要弄清楚這個問題，首先要知道“罷黜百家，獨尊儒術”的真正含義，董仲舒在給漢武帝的《天人三策》中提到“諸不在六藝之科，孔子之術者，皆絕其道，勿使並進”，意思就是堅持孔子的儒家思想，全國讀書人要研習六藝，除此之外的其他學說都不能發展。漢武帝認為這是符合當時漢朝的基本國情的，於是就下令全國上下開展轟轟烈烈的學習儒家思想的熱潮。走上了一條具有大漢王朝特色的封建帝制道路。
為什麼要選擇孔子儒家學說作為國家發展的指導思想呢？首先，漢朝在建立之初，全國的指導思想是黃老思想，即所謂走無為而治的道路，所謂無為而治，並不是說朝廷什麼都不管，任由社會自由發展，他不是自由主義，而是政府在制定了一系列有利於社會發展的措施後，減少政府的干預，如稅賦，兵役，經濟以及政治，思想等方面都是如此。在這種主導思想下，從漢高祖到漢武帝前期，社會的經濟發展十分穩定，國力也逐漸增強。這就是文景之治，它是大一統的中國第一個盛世。但是，也出現了很多問題。其中最大的問題是諸侯國問題。漢初實行郡國並行制，也就是先分封劉氏宗親諸侯王，分封土地，在沒有分封的地方和諸侯國內實行郡縣，這裡面有一個問題就是，中央減少了對諸侯王勢力的干預，分封的地方多，中央管理的地方少，而諸侯王有很大的地方自治權力，隨著手中權力無節制地增長，危機到了中央對全國的統治，更威脅到了皇帝的位子。從而，在賈誼建議漢景帝的《削藩策》中，提出“欲天下之治安，莫若眾建諸侯而少其力”，就是想要社會穩定有序，就要將諸侯國分割成若干個小國，來削弱諸侯國的力量，是指不足以威脅到皇權。從中我們可以看出，賈誼已經很清楚地知道，諸侯是威脅“天下治安”的隱患。於是漢景帝削掉楚王、趙王和常山王的封地。引發了七國之亂。
七國之亂的背後，有一個很可怕的現實問題。這不同於春秋戰國時期諸侯爭霸，那時諸侯爭霸是把周天子排除在外的，也就是不放在眼裡。而漢朝的七國之亂，其目的就是要將國家最高統治者換人。可為什麼會七個國家聯起手來對抗中央呢？在於全國上下沒有統一的思想理論作為指導，那時的諸侯王認為皇帝就是我們劉家的家長，你要幹不好就換人，老子手裡有槍有兵有錢，我不怕你。你現在削我的封地，損壞了我的利益，我就得拉你下馬。因為各個諸侯國都有一套自己的政治理論，家國不分。思想不統一，造反是必然的。
雖然最後平息了七國之亂，但是治標不治本。漢武帝時，社會問題十分尖銳。由於無為而治，國家的經濟活動受到了商賈的挾持，商賈的資本力量很大。漢武帝就著手整頓經濟，打擊富商巨賈，政治不能被資本所左右，這是我們中國自古以來的優良傳統。
董仲舒得到漢武帝的賞識，董仲舒推崇儒家思想，但是儒家思想在秦朝時中斷了，於是漢朝建立後儒家重新發展，在原來的基礎上進行了創新，董仲舒以儒家思想為框架，加入了法家思想，兼收幷蓄，加強中央集權。深得漢武帝滿意，於是獨尊儒術得到了成果的貫徹和執行。要保障指導思想的永固，必須和國家對人才的選拔結合起來，在“罷黜百家，獨尊儒術”後的兩年，漢武帝實施了察舉制，這也是比較系統地大一統王朝的人才選拔制度，察舉制和科舉制一字之差，但內容有巨大區別。察舉制以“孝”“廉”為主要標準選拔人才，此外還有賢良方正等，但不是主要的。而儒家思想所提倡的就是這兩個，這保證了儒家思想得到貫徹執行。
第二個就是建立太學，設五經博士。太學，是漢朝的最高學術研究中心，有專門的人來研究儒家思想，這些專家稱為五經博士。除此之外，五經博士還需要學生來繼承和發展其研究思想和研究成果，稱為“如弟子”，這些“如弟子”是國家管理的後續力量，他們會每年進行考試，成績優秀的會入朝為官。這樣從社會的每個層面都有了儒家思想的參與，從此，儒家思想就一直左右著中國古代的政治，直到1905年科舉考試的廢除。
漢武帝選擇儒家作為指導思想，是當時國情的需要，其在儒家思想的統治下加強中央集權，是儒家法家的結合。從中也看出了儒家思想的包容。
