1.馬相伯，在任時間1905-1906；1910-1912
馬相伯（1840年4月7日—1939年11月4日），原名馬志德，聖名若瑟，又名欽善、建常、紹良，字斯藏，又字相伯、湘伯、薌伯，以字行，別署求在我者，晚號華封老人。祖籍江蘇丹陽，生於丹陽馬家村（今江蘇丹陽），中國著名教育家，震旦大學、復旦大學、復旦中學、嚮明中學創始人兼首任校長，愛國人士，耶穌會神學博士。傑出教育家蔡元培、民國高官于右任、邵力子為其弟子。
2. 嚴復，任期1906-1907
（1854年1月8日—1921年10月27日），原名宗光，字又陵，後改名復，字幾道，漢族，福建侯官縣人，近代極具影響力的資產階級啟蒙思想家，著名的翻譯家、教育家，新法家代表人物。
3. 夏敬觀，任期1906-1909
（1875年-1953年），近代江西派詞人、畫家。
4. 高鳳謙， 任期1909-1910
（1870-1936）號夢旦。著名教育家和出版家。1893年任浙江大學總教習。1894年赴日任留學監督。回國後曾任上海商務印書館國文部長、編譯所所長、出版社長、復旦公學監督等職。譯有《日本法規大全》，編有《辭源》等。 他是我國著名文學家和翻譯家鄭振鐸的岳父。
5. 李登輝，任期1913-1936（不是臺那個～，同名）
（1872-1947），我國近代著名教育家，復旦大學老校長（1913年~1936年），字騰飛，福建同安人，出生於荷屬爪哇島（今印尼），印尼第七代華裔，畢業於美國耶魯大學。他為復旦大學所培養的學生多學有所成，其中擔任大學校長的至少有二十六人，這在中國近現代教育史上是絕無僅有的，在世界教育史上也極為罕見，他被世人譽為“人倫師表”，為維持和發展復旦大學作出了巨大貢獻。
6. 唐元湛，任期1918（代理）
（1861-1921）號路園，廣東香山人。1873年6月作為第二批留美幼童之一，赴美留學。回國後，曾任郵政總局提調、郵政總局上海分局總辦、上海電報局局長、上海商業銀行常務董事等職，1918年任復旦大學代理校長。
7. 郭任遠，任期1924-1925（代理）（1898年-1970年8月14日），男，廣東潮陽縣銅缽盂村人，早期激進的行為主義者。郭任遠在20世紀20年代挑起了關於本能問題的論戰，轟動了美國心理學界。此後他提出心理學應該以人類或動物的行為或動作為研究物件，堅決主張拋棄心理學中一切主觀性的名詞術語，被稱為“超華生”的行為主義者。
1922年回國後致力於中國心理學啟蒙和發展活動，被稱為“中國的華生”。
8. 錢新之，任期1936-1940（代理）（1885-1958），名永銘，字新之，以字行，晚號北監老人。原籍浙江吳興（今湖州），生於上海。民國時期江浙財閥的代表人物之一。
9. 吳南軒，任期1940-1942
（1893年-1980年）江蘇儀徵人，心理學家，國立清華大學校長、國立復旦大學校長。
10. 章益，任期1943-1949
（1901～1986），男，字友三，安徽滁州人。早年就讀於上海聖約翰大學附屬中學。1922年畢業於上海復旦大學，成績列當年文科畢業生第二名，獲金質獎章。至1924年，在復旦大學附中任英文教員。民國32 年至民國38 年任復旦大學校長。
11. 張志讓，任期1949-1952
（1893年12月28日—1978年4月26日），中國當代著名法學家、法學教育家。江蘇省武進縣人。
12. 陳望道，任期1952-1977
（1891年1月18日－1977年10月29日），男，漢族，中共黨員，浙江金華義烏人。我國現代著名的思想家、社會活動家、教育家和語言文學家，五四新文化運動的積極推動者。
13. 蘇步青，任期1978-1983
（1902年9月23日—2003年3月17日），浙江溫州平陽人，祖籍福建省泉州市，中國科學院院士，中國著名的數學家、教育家，中國微分幾何學派創始人，被譽為“東方國度上燦爛的數學明星”、“東方第一幾何學家”、“數學之王”。
14. 謝希德，任期1983-1988
（1921年3月19日—2000年3月4日），福建泉州人，固體物理學家、教育家、社會活動家，中國科學院學部委員（院士）、第三世界科學院院士，復旦大學原校長，上海杉達學院原校長。
15. 華中一，任期1988-1993
（1931年2月—2007年4月25日），男，中國共產黨黨員，1931年2月生，江蘇省無錫市人，教授。1951年畢業於交通大學物理系。曾任復旦大學校長。曾任復旦大學教授、博士生導師，中國真空學會名譽理事長、中國儀器儀表學會副理事長、上海市電子學會理事長、上海市真空學會理事長，國際真空科學技術與應用協會(IUVSTA)執行委員。
16. 楊福家，任期1993-1998
祖籍浙江鎮海，民國二十五年（1936年）6月11日出生於上海，核物理學家、教育家，中國科學院學部委員（院士），國際歐亞科學院院士，發展中國家科學院院士，復旦大學教授，上海建橋學院名譽院長。
17. 王生洪，任期1999-2009
我國著名教育家，科學家，曾榮獲國家科技進步－等獎。江蘇南通人。
18. 楊玉良，任期2009-2014
1952年11月生於浙江省海鹽縣，教授，博士，中共黨員，國際著名的科學家、教育家，中國高分子化學領域的首席科學家，國家重大基礎研究“攀登計劃”高分子凝聚態物理基本問題專家組首席專家，中國科學院院士。
19. 許寧生，任期2014-至今
1957年7月出生於廣東普寧，籍貫廣東澄海，真空微納電子學家，中國科學院院士、發展中國家科學院院士，曾任中山大學校長。現任復旦大學教授、校長。#復旦大學#
