一說到日本的首都，大部分人都會覺得日本的首都是東京，其實不然，雖然我們都基本認同東京是日本首都，但是在日本的憲法中，並沒有明確東京是首都。也就是說東京是事實上的首都，並不是國家法定的首都。在日本的法律中，沒有直接界定首都的位置。但是，從近代的詔書和廢除的法律當中，都提到過東京或者東京都作為日本的首都。
關於日本首都的歷史，可以說是一步曲折的變遷史。在公元690年，藤原京，被認為日本最早也規模較大的都城，後來因為空間狹小也發展受限的因素，又遷都到奈良市市區內，被稱為平城京。後在七十多年間，平城京一直是日本的首都。後又經過大化改新，佛教成為了日本的國教，寺社勢力的壯大對朝政產生了嚴重的威脅。日本天皇意識到這個問題，在公元794年決定從奈良遷都到京都（平安京），京都在日本的行政史上，有舉足輕重的地位，到遷都東京為止，平安京作為首都已經1000多年了。後來日本進入了群雄割據的戰國時代，在這個時代豐臣秀吉是代表人物，而人們熟悉的德川家康是他的下屬，後經歷了百餘年的混戰，那時候的日本，國家可劃分為關東關西兩塊區域。千百年來，國家的領導者都在關西地區，所以關西地區成為了日本的政治、經濟和文化中心；而關東地區，地廣人稀，比關西地區落後的多。
戰國時代結束，日本完成了真正意義上的統一。統一後，豐臣秀吉為了地位不受到威脅冊封德川家康到關東地區，德川家康到關東地區，為關東地區尤其是江戶（今東京）進行了改革，俗話說的好要想富先修路，他開通了很多條道路，其次是放開海上貿易，利用關東臨海的優勢進行貿易。在一系列措施的推動，關東地區特別是江戶，開始走向崛起。後來豐臣秀吉的時代落幕後，德川家康時代到來了，日本的政治經濟重心也由京都開始向江戶轉移，這標誌關東地區地位的確立。後在19世紀中期以後，德川家與其他藩屬的戰爭中失敗，只能被迫將大權還給天皇，國家實權的轉移，首都選址引發貴族和大臣的激烈討論，皇室貴族認為，首都應遷回京都才能體現天皇的至尊地位，而江戶的大臣認為，江戶的各項設施齊全，在日本已經是首屈一指了，沒有必要在遷回京都，勞民傷財。
公元1870年，天皇推遲向京都遷移的計劃，繼續將江戶作為政治中心，並更名為東京。自此之後，京都只是名義上的首都。
東京就這樣確立了政治經濟中心的地位。但是在法律上並沒有確定東京是國家的首都。但是又透過一系列的檔案間接的說明東京是國家的首都。
在1950年，日本頒佈了《首都建設法》，其中第一條便明確闡述了“東京是一個和平國家的首都”；而在該法廢除之後，緊接著又實施的《首都圈整備法》，同樣也強調了“構築一個以東京為中心的，能夠促進日本政治經濟等方面發展的大都市區”。
