16世紀，在西歐向海外擴張時，歐洲基督教會出現了分裂，新教徒放棄了天主教會的部分教義，成立了新的團體，這些分裂被稱為宗教改革。
一、教會早期的分裂
教會的分裂自很早時候就開始了，最早在亞美尼亞、美索不達米亞、埃及和阿比西尼亞各國分立的教會出現了不同信仰。11世紀，希臘語基督徒與拉丁語基督徒分為兩大團體，也就是西方的“天主教”教會和東方的“正教”教會。
二、宗教改革的原因
1.政治上，14、15世紀，隨著世俗權力和力量的提升，對教會的批判和對教會權威的政治反抗，一定程度上降低了教會的影響力和權力；
2.14世紀，英國教士兼牛津大學教授約翰·威克里夫對天主教教義與做法提出反對，獲得了英國鄉紳、政客、民眾的支援；
3.約翰·胡斯在波西米亞傳播了威克里夫的觀點。15世紀初，威克里夫的英國門徒和捷克胡斯派的人數不斷增加，他們受到了英王亨利四世、亨利五世，神聖羅馬帝國皇帝西吉斯蒙的阻礙，胡斯在1415年被西吉斯蒙處以火刑。胡斯的死亡引起了民眾暴亂；
威克里夫
4.14、15世紀，人們對教士透過壓榨基督徒財富以維持奢侈無度的生活強烈不滿，一些教士也對這類現象表示反對。
5.民族主義的發展，使英、德、法等國提出了將教會從“外國”的統治下解放出來的主張。
三、新教教會
1.首位改革者是德國人馬丁·路德（1483-1546）。1517年他公開質疑“贖罪券”（一個人真正對自己的罪孽進行懺悔，贖罪券准許免去所有或部分死後應得的懲罰）與贖罪券所依託的“善行”教義。1517年教皇利奧十世為籌措資金修建羅馬聖彼得教堂，從而銷售贖罪券，馬丁·路德在維滕貝格教堂大門上張貼95條論綱，抨擊贖罪券和教皇的一些主張，於是1520年教皇利奧把路德從教會開除。路德受到王侯、貴族和修士的支援。1525年德國南部農民起義對抗教會，起義很快被鎮壓，在對抗中，路德站到了貴族一方，這導致德國北部邦國追隨路德變成了新教徒；而南部邦國則仍然信奉天主教。同時丹麥、挪威、瑞典國王將路德教封為國教。1555年德國天主教徒與路德教徒在長時間內戰後，簽訂奧格斯堡宗教和約。和約認可路德教是基督教中一派。
馬丁·路德與95條論綱
2.16世紀，英國宗教對抗主要是英王亨利八世實施的。他起初反對路德，後來與教皇決裂了，轉而領導全國反抗教皇。1534年，亨利八世引導議會透過法案，規定國王替代教皇作為英國教會的元首。英國教會逐步變成了英國國教教會。伊麗莎白統治時期，英國國教教會正式獲得認可，被稱作安立甘教會，得到國家支援。
3.瑞士烏爾裡希·茨溫利領導了反抗天主教會的起義，當時瑞士也如德國一樣，各邦國之間因信仰相互混戰，茨溫利與1531年在卡佩爾戰役中被殺死。
約翰·加爾文
4.法國人約翰·加爾文（1509-1564）在20歲時被法國天主教會看作異端，被迫逃亡瑞士。從1536-1564年，他一直是日內瓦的宗教預言家和政治獨裁者。他的教義自日內瓦向外廣泛傳播，荷蘭、法國、蘇格蘭等地都受到他的影響，清教徒和新英格蘭遷移的新教徒也都成為加爾文的教徒。
四、天主教會的改革
新教興起的同時，天主教會也進行了一系列變革。16世紀後半葉，連續幾位教皇改進教會管理，他們舉行全體宗教會議—特蘭託會議，並延續了18年（1545-1563）。特蘭託會議對天主教教義進行了合理闡述，對財務和教育事務進行變革，制定了禁止天主教徒閱讀的《禁書目錄》，同時異端裁判所也對背叛信仰的行為進行懲處。
這一時期，伊格納修斯·羅耀拉於1534年建立了耶穌會，成為教會內部變革的主要力量。他們創設新的學校，以博學和修養改善人們對教士的印象；憑藉他們的力量，波蘭在差點改信新教後又重新轉變回來；在巴伐利亞和比利時，他們保留了天主教；在捷克、匈牙利和英國他們保護和幫助天主教徒。
而在西班牙、葡萄牙、法國、義大利和奧地利，為了維持天主教，教皇與這些國家簽訂“宗教協議”規定在教會事宜方面給予統治者一些特權。
五、不寬容與宗教戰
宗教的變革導致各個國家在宗教信仰上出現分歧，而政治統治的穩定需要依賴宗教上的統一，為了使基督徒公民遵照唯一官方信仰，不寬容現象在16世紀非常普遍。
西班牙、葡萄牙和義大利國王迫使人們信仰天主教，否則將被異端裁判所處決或監禁。西班牙國王菲利普二世是狂熱的天主教教會支持者，他清除了西班牙新教，處決了上千異教徒；在法國天主教徒和新教徒的戰鬥中，菲利普給予法國天主教徒軍事幫助；1588年，他派出無敵戰艦進攻英國，以推行自己的信仰。
西班牙菲利普二世
在德國，神聖羅馬皇帝與大部分選帝侯信仰天主教，而很多王侯成為了新教徒。於是新教的王侯殘害天主教臣民，天主教王侯殘害新教臣民。各王侯之間交戰頻發。
1618年，德國天主教徒和新教徒爆發了一場持續30年的戰爭，並逐漸演變成國際戰爭。丹麥、瑞典、捷克、法國等捲入戰爭。法國作為天主教國家，出於政治上的考慮，卻站在新教徒一方。法國的獲勝致使皇帝於1648年簽訂威斯特伐利亞和約，法國得到了阿爾薩斯；瑞典獲得兩塊德國領土；勃蘭登堡吞併了波美拉尼亞東部一些地區；荷蘭和瑞士取得了獨立。
在英國亨利八世力圖建立並維持走中間道路的安立甘教會，他燒死路德教徒，屠戮天主教徒；瑪麗·都鐸力爭恢復天主教，殘害和燒死安立甘教徒和加爾文教徒；伊麗莎白則制定了嚴苛法律來反抗天主教。17世紀，為了躲避英國的殘害，清教徒來到了美國的普利茅斯；天主教徒則到了馬里蘭。
在法國，16世紀大多時間被宗教戰爭困擾，1572年，上千新教徒被屠殺；到了1598年，亨利四世頒佈南特赦令，授予新教徒公民權力和宗教寬容，停止了戰爭；可是到1685年，路易十四廢除了南特赦令，法國再次遭到殘害和遷徙。
宗教大屠殺
六、基督徒的三大團體
16世紀，天主教逐漸形成了三大團體。西方天主教分為兩個團體新教、天主教，東方則是正教。三大團體在尊奉耶穌，對聖經保持尊重等很多基本神學觀點保持有基督教的共性；到那時在對教皇的統轄上、和一些教義等方面存在不同觀點。
除了教義方面的差別，在新教國家裡，修道院和它的附屬學校、圖書館與慈善機構都封閉了，在一些情況下，宗教繪畫、聖徒雕像和彩色玻璃窗戶被摧毀；清教徒則對劇院和戲劇表示反對。
