張，但還不至於成為隋朝滅亡的關鍵因素。比民變更為嚴重的是高度集權專制加劇了官僚的腐敗和違法行為，而楊堅發明的杖打官員的做法更讓權力變得恐怖，也讓上層官僚集團越來越傲慢。
中央朝廷內以楊素為代表的官僚集團佔據主導地位，《資治通鑑》上記載"朝臣有違逆者，或至誅夷，有附會及親戚，雖無才用，必加進擢，朝廷靡然，莫不畏附"。中央朝廷如此，地方吏治也是堪憂。仁壽三年的時候，楊堅賜死幽州總管燕榮，燕榮是個酷吏，賜死他的原因就是他在地方上大肆製造冤獄，搞得民不聊生。
應該說進入仁壽年間以後，隨著楊堅專制集權的加深，官員的貪贓枉法行為迅速滋長。楊堅對此似乎有些力不從心，或許他本來也沒有心氣兒再去嚴管，因為在集權與腐敗的問題上，楊堅無法做到完全平衡，集權是必需的，所以也只能將腐敗作為必要的代價。但楊堅又不能放任腐敗蔓延，所以也會處理個別典型案例，燕榮案件就是其中的一個代表。
集權專制已經將隋朝最初的砥礪前行狀態腐蝕得面目全非，楊堅已很難再重新振作起來，而且他的身體已經衰老，無論是生理上還是心理上都越來越僵化，所以仁壽年間的崇佛運動表面上熱熱鬧鬧，實際上卻是加速了隋朝的衰敗，造成整個國家的停滯不前和精神上的空虛頹靡。
楊堅的身體越來越不好，疾病和死亡已經切實地擺在他的面前，楊堅從沒有如此清晰地感覺到大限將至。他當年意氣風發的時候，這些問題似乎離他很遠，而當他停下腳步想享受人生的時候，死亡的陰影卻驀然出現。
從開皇后期以來，楊堅夫婦已經不願意再離開舒適的仁壽宮了，可以說仁壽宮已經成為楊堅夫婦遙控朝政的地方，這也是楊堅在位後期朝政紊亂的一個原因。
仁壽二年（602年），很長時間感覺身體不適的獨孤皇后走到了生命的終點，到了八月病情突然惡化，就在二十四日這天夜裡，獨孤皇后走完了她五十九年的人生歷程。
對楊堅而言，獨孤皇后的去世是一個巨大的打擊，這不僅意味著他在晚年失去了生活伴侶，更意味著他從此失去了政治上風雨同舟的戰友，尤其在楊堅晚年疏遠了親情和大部分朝臣之後，上天又奪走了他唯一能夠信賴的擁護者。
在之後的時間裡，仁壽宮內發生了一系列事情，更加摧毀了楊堅本就已經衰弱不堪的身體和心靈。
據說新任皇太子楊廣和宣華夫人陳氏一起侍奉楊堅，天亮時陳氏外出更衣，遭到楊廣非禮。陳氏拼死抵抗跑回到楊堅床前，楊堅見她衣冠不整神色慌張，便問她遇到什麼事情，陳氏便控訴楊廣非禮自己。楊堅聽完頓時怒不可遏，暗中責怪自己就不應該聽獨孤皇后立楊廣的建議，急忙讓柳述和元巖將楊勇找來，要重新立楊勇為太子。但是柳述和元巖起草完敕令後交給楊素稽核，楊素立即意識到大事不妙，於是火速派人轉告楊廣。楊廣得到訊息後立即派心腹張衡入宮侍奉楊堅，同時撤換宮中侍衛，矯詔將柳述和元巖逮捕入獄，將宣華夫人和陳氏逐出宮外，據史料記載，沒過多久楊堅便駕崩。
《隋書·高祖紀》對楊堅病逝有詳細的記載，他於仁壽四年（604年）四月在仁壽宮一病不起，六月六日宣佈大赦天下。顯然，大赦天下是為自己祈福，但是祈福並沒有讓楊堅的病情好轉，七月十三日楊堅駕崩於仁壽宮大寶殿，時年六十四歲。
