1977年7月23日，鄧小平在北京接見了專程來請示彙報的長沙工程學院（前身系中國人民解放軍軍事工程學院，簡通稱“哈軍工”）負責人，並同他們進行了談話，他強調的要點就是“軍隊現在主要靠學校訓練幹部”。1個月以後，他又在中共中央軍委座談會上發表講話，突出強調“軍隊要把教育訓練提高到戰略地位”。可見，軍隊院校建設和軍事訓練在他的心目當中有著多麼重要的地位。
1977年7月，正是全黨工作處於徘徊中前進的歷史過程中。針對“文化大革命”中一度盛行的“知識越多越反動”的論調，鄧小平旗幟鮮明地提出：要繼承人類的知識。自然科學和語言一樣沒有階級性，哪一個階級掌握了，就為哪一個階級服務。他告訴大家，指南針、印刷術、火藥都是中國人發明的，外國人還不是學去用了，並且發展了。然而，我國60年代和國際上差距還比較小，70年代差距就比較大了。因此，縮短差距就“要學習外國的先進技術”。
也就是在這年7月23日聽取長沙工程學院負責人請示彙報以後，鄧小平說：“你們可以花錢把外國技術資料買來，編到教材中去，也可以派留學生去學，還可以請外國技術專家來教。只有學到手了才能發展，才能趕超世界先進水平。”他鼓勵道：現在到20世紀末只有23年了，“你們要大膽幹，絕對不會打你們的棍子”。
其實，恢復高考制度，“從應屆高中畢業生中招生”的設想，鄧小平在“文化大革命”還沒有結束的1975年中就開始考慮了，他想從軍隊首先做起。在回顧自己在毛澤東和周恩來支援下領導的1975年1月開始的全面整頓時，鄧小平對學院負責人坦言相告：當時，教育戰線的整頓搞不動，“我就想讓軍隊帶頭，在軍隊搞一所國防科技大學，從高中直接招生。現在看來還不夠，還應當發展”。教育要兩條腿走路，要有重點。關於學習的內容他也考慮了：學生的學習“基礎是數、理、化、外語，從小就可以學ABC。從小學到高中多搞點勞動”，大學要對口勞動。你們要到基地去，當然也要到農村去參加勞動。教師的教學內容是：“你們要搞電化教學，也可以用幻燈、錄音。好教員講課錄音下來，其他教員輔導。”當然，搞電視教學現在還沒有條件。至於教學時間的比例分配，他提出，“技術院校要三七開”，三分時間用於政治，七分時間用於業務；“軍事院校，要七分軍事三分政治”；“政治院校，要六分政治四分軍事”。要注意培養學生馬列主義、毛澤東思想的世界觀，培養無產階級革命事業的接班人。與此同時，學校還要搞科研，因為教學和科研是分不開的。“只有把科研搞好，才能促進教學質量進一步提高”。
由上述鄧小平的談話可見，關於軍隊院校的辦學指導思想、內容、方法、科研等問題，他都有長期的思考。正因為如此，在教育戰線撥亂反正的大背景下，4個月之後包括軍隊院校在內的全國高校恢復高考招生制度，在他的果斷拍板下實施了。
正當鄧小平領導部隊軍事院校建設不斷提速的歷史程序中，卻遇到了怎樣看待曾經干擾軍隊院校建設和我軍現代化、正規化建設的歷史上“反教條主義”運動的困擾。
原來，1958年春夏召開的中央軍委擴大會議作出的《關於加強院校工作的決定》指出，在全軍院校和部隊的教育訓練工作中，存在著嚴重的教條主義。會議先後點了蕭克、李達、陳伯鈞、宋時輪、粟裕、葉劍英、劉伯承等同志的名，認為反教條主義鬥爭是“在建軍新階段中兩條軍事路線的鬥爭”，“軍事學院是教條主義的大本營”，“訓練總監部是教條主義的司令部”。會議揪出了“以蕭克為主帥、李達為副帥的反黨宗派集團”，強迫正在南京住院治病的劉伯承進京作檢討。會議之後，全軍自上而下地開展了反對“教條主義”和“單純軍事”觀點的教育和鬥爭。全軍開展了“反教條主義”運動，錯誤誇大我軍現代化、正規化建設過程中某些失誤，在我軍借鑑外軍即蘇聯軍隊經驗問題上發生的認識上的偏差。結果，不僅反掉了教育訓練在軍隊建設中的戰略地位，而且成為建軍新階段指導思想出現左的偏向的起點，為1964年軍隊院校整風、1965年批判軍隊“大比武”、1966年全軍指揮院校大規模焚燒教材圖書等一系列偏差作了鋪墊，對軍隊建設直接造成了嚴重消極影響。1980年秋，當全軍向現代化、正規化轉變的重大歷史關頭，鄧小平等開始否定“反教條主義”，為軍隊院校建設掃除了障礙。
1973年8月，鄧小平在一份申訴信上明確批示：“反教條主義”是一件歷史公案，拖了多年，當年受到迫害和衝擊的同志，要求做出正確結論，是合理的。1978年11月，經中共中央、中央軍委批准，總政治部發出通知，撤銷了對蕭克、李達等在“反教條主義”運動中的錯誤結論。
1980年1月，中央軍委調整了總參謀部領導班子，楊得志任總參謀長，楊勇、張震等任副總參謀長。新一屆總參謀部領導班子組成不久，總參黨委決定以教育訓練為中心，集中精力抓好三件大事：一是召開“801”會議，研究調整軍事戰略方針；二是召開中斷16年的全軍院校會議，即第十一次院校會議，調整有關事項，使院校的教育訓練正規起來；三是召開全軍軍訓會議，研究部署部隊的訓練工作。4月，三總部向中央軍委上報了關於開好3個會議的請示報告。特別建議：認真總結“文化大革命”14年來院校建設的歷史經驗和教訓。
總參有關首長透過視察北京以外地區院校，在京召開軍事、政治、後勤三大學院領導同志彙報會，瞭解和聽取各方面對開好院校會議的意見和建議。大家普遍反映，擔心再來一次“反教條主義”，或者批判“大比武”，被戴上教條主義、“單純軍事觀點”的帽子。他們強烈呼籲，第十一次院校會議只總結“文化大革命”以來14年的歷史遠遠不夠，應該全面總結中華人民共和國成立以來軍隊院校工作的歷史經驗教訓，特別要對“反教條主義”做出正確結論。
為此，總參黨委首先查詢當年的檔案材料，力求把情況搞清搞準。軍訓部將檔案材料報上來，總參首長一看都為難了，原來當年“反教條主義”領導小組組長是當時擔任總書記的鄧小平。這個問題平反不請示他恐怕誰也不好講。經再三斟酌，黨委會委託楊得志、楊勇、張震當面向鄧小平請示。
根據《鄧小平年譜》記載：國慶節前夕，鄧小平在住所會見楊得志、楊勇、張震，聽取關於召開第十一次全軍院校會議有關情況的彙報。在楊得志彙報到他要在這次會議上的講話中準備講1958年“反教條主義”是錯誤的，但擔心會反到鄧小平的頭上時，鄧小平表示：“可以講。”他說：“反教條主義”主要是整劉帥，最後還是我向毛主席提出來要保劉帥的。“當時，有人對我說，二野打仗主要靠你。我向毛主席講，沒有一個好的司令，我這個政委怎麼行呢？”他們專門詢問了“反教條主義”問題，請示如何處理這件事。鄧小平聽後當即果斷評價說：“反教條主義是錯誤的。”他還回憶說：當年我是反教條主義領導小組組長，那是毛主席指定的，我不好推辭，但是在反教條主義過程中，我保護了劉帥。我曾對毛主席說，你不是說二野能打仗嗎？沒有司令員，哪有我這個政治委員，打仗主要靠司令員。其實，鄧小平的這些話，早在1959年廬山會議之後的一次會議上就講過。當林彪在會上說二野打仗主要靠鄧時，鄧小平說，不對，我只是個政治委員，沒有劉，哪有鄧。楊得志等三位聽了鄧小平的話，如釋重負，深為他對待歷史問題實事求是的態度和勇於撥亂反正的立場與胸襟所折服。
時至1986年，中共中央正式否定了那次批判，黨中央在劉伯承的悼詞中寫道，“1980年鄧小平同志明確指出：那次反教條主義是錯誤的。這也是中央一致的意見”。
鄧小平一錘定音，為開好全軍第十一次院校會議，解決了一個至關重要的難題。
1980年10月21日至11月7日，全軍第十一次院校會議在北京召開，全軍115所院校的院（校）長、政委，三總部、各軍兵種、各大軍區主管教育訓練的領導和職能部門的代表，共449人參加了會議。會議首先全面總結了中華人民共和國成立以來軍隊院校建設的歷史經驗和教訓，對幾個重大歷史問題，其中包括“反教條主義”問題，澄清了是非，為院校恢復了名譽。
1981年9月19日，鄧小平赴華北檢閱了軍事演習。他在演習講話中公開為軍隊正規化建設恢復了名譽。1986年10月7日，劉伯承久病辭世。鄧小平在《悼伯承》一文中再次強調：“1958年批判他搞教條主義，那是不公正的。完全可以說，伯承是我軍現代化、正規化建設的奠基人之一。他在這方面的重大貢獻，永遠值得我們珍視。”1993年，《鄧小平文選》第三卷出版，經他審定，《悼伯承》一文被收入這部重要著作中。在他的指導下，第十一次院校會議以來，全軍院校大步前進、大膽改革，各項建設取得了重大成果，院校建設指導思想實現了戰略性轉變，使院校建設向革命化、現代化、正規化大大邁進了一步。
1985年12月，根據鄧小平等指示，軍事、政治、後勤三大學院合併，組建了全軍綜合性指揮院校——國防大學，實現了我軍最高學府的重大改革。鄧小平對國防大學十分關心，他題寫了校名、研究生院院名，審定了國防大學第一屆領導班子成員的組成，批准了對學校建設具有根本指導意義的139號檔案。
