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今天小編主要帶給大家3個可以預測lncRNA亞細胞定位工具的詳細教程,零基礎的童鞋也可以“一鍵式”輕鬆搞定。好了,話不多說,咱們一起來往下看~
1.LncLocator資料庫
http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/lncLocator/
用來線上預測lncRNA亞細胞定位,只需要輸入核苷酸序列,即可得到LncRNA在細胞質、細胞核、核糖體、胞質溶膠、外泌體這5個位置的分佈比例。
相關文獻
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序列輸入
輸入核苷酸序列(這裡我們就以網站舉例的序列為例),然後點選“submit”:
結果展示
提交後,就知道該LncRNA在這5個位置的具體評分了,預測結果選取評分最高的位置,比如:這個預測結果就在細胞質(Cytoplasm)中。
2. iLoc-LncRNA資料庫
http://lin-group.cn/server/iLoc-LncRNA/predictor.php
用來線上預測lncRNA亞細胞定位,只需要輸入核苷酸序列;這個資料庫相比於LncLocator資料庫有一個優勢:可同時預測多個LncRNA。
相關文獻
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資料輸入
可以輸入多個LncRNA序列(這裡以網站自帶序列為例):
結果展示
3.RNALocate資料庫
http://www.rna-society.org/rnalocate/
RNA亞細胞定位檢索工具(這個資料庫不單單適用於lncRNA,其他的RNA也可以),這個資料庫與之前的兩個資料庫相比,僅輸入名稱即可,會更方便,還可連結到預測結果的相關文獻、資料庫等。
相關文獻
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資料輸入
輸入LncRNA名稱即可(這裡以LncRNA UCKL1-AS1為例):
結果展示
首先點進去出現的介面會展示該LncRNA的基本資訊,包括名稱、RNA ID號、RNA型別等,點選“GO”即可連結到具體的預測結果
接下來會以表格形式展示檢索結果的簡要資訊,主要包括RNA類別、物種、組織/細胞、亞細胞定位結果等,點選“detail”,就可看到結果更詳細的資訊
以檢索結果第一個為例,可看到具體的參考文獻資訊、資料庫等
小編有話說
3個數據庫都給大家附有連結,開啟連結就可獲得3種預測lncRNA亞細胞定位的方法,是不是又收穫滿滿啊;同時呢,3個數據庫也給大家附有相關參考文獻,在寫作時候也可以直接引用,有沒有很方便呢~
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