正式的道教組織形成於東漢末年。第一代張天師張道陵在四川大邑鶴鳴山建立五斗米道。到了三國時，張道陵的孫子張魯割據漢中，建立政教合一的政權。張魯以宗教管理的模式治理漢中近三十年，使漢中成為亂世中的淨土，受到民眾的擁戴。五斗米道從這一時期開始迅速發展。
五斗米道是先秦方仙道與上古巫教結合的產物，重符籙、煉丹以及男女合氣之術。且五斗米道產生於漢末亂世，不可避免地承接了當時人們脫離苦海，“致太平”的良好願望。福禍相依，這些因素促進了五斗米道的發展，也埋下了巨大隱患。
利用道教與強大的國家機器對抗是非常危險的。太平道天公將軍張角發動黃巾起義，失敗之後太平道也殃及池魚、煙消雲散。張魯之後一百年，道教的理論大師葛洪橫空出世。他看到了早期道教動輒以救民水火為已任的危險性，堅決反對利用道教組織民眾起義。事實上，即便有了黃巾起義的前車之鑑，在東晉南朝的時候，很多的反政府起義還是以道教來組織的。
道經中有李弘為太上老君轉世，當為天子的說法。於是那個時期發生了多次假稱李弘的農民起義。因而統治階層對道教也恨之入骨，視為洪水猛獸。葛洪在這種背景之下，改造民間道教。將道教引入“神仙道教”的發展方向。修煉成仙才是道士追求的目標，煉丹成為道士日常修行的第一要務。
在中國的北方，則有天師寇謙之改革。他同樣認識到五斗米道收取信眾租米錢稅的危險性。對這一制度進行了堅決的廢除。張天師曾著作《黃書》，提倡道教房中術。但經過一段時間的發展，道教的部分高層不免腐化。“房中術”被某些腐化分子打著幌子濫用，在民間造成非常惡劣的影響。寇謙之也堅決摒棄了這一真假難辨的法術。
道教的另一派別上清派則對五斗米道的修行方法不滿。這一宗派開創了以“存思”為代表的新的修煉法門。不重視符籙，也不重視煉製外丹。注重的是人體內的存思存神，透過煉神以煉形，尤其排斥房中術。上清派後來發展成為道教最大派別，為內丹修煉提供了新的思路。
早期道士最主要的修行是煉製外丹。這是根據古代醫學以形補形，以及老子“道者反之動”的理論而來。煉丹的主要原料為硫化汞，即俗稱的丹砂。硫化汞加熱可還原成金屬汞，又經氧化可變成固體的氧化汞。古代道士覺得這個過程十分的神奇，覺得這是丹砂的“返老還童”。認為只要以丹砂為主要原料，煉製出“仙丹”，人在服食之後便也可以如丹砂一般返老還童。
現代人都知道，汞是劇毒金屬。古人經過無數生命的代價，認識到這一點。於是內丹理論逐漸興起。隋朝羅浮山道士蘇元朗首先提出內丹之說。這個學說正式的完備到了唐末五代，那時出現了內丹修煉的代表人物：八仙中的鐘離權、呂洞賓。鍾呂丹道為內丹修煉的主流，也是內丹修煉功法成熟的標識。從此，煉製外丹者寥寥無幾。內丹也是後來道教主流派別全真教主要的修持功法。
全真教的興趣受到了佛教、儒教的影響。全真教的經典包括佛門的《心經》，教內有“紅蓮白藕青荷葉，三教原來是一家”的說法。佛門和尚都需要出家修行，但全真教之前的道派對出家與否卻沒有要求。這在全真教教主王重陽看來是不可取的。全真教規定，所有入教弟子必須出家修行。到了明太祖朱元璋的時候，將天下道門都納入全真、正一兩道之內，大抵形成了北全真、南正一的格局。於是道士們也分為兩類：全真道士必須出家修行，而正一道士則沒有嚴格規定。
從道教各宗派的“鄙視鏈”可以看出，所謂的“鄙視”過程，實際上是道教不斷地向前發展的過程。正是對前一階段發展的不滿意，才催生出一波一波的進步。道教的影響力也在這一點點的進步中不斷擴大，道教文化成為中華文化最具特色的部分。
