1.實驗室空調通風系統設計及壓力控制：
基因擴增實驗室並沒有嚴格的淨化要求，但是為避免各個實驗區域間交叉汙染的可能性，宜採用全送全排的氣流組織形式。同時，要嚴格控制送、排風的比例以保證各實驗區的壓力要求。
2.汙染的預防與控制：
PCR實驗室設計的核心問題是如何避免汙染。在實際工作中，常見的有以下幾種汙染型別：擴增產物的汙染；天然基因組DNA的汙染；試劑的汙染以及標本間的汙染。由於一旦發生汙染，實驗就必須停止，直到找到汙染源為止，而且實驗結果必須作廢，需重新進行實驗。所以發生汙染後再圍繞實驗室來尋找汙染源不但耗時而且繁瑣，浪費人力物力。因此要避免汙染，首先應是預防，而不是排除。
3. 嚴格按照規範科學設計的安裝流程：
安裝前需要確定以下安裝條件，如：電源電壓，電源進線位置，電話網路線進線位置，進水水壓，最小安裝空間，地面平整度，通風孔、進水管和下水管的位置等，理想狀態的空間尺寸和通風口尺寸。
