宋代，朝廷加強了祭祀活動，九疑山舜帝陵廟得到修復，祭祀活動得以正常進行。理學大家朱熹還撰寫了祭舜樂舞歌詞《虞廟樂歌詞》。
五代時期，戰亂頻繁。寧遠九疑山為瑤民聚居區。由於瑤民不堪朝廷的經濟掠奪和政治壓迫，多次進行反抗。後周廣順三年（953），九疑山瑤民在盤崇領導下起義。在社會動盪不定和戰爭連年不斷的影響下，九疑山舜帝陵廟年久失修，再度幾近荒廢。
960年，趙匡胤發動陳橋兵變，奪取後周政權，建立起北宋王朝。趙宋王朝建立後，加強了對上古帝王陵廟的保護與管理。宋太祖建隆年間（960～963），王繼勳時為檢校太保、行道州刺史事，奉詔重修九疑山舜帝陵廟。
乾德元年（963），宋太祖下詔，對上古帝王的祭祀作出規定。《宋史·禮志》載：“乾德初，詔歷代帝王，國有常享，著於申令，可舉而行……按祠令，先代帝王每三年一享，以仲春之月，牲用太牢；祀官以本州長官，有故則上佐行事，官造祭器送諸陵廟。又詔先代帝王載在祀典，……其太昊、黃帝、高辛、唐堯、虞舜……各置守陵五戶，歲春秋祠以太牢。”乾德六年（968），宋太祖敕令九疑山舜廟每三年一祭。所有這些可以說明，在宋代，朝廷對九疑山舜帝陵廟的保護與管理是非常重視的，而且採取了很多積極的措施。宋代九疑山舜帝陵廟，是在唐代舜帝陵廟的基礎上重修，保持了唐代舜帝陵廟的規格與規模，地址仍在玉琯巖前。
祭舜都是最隆重的典禮。祭典的形式有築臺望祭、陵前燎祭、廟堂文祭、廟堂歌祭、禮樂歌舞祭等。築臺望祭由郊祭發展而來。祭祀時設祭臺，燒柴火，望九疑而祭望祭舜帝始於大禹，止於漢武帝。陵前燎祭是用火焚燒祭品、祭器，使香味隨煙上達於天，以溝通神靈的一種祭祀形式。祭祀時，通常設有專門的燎祭所，並掘有燎祭坑。主祭官在燎祭所，點燃燎祭之火後，參祭人員虔誠望燎，然後掩埋燎祭坑，表示此次祭典已與被祭祀的神靈相溝通。廟堂文祭是在燎祭的基礎上，發展起來的一種祭祀形式。祭祀時，向舜帝神位，宣讀祭文，然後焚燒，即“讀祝”、“焚帛書”。這種宣讀祭文的儀程始於何時尚不得而知，但至遲在南朝宋代已經有之。宋武帝劉裕詔湘州刺史張邵祭舜，時任始安太守顏延之為張邵起草了一篇祭舜文，就是明證。此後，凡是祭舜，都有了“讀祝”“焚帛書”的儀程。廟堂歌祭，就是在祭舜時增加歌詠儀程，在“讀祝”之外，由祭祀隊伍歌詠舜帝功德。在祭舜中使用歌詞始於何時尚無定論，但至遲不會晚於中唐元結任道州刺史之時。因當時元結還親自作《補樂歌·大韶》，以為歌祭之用。禮樂歌舞祭，就是在祭祀時加入舞蹈，祭祀隊伍隨歌漫舞。這種形式始於宋代，到清代成為定製。
進入唐代後，隨著佛教的傳播的廣泛深入，民間的傳統生活習慣發生了很大變化，傳統儒學受到衝擊。宋代的有識之士如司馬光、朱熹等，意識到《儀禮》中的禮制是中國儒家文化的典型，決不能讓它從中國社會徹底消失。為此，他們順應時勢，對《儀禮》進行刪繁就簡，取精用弘的改革，摘取其中最能體現儒家人文精神的冠、婚、喪、祭諸禮，率先實行，並在士大夫階層中加以提倡，收到了比較積極的成效。宋代在祭舜問題上作了特別規定，歌祭時，有統一的樂曲，歌詞統一使用朱熹所作的《虞廟樂歌》。其歌詞如下：
皇無為兮山之幽，翳長薄兮俯清流。渺冀州兮何有？眷茲土兮淹留。皇之仁兮如在，子我民兮不窮。以愛沛皇澤兮橫流，暢靈威兮之無外。潔樽兮肥俎，九歌兮舞。嗟莫報兮皇之祐，皇欲下兮儼相羊，烈風雷兮暮雨。
從此以後，朱熹所作的《虞廟樂歌》成為祭舜時的通用歌詞。
