1941年，在德國企圖入侵英國本土的不列顛空戰之後，德國人意識到Bf110重型戰鬥機雖然航程夠遠，機動性卻嚴重不足。這種細長機身前段有一個長長的縱列三人座艙，分別配置飛行員、通訊雷達手和射手。由於機體大，速度較慢，Bf110在和英國颶風戰鬥機的對決中吃盡了苦頭。因此，Bf110更多被用於編隊護航、戰術轟炸和夜間防空作戰。但德國人還是需要一種航程同樣夠遠，卻依然能夠和颶風較量的戰鬥機。
於是，1941年，帝國航空部提出建造一種新的遠端戰鬥機，要求能在最短時間內替換Bf110，並使用盡可能少的新部件。招標方案出來後，各大公司積極響應，而梅塞施密特推出的方案就是Me609。這是一種活塞動力的重型戰鬥機兼輕型轟炸機，它是將兩個閒置的Me309機身用一箇中翼部分連線起來。(Me309戰鬥機原本是用來替換Bf-109戰鬥機的。雖然它具有很多先進的效能，但是Me309存在太多問題以致於只建成了四架原型機該專案就被取消了)。
Me309
然而，在用一箇中間翼匣將兩個Me309機身連結起來並去除了每個機身的外側主輪後，它會呈現出一種怪異的四輪佈局。（Me309採用的是當時還比較新穎的前三點式又稱三輪車式機輪，雖然極不適合活塞式螺旋槳飛機，但寶貴的經驗成就了幾乎平行發展的噴氣式戰鬥機--Me262。）當然，所有機輪都可以在起飛後收起來，以減少空氣阻力。Me609只有一個氣泡式的駕駛艙，飛行員視野非常好，被佈置在左側的機身上，右側機身則呈現出平滑的一條直線。這種佈置，使飛機重量更輕，卻因為多出的機體獲得更大的載油量，從而飛得更遠。Me609配備的是兩臺戴姆勒·賓士公司的DB603B 引擎，單臺功率可達1750hp。
德國人為Me609設定了兩種任務，一種是配備4或6門30毫米MK108機炮的重型戰鬥機，另一種是配備2門30毫米MK108機炮的輕型轟炸機，1000公斤的炸彈會被掛在機身下方。
然而，當Me609的方案被遞交上去之後，空軍高層對這種連體飛機還是不太滿意。他們更青睞於在Bf109單座戰鬥機上進行改進，畢竟這款飛機在與颶風的空戰中取得了不俗的戰績。Bf109的機動性非常好，只要短腿這個缺陷修改一下就完美了。
Bf109機動性很好，就是航程短了些
眼見自家的方案就要落空，梅塞施密特又打起了雙機身的主意。因為隨著英國的蘭開斯特轟炸機群對德國本土的夜間轟炸日漸頻繁，德國本土的軍工產業大受影響。然而，德國空軍卻發現他們除了高射炮和探照燈之外，並沒有什麼好的辦法去攔截這種防護嚴密的重型轟炸機。現有德國戰鬥機改造成的夜間戰鬥機又有各種各樣的問題，不是機體太小無法安裝雷達；要麼就是單座機只有一名飛行員無法同時兼顧探測和射擊等工作；或是飛機的載油量太小，無法長時間待在空中進行埋伏和攔截。因此，Me609是一個非常好的改裝平臺。他的另一側機身可以增加一名飛行員負責操作雷達，以探測黑夜中的英國轟炸機。同時，飛機依然保持較長的滯空時間，強大的火力和不亞於單座戰鬥機的敏捷性。
就在梅塞施密特興致沖沖地要將Me609的夜戰版本交上去的時候，又一個打擊來了。因為此時另一個專案，即革命性的Me 262噴氣式戰鬥機的開發進展良好，很快就要生產了。於是，Me609最終還是被打入冷宮，成了德國在二戰期間眾多腦洞大開卻不幸流產的作品之一。
搶了Me609位置的Me262
