幾乎每個研究生命科學的學者都會需要用到大量的資料,而NCBI包含的各類資料庫無疑是科研資料積累的寶藏,這個寶藏等待著所有小夥伴們的挖掘。
很多剛接觸生物學研究的小夥伴經常會問:
應該如何使用NCBI查詢目的基因序列、
怎樣進行引物的設計、
如何使用BLAST進行序列比對?等等
針對這些問題,小編收集整理了一系列教程,為科研工作者提供一份相對專業和簡明的資料,以作基礎參考之用!
在本次推送的1、2、3篇文章我們會同步解答。
什麼是NCBI?
NCBI (National Center for Biotechnology Information),美國國家生物技術資訊中心。NCBI開發有Genbank等公共資料庫,提供 Pubmed、BLAST、Entres、OMIM、Taxonomy、Structure等工具,可對國際分子資料庫和生物醫學文獻進行檢索和分析,並開發用於分析基因組資料和傳播生物醫學資訊的軟體工具。
NCBI首頁介紹
如何查詢mRNA、cDNA、蛋白序列
以人類GSR基因為例
1、進入NCBI主頁:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/,在search後面選擇Gene,在for後面填寫需要查詢的基因的名字,檢視結果。如圖所示:
2、點選紅框部分,進入並下拉,可以看到大量資訊(只抓取了部分)。如圖所示:
3、找到NCBI Reference Sequences (RefSeq),它分為幾個板塊,第一個mRNA and Protein區可以讓我們找到連續的編碼mRNA序列和蛋白序列。在mRNA and Protein下面有兩個序列程式碼(中間劃有一個箭頭),這代表了mRNA序列和蛋白序列。分別點選就可以得到相應的序列頁面。後如圖所示,mRNA序列(部分):
蛋白序列如下:
這樣我們就可以找到基因的cDNA序列、連續的編碼mRNA序列、蛋白序列以及含有內含子的編碼DNA序列了。
相信這些操作對很多小夥伴還是有用的。
好,目的基因查詢的內容就介紹到這裡。
本次推送內容的第二篇文章:NCBI使用教程2-QPCR引物設計,快去看看吧~