生物個體的許多生命活動過程都與蛋白質相互作用有密切的聯絡，因此隨著生命科學研究的不斷深入，研究蛋白質相互作用成為了揭示各種生命活動機制的必要步驟。迄今已經發展出了多種用於研究蛋白質相互作用的技術和方法，例如免疫共沉澱，酵母雙雜交技術，雙分子熒光互補技術，熒光共振能量轉移技術和串聯親和純化聯合質譜分析的方法等。
Co-IP 是一種基於抗原與抗體的專一性結合的實驗方法，廣泛應用於檢測生理條件下蛋白質與蛋白質之間的相互作用。這種方法常用於鑑定兩種目標蛋白質是否存在相互作用，也可以用於確定某種已知蛋白質和其他未知蛋白質之間的相互作用。
Co-IP 的基本原理：首先在非變性條件下使用溫和的細胞裂解液裂解細胞，此時存在於完整細胞內的蛋白質與蛋白質之間的相互作用被保留了下來。隨後向細胞裂解液中加入偶聯某種抗體的瓊脂糖珠並進行孵育。當蛋白質A 被其抗體特異識別並結合後，A 可以與其抗體免疫沉澱，那麼在細胞內與A 存在相互作用的蛋白質或者蛋白複合物B 也能沉澱下來。利用洗脫液洗脫沉澱下來的蛋白，透過Western blotting 對這些蛋白進行鑑定和分析。
實驗方法
收集已同時表達蛋白X和蛋白Y的細胞。
吸淨細胞培養液，用PBS小心漂洗一次，然後加入500 μl預冷的Lysis/IP buffer，於冰上放置15 min，每隔幾分鐘晃動一次。
將細胞裂解液轉移至1.5 ml EP管內，於4℃，13,000 rpm離心 5 min。
將離心後的上清留取少量樣品後（所留樣品加入等體積的2×蛋白上樣緩衝液，混合後，於100℃煮沸5 min，離心後放置-20℃儲存備用），對蛋白含量進行定量，補充Lysis/IP buffer 至1 ml左右，然後分別加入50 μl 50％的Progein G beads，於4℃環境下，將EP 管固定到混勻器上使混勻器勻速顛倒旋轉1 h 以除去Protein G beads 非特異結合的蛋白。
於4℃，13,000 rpm 離心 5 min，將上清液再次轉移至1.5 ml EP管內，加入1 μl的正常小鼠IgG或者是FLAG單克隆抗體，於4℃環境下，將EP管固定到混勻器上使混勻器勻速顛倒旋轉1 h，使抗體與蛋白進行特異結合。
加入50 μl 50％的Protein G beads，於4℃環境下，將EP管固定到混勻器上使混勻器勻速顛倒旋轉1 h，使Protein G beads與抗體結合。
於4℃，13,000 rpm離心 5 min，棄上清，然後用Lysis/IP buffer洗滌三次，每次都在4℃環境下，將EP管固定到混勻器上使混勻器勻速顛倒旋轉15 min。
最後一次洗滌完畢，棄上清，管中只剩下beads，加入25 μl的2×蛋白上樣緩衝液，混合後，於100℃煮沸5 min，離心後即可上樣SDS-PAGE膠或者放置-20℃儲存備用。
注意事項
細胞裂解要採用溫和的裂解條件，避免破壞細胞記憶體在的蛋白間相互作用，裂解、洗滌時需使用非變性裂解液，如 NP-40 和 Triton X-100。
由於不同細胞裂解條件不一樣，建議透過預實驗來確定最佳條件。
抗體的選擇十分重要，選經過 IP 驗證的抗體，可以減少假陽性機率。
注意抗體/緩衝液的比例，抗體稀釋過度不利於後續抗原抗體結合；而抗體過多就不能完全沉降在固相基質上，殘存於上清。
操作時，為了避免損傷 beads，使用大口徑或截短槍頭進行加樣。
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