政協會議閉幕後，國共雙方依據政協決議，開始對恢復交通、整編軍隊等一些具體問題進行商談。
1946年2月初，馬歇爾首先提出一個“整編中共部隊及中國政府軍合併之基本方案”，此方案的主要目的是要使中國軍隊像西方國家軍隊那樣，真正建立在軍隊與政治分離的基礎之上。
2月5日，周恩來就與馬歇爾、張治中會談的情況向中共中央彙報：馬歇爾主張軍隊國家化，必須改變中國軍隊制度及軍人思想，採取西方民主制度；整軍機構最好由三人小組擬好計劃後，另外組織三人執行部，分派三人小組至各地監督實施等。張治中在表示同意馬歇爾的意見的同時，提出國民黨軍委會中有人在統編數目上存在反對意見；要求中共部隊按照七分之一的比例整編等。我方的意見是可以原則同意馬歇爾的整軍建議，因為其統一整編的辦法較為公平；關於整軍程式，我方主張先平行整編，各編各的，堅持解放區整編為20個師，之後要再按六分之一比例遞減。2月6日中共中央覆電，肯定了“馬歇爾所提辦法，對於破壞國民黨及地方軍隊的原來系統是徹底的”，表示“應在原則上贊成他的意見”。但中共中央認為，方案中許多東西還僅僅是馬歇爾的幻想，“是今天行不通”，“軍隊中的派系亦將長期存在”。同時，中共中央不同意透過把國民黨軍隊與共產黨軍隊混編的辦法來實行整軍，駐地亦要求在現有地區，第一步整編至少要堅持7個軍20個師。實際上，為保持對軍事力量的控制，中共中央已經決定要設法把大部分武裝儲存在地方部隊中。
2月11日，周恩來在軍事三人小組預備會上發言時，對小組討論範圍、軍隊整編、徵兵問題、軍事制度、軍隊教育、偽軍、土匪、執行機構等15個問題，充分闡述了中共的主張。提出三人小組的任務是討論國共雙方軍隊整編問題，建議整編分兩個階段進行，第一階段按照《政協決議》和《雙十協定》規定的數目整編；第二階段整編的數目待三人小組研究之後統一整編。
2月14日，周恩來、張治中、馬歇爾舉行整軍會談，對馬歇爾提出的關於整編軍隊的基本方案進行研討，進展較為順利。關於中共軍隊之數目，雙方同意現編為18個師，以後當全國軍隊編為60個師時，中央軍編為50個師，中共軍則編為10個師，合併編成。但是，關於軍隊與解放區問題，國共雙方的分歧較大。蔣介石意在透過整軍讓中共交出軍隊、交出解放區政權。中共則始終堅持遵照政協決議中關於軍事問題的協議進行軍隊整編。因此，在關於整軍協議的名稱問題，關於整編和統編的時間問題，關於憲兵和鐵路警衛隊的職權和組成問題等方面，國共雙方爭議激烈。
整軍談判經過多次交換意見和六次正式會談，於2月22日達成全部協議，2月25日由國民政府代表張治中、中共代表周恩來、美國總統特使馬歇爾正式在《關於軍隊整編及統編中共部隊為國軍之基本方案》（簡稱《整軍方案》）上簽字。全文共八條，主要內容是規定國共雙方軍隊按五比一的比例整編，全國陸軍為108個師（每師人數不超過1。4萬人），其中中共部隊18個師；雙方編餘人員限期全部復員。此外還對雙方軍隊的統帥權、統一編制的時間、地區配置以及地方保安部隊的組織等做了規定，並確定以軍事調處執行部為本方案的執行機關。
《整軍方案》的簽訂，是國共重慶談判繼《雙十協定》和《停戰協定》後，爭取和平民主所取得的又一項重大成果。它的簽訂，有力地證明蔣介石被動地承認了中共軍隊的合法性，同時也被動地承認了自己只是國民黨軍隊的領袖，而非全國武裝力量的統帥。由此，中國共產黨領導的軍隊在政治上取得了與國民黨軍隊平等的地位。在《整軍方案》中確立的國共雙方軍隊五比一的比例，使得蔣介石的獨裁內戰政策受到很大限制，並且可以從政治上保證“地方自治”。總之，《整軍方案》在一系列基本問題上都比較有利於人民大眾，而不利於國民黨的獨裁統治。對此，1946年12月18日，周恩來在延安幹部會議上所作《一年來的談判及前途》的報告中談到《整軍方案》時就說明：“整軍方案是使人民的武裝受束縛的，但也受到保障的，這有它的兩面性。在數目上，五十比十，對我們是一個束縛，但也還不是主要的，主要的是規定要經過美國裝備，我們的十個師也包括在內。”“美國人是想經過這些東西來控制我們，但這是否能把我們完全困死了呢？不會的。整軍方案還有它好的一面，這就是地方自治。
人民的武裝是地方自治的東西，六十個師只是用在國防上的。地方自治要依靠人民的武裝的自衛，我們這裡已經自治了，不再需要國家的軍隊來防匪了，這樣就保障了我們解放區人民自己的武裝不受國家軍隊的干涉。”“在整軍方案中，我們在軍事上取得了與蔣軍的平等地位。抗戰八年，蔣以他的統帥地位來壓我們，但在談判過程中，馬歇爾來後，為了套我們，在地位上也不得不承認我們與蔣軍的平等地位，結果蔣成了一方面的統帥，而不是兩方面的統帥。”
《整軍方案》簽訂之後，國共雙方主要圍繞《整軍方案》中軍隊駐地問題，實際也就是解放區的問題，繼續進行談判。《整軍方案》和《政協決議》是密切相關的。由於國民黨仍然執意要消滅解放區，根本不願遵照《政協決議》在全國範圍內實現政治民主化，也不願實行地方自治的原則，《整軍方案》也就不可能得到有效的貫徹執行。事實證明，此後一年多的談判，這些問題都沒有取得任何結果。
要在中國實現民主，絕非一次會議和幾項決議能順利達到的。還在政治協商會議期間，政治協商會議陪都協會在重慶滄白堂舉行演講會，此會連續進行了幾天，到場群眾千餘人。1946年1月16日晚，政協代表郭沫若、張東蓀等人講話時，國民黨特務在臺下起鬨搗亂，破壞會場秩序，使講演會不得不中途散場。17日、18日、19日這三夜，搗亂進一步升級，特務大打出手，打傷了與會人員。這次事件引起了各方人士和廣大群眾的極大憤怒。
國民黨在決議上的簽字也只是民主的裝飾品。2月10日上午，重慶各界召開慶祝政協會議成功大會，近萬群眾聚集在較場口廣場。此時，國民黨特務、暴徒數百人衝進會場破壞，並跳上大會主席臺，毆打李公樸、郭沫若、施復亮等，以及與會群眾60餘人。這就是聞名全國的“較場口血案”。正當特務、暴徒行兇時，周恩來、馮玉祥等趕到會場，進行指責，特務、暴徒見狀四散而去。各界人士和人民群眾紛紛指責國民黨特務公開反對政協決議的暴行，要求國民黨當局嚴懲打人兇手。第二天，周恩來等11名政協代表聯名致函蔣介石，提出強烈抗議。《新華日報》《民主報》等均對“較場口血案”做了報道。
2月12日，周恩來收到一封署名“冠英”的特務恐嚇信，信封裡還裝了一顆手槍子彈。周恩來十分藐視地將原信交給《新華日報》公佈。
2月20日，北平國民黨特務又以河北難民還鄉請願為由，糾集地痞流氓數千人，舉行反共示威，衝入軍調部中共方面的辦公室，侮辱毆打工作人員。這月下旬，又發生了國民黨特務搗毀《新華日報》營業部和民盟機關報《民主報》營業部，打傷多名工作人員事件。周恩來氣憤至極，2月22日在記者招待會上發表宣告，揭露事實真相，譴責國民黨特務的惡劣行徑，並向國民政府提出抗議。
這一系列事件的發生，充分暴露了國民黨內頑固派敵視《政協決議》的本性。維護與破壞《政協決議》的鬥爭，同維護與破壞《停戰協定》的鬥爭一樣，仍然是今後一年內在重慶與南京兩地國共兩黨談判中激烈鬥爭的中心內容。
滄白堂事件、較場口事件、搗毀《新華日報》和《民主報》營業部事件，這一連串發生在光天化日之下的暴行，激怒了眾多善良的人們，使國民黨統治區的廣大人民從鐵的事實中得到一個鮮明的比較，逐漸看清究竟是誰代表著人民的利益，真心誠意地為中國的和平民主建設而奮鬥；是誰在違背民意，恣意地踐踏並破壞和平民主建設的事業。
