其間6時，慄田在驅逐艦“岸波”號上升起了將旗，告訴大家他像自己的名字一樣還是一個“健康的男人”。驅逐艦的裝備過於簡陋，缺乏必要的通訊設施，根本無法承擔指揮如此一支龐大艦隊的艱鉅任務。慄田下令“大和”號代行旗艦的通訊職能。6時36分，他發出訊號，說明自己將在合適的時間將司令部轉移至“大和”號上，第四巡洋艦戰隊唯一倖存的“鳥海”號劃歸第五巡洋艦戰隊橋本信太郎中將指揮。7時30分，慄田再次發出通知，在自己登上“大和”號之前，艦隊指揮暫時由宇垣中將負責。之前，宇垣已主動履行了司令官職能。
6時55分，“岸波”號將救援“愛宕”號落水人員的任務交給“朝霜”號，自己快速追趕主隊。“朝霜”號在救起剩餘人員之後，與“長波”號共同掩護重傷的“高雄”號向汶萊返航。宇垣同時致電西南方面艦隊司令官三川軍一中將，請求派出力量協助救援“高雄”號。
在不斷拉響的警報聲中，位於第一部隊後方6000米的第二部隊僥倖衝過了危險水域。8時15分，慄田通知各部，艦隊將於12時駛出巴拉望水道。但10時眼看水道出口遙遙在望時，接連又有發現美軍潛艇的警報發出。10時13分，“妙高”號在80度方向、5000米處發現了疑似敵軍的潛望鏡。13時09分，“能代”號在340度方向再次探測到美軍潛艇的蹤跡，編隊無奈再次恢復Z字形航行。慄田不得不將轉移旗艦的時間推遲至下午15時。事實上上述警報均屬子虛烏有。
下午15時23分，慄田終於率小柳參謀長及眾幕僚由“岸波”號轉移至“大和”號，隨後將旗艦更改的訊息通知各戰隊。轉移工作一直持續到15時45分。從林加錨地出發時，慄田所患登革熱仍未痊癒，現在下海游泳一番病情無疑更重了。面對前來迎接的宇垣，慄田只能苦笑著自嘲：“呵呵，被敵人漂亮地做了一記。”
宇垣也難得地關心了一次人：“長官，沒關係，現在戰鬥才剛剛開始。您的病情好些了嗎？”
“可能在水裡遊了一下，現在好多了，好像也不發燒了。”出師未捷身先“溼”的慄田搖著頭苦笑說。
由慄田親自兼任司令官的第四巡洋艦戰隊3艘重巡洋艦2沉1傷，受傷的“高雄”號還帶走了兩艘奇缺的驅逐艦。慄田艦隊損失的不僅僅是戰力和士氣，美軍潛艇的攻擊表明，艦隊的行蹤已完全暴露。同時也意味在通往萊特灣的航途上，艦隊還將遭受敵人的更多打擊。還有一個容易被大家忽略的因素：“愛宕”號被擊沉導致艦隊司令部包括通訊長在內的大部分通訊人員落水，他們隨後戲劇性地被“高雄”號救起，並拉回了汶萊基地。雖然“大和”號的通訊裝置完全沒有問題，但隨慄田登上戰列艦的通訊人員只有小島清文等兩名預備役海軍少尉。為應對未來的戰鬥，“大和”號必須分出至少一半的通訊人員承擔起整支艦隊的通訊聯絡任務。一方面由於人員不夠，另一方面艦隊通訊兵的素質往往要高於單艦的通訊兵，這就為慄田艦隊後來一系列電報遲延、誤傳、遺漏、錯譯等等埋下了伏筆。
23日日軍的損失不侷限於此。當天早些時候，美軍“鯛魚”號潛艇在馬尼拉外海發現了由兩艘巡洋艦和一艘驅逐艦組成的一支日軍艦隊。這正是21日“鰷魚”號發現並跟丟了那支隊伍，由“青葉”號重巡洋艦、“鬼怒”號輕巡洋艦和“浦波”號驅逐艦組成。凌晨3時45分，在北緯14度05分、東經119度43分即民都洛西北方卡拉維提角附近，艇長查普勒中校下令“鯛魚”號向佇列中央的重巡洋艦連續射出了6條魚雷，其中一條準確命中二號引擎室，導致巡洋艦右傾13度。傾斜狀態下的“青葉”號被“鬼怒”號艱難拖曳至甲米地基地。儘管美軍很快控制了菲律賓水域，但在甲米地完成簡單的維修之後，“青葉”號仍於12月12日平安返回本土吳港。此後它沒經歷大修，而是被降級到預備隊當作防空巡洋艦使用，直到1945年7月28日遭美軍空襲坐沉港內，戰後被打撈解體當了廢鐵。
為“青葉”號護航的兩艘日艦最後的命運更慘。10月26日，“鬼怒”號在馬斯巴特島附近海域被美軍艦載機擊沉。“浦波”號先是在24日的空襲中受傷。26日，它護航2000名陸軍士兵登陸奧爾莫克港後，在班乃島以西海域被美軍護航航母的艦載機炸沉。
在開戰近三年的時間裡，日本海軍才不過損失了4艘重巡洋艦——“三隈”號在中途島海戰中戰沉，“加古”號、“古鷹”號、“衣笠”號損失於瓜島戰役期間。如今在短短一天時間內，重巡洋艦竟兩沉兩傷，對聯合艦隊來說不啻為重大打擊。對這一結果，宇垣沮喪地在《戰藻錄》中寫道，“倒黴的一天，是向終點前進了一天的倒黴。”
雖然遭受了重大損失，但慄田手中仍然掌握著一支強大的艦隊。他早知道本次行動的代價極高，甚至全軍覆沒的可能性都是存在的。真正的難題是能否到達萊特灣，且艦隊仍保有足夠力量去打擊或消滅敵人。既然包括“大和”號和“武藏”號在內的5艘戰列艦還在，慄田也只有“擦乾淚不要怕，至少我們還有夢”，繼續率隊向萊特灣勇敢前行。夜幕降臨，艦隊向東駛向民都洛海峽。次日他們將穿越錫布延海，進入美軍艦載機的攻擊範圍。那裡將有更嚴酷的戰鬥在等待著他們。
當晚19時34分，慄田收到了參謀長草鹿於下午16時10分發出的電報，從內容看顯然是拍發給參戰各部隊的：聯合艦隊司令部判斷，美軍對我兵力集結的情況應該十分清楚——事實的確如此——估計敵軍會採取以下三種對策：
一、在聖貝納迪諾海峽和蘇里高海峽進出口部署潛艇群；
二、24日一大早出動航母艦隊和遠端轟炸機對我南北兩路艦隊實施空襲；
三、24日午後在聖貝納迪諾海峽東口至塔克洛班一帶集結兵力與我決戰。
聯合艦隊司令部提醒各部：小澤機動部隊應盡全力吸引敵軍主力至北方海域；加強反潛防空；水上部隊遭敵空襲時，基地航空部隊要把握時機，摧毀敵軍航空母艦。
23日當天，小澤率機動部隊繼續南下。清晨5時30分，小澤出動了11架艦載機——其中“瑞鶴”號9架、“瑞鳳”號2架——對135至252度水域實施搜尋，毫無發現。下午14時整，小澤接到宇垣發來的《第一戰列艦戰隊231026電》，驚悉第一遊擊部隊在巴拉望水道遭美軍潛艇伏擊，損失慘重。15時後，小澤又連續接到慄田發來的兩封密電，得知因“愛宕”號沉沒，慄田已將司令部轉移到“大和”號上。
當晚18時整，機動部隊航行至呂宋島恩加諾角東北780公里處，隨後以220度航向繼續向西南方向機動，準備前往次日早上放飛偵察機的預定位置——北緯19度10分、東經126度40分。當晚22時10分，小澤接到了草鹿參謀長發來的《聯合艦隊機密第231710番電》，除強調“繼續斷然實施既定作戰”之外，還命令機動部隊“極力吸引攻擊之敵，以彌補我水面兵力之劣勢”。
慄田率主力艦隊絕塵而去，巴拉望水道的戰鬥還未完全結束。在躲過日軍驅逐艦數輪深水炸彈攻擊之後，潛往遠處的“鰷魚”號再次伸出了潛望鏡，發現海面上已經空空如也。克拉蓋特決定向北航行迴歸最初的戰鬥路線。在航行了兩三個小時後，沒有發現任何敵情。下午14時45分，克拉蓋特發現海面上出現了艦船的桅杆。“鰷魚”號於是漸漸靠近，半小時後，他辨認出那是一艘受傷的巡洋艦靜靜地停在水面上，附近有兩艘高度警戒的驅逐艦。克拉蓋特決定等天黑後再下手——可真夠黑的。
