時隔一千多年後新疆再次納入中國版圖有多困難
新疆面積達一百六十六萬平方公里，在地理上是阿爾泰山、天山和崑崙山把其分為南疆和北疆兩個地方，還有我國最大的兩個盆地：塔里木盆地和準噶爾盆地，在乾隆時期被重新納入中國的版圖，佔我國總面積的六分之一。公元前60年西漢中央政權設立西域都護府，一直到西漢末年的王莽時期西域發生叛亂脫離了漢朝。
康熙十九年（1680）年的時候，衛拉特蒙古準噶爾部統治了回部，對回部首領實行人質制。 所謂的人質制就是讓當地首領的家人或者親屬關押在自己的統治範圍內做人質，一旦對方不服管教或者做了什麼違反自己規則的事情就將手上的人質處死。所以噶爾丹、策妄阿拉布坦和噶爾丹策凌輪流對大小和卓的父親和大小和卓進行肉體精神雙重摺磨。一直到乾隆二十年（1755年）清軍平定準噶爾以後將被囚禁的大小和卓釋放，兩兄弟帶著親信三十餘人投奔了清朝，清朝在平定伊犁以後派大和卓波羅尼都招撫天山南路各城。大和卓在葉爾羌依舊統領回部，小和卓則繼續留在伊犁掌管當地的伊斯蘭教務。
大小和卓是指大和卓波羅尼都，新疆喀什噶爾人，白山派和卓瑪罕木特的長子。小和卓霍集佔，白山派和卓瑪罕木特的幼子。和卓在波斯語裡面是“聖裔”的意思。
但是次年（1756）小和卓霍集佔還是無法壓制自己的狼子野心悄悄逃出了伊犁，參加了阿睦爾撒納（準噶爾策妄阿拉布坦的外孫）發動的叛亂，和卓兄弟趁機控制了喀什噶爾、葉爾羌等地。
乾隆二十二年，霍集佔殺死清軍副都統阿道敏，自立為巴圖爾汗。（乾隆二十一年的時候，阿道敏被察覺到霍集佔有異樣的定邊右副將軍兆惠下令，帶著一百索倫兵和三千厄魯特兵到葉爾羌和喀什等地去假裝慰撫，實則秘密捉拿。但是到了庫車以後霍集佔不僅沒有出來迎接反而關上城門不讓進入。但是阿道敏卻中了霍集佔等人的激將法被霍集佔生擒。雖然乾隆帝要求霍集佔立刻放還阿道敏，但是霍集佔還是一不做二不休地殺了他）
霍集佔這一行為直接給猥瑣觀望的大和卓波羅尼都打了雞血，他們在各城策反鼓動其他回部勢力一起反清，聚眾了數十萬人控制了天山南麓的大部分地方。
所以被清朝從階下囚變成天山的首領的兩兄弟忘恩負義地背叛了清朝。先是小和卓直接就反了，雖然大和卓還想著清朝對自己有恩但是也經不住弟弟的勸說和對權勢的掌控之心。
雖然大小和卓策反了很多當地首領貴族，但是其中有一個異類就是鄂對。鄂對是新疆維吾爾阿奇木伯克（官職），庫車人。在大小和卓準備反叛的時候他就因為反對而逃到伊犁去投奔清軍。
清朝剛開始還是想採取招安的手段來平息叛亂，畢竟打仗要錢要人。但是大小和卓像是殺紅了眼，也知道被清朝招安只能做一人之下的臣子，乾脆直接把清朝派去的使臣都給殺了。於是二十三年前（1758）乾隆發兵征討大小和卓，從吐魯番進發，在庫車、葉爾羌等地交戰。
剛開始是以兵部尚書雅爾哈善為將軍，但是後面因為他延誤了戰機被斬。雅爾哈善為愛新覺羅雅爾哈善，紅帶子宗室。乾隆二十三年命為靖逆將軍，討伐霍集佔等人。剛開始雅爾哈善連克敵人，斬首數千。霍集佔兵敗跑到庫車去佔領了那個地方，依山而城，用柳枝和沙土堆鑄防禦機制，這樣清軍的火炮就無法攻克他們。這種情況下本應該徐徐圖之的，但是雅爾哈善太過心急，直接讓士兵強攻進去，卻被敵方發覺反攻全軍覆沒了。鄂對（之前投誠的阿奇木伯克）當時還建議雅爾哈善不要著急，現在我們雖然攻不進去但是霍集佔也是彈盡糧絕了，只要我們耐心等到霍集佔到時候肯定會從鄂根河逃跑的，我們只要在那裡埋伏他就可以了。
這個建議沒什麼問題，但是雅爾哈善覺得鄂對是剛來投誠的自己不是很信任他就沒有接納他的建議。等到八天以後霍集佔果然待不住，連夜帶著四百騎兵從西門沿著鄂根河悄悄逃跑了。等到雅爾哈善帶人衝進去的時候早就人去樓空了。
乾隆知道這件事以後十分生氣，直接把雅爾哈善給貶了，雅爾哈善說是自己的手下耽誤了自己貽誤了先機。乾隆無語罵到：雅爾哈善先是彈劾自己的副都統順德納，後面又怪馬德勝，絲毫沒有請罪的意思，只知道甩鍋。你自己是領導不知道檢討自己，你的手下貽誤先機難道你自己不會看嗎？你這種人我都不處置這麼治理國家。然後就就讓兆惠斬首順德納，把雅爾哈善抓到北京城問罪，乾隆二十四年被斬首。
後面乾隆之知道沙克都爾曼吉並沒有反叛，氣得寫詩罵雅爾哈善殺降:
我師久圍賊庫車，殲其援者紛如麻。惟是將軍無紀律，卒致竄走彼麼麼。
軍書之什已志恨，後聞地穴為賊遮。預料將得空城耳，彼賊腹心仍逃他。
驛章忽至共披閱，一一如言曾不差。言則不差事則僨，用匪其人愧若何。
--- 清·弘曆 得庫車城志事
同年十月，乾隆授戰功赫赫的兆惠為定邊將軍，授鄂對為內大臣讓他和兆惠一起招撫和田。
霍集斯（蒙古正白旗，回部的王公，機智多謀、善於應變。在平定準噶爾、大小和卓叛亂有很大的作用）的兒子烏什伯克漠咱帕爾知道霍集佔會率軍前來，就提前做好準備找時機拿下霍集佔，畢竟家裡的背景根正苗紅。但是沒想到他身邊有奸細，這個計劃被提前告知給了霍集佔，霍集佔害怕被抓就沒有進城，也不知道怎麼想的居然讓跟著一起的霍集斯去勸降他兒子。
霍集斯心裡呵呵呵，畢竟當初自己也是被迫依附霍集佔的。現在霍集斯能逃離霍集佔他開心還來不及，但是表面一副波瀾不驚的樣子進了城。馬上城門一關臨陣倒戈了，然後讓自己的另外一個兒子呼岱巴爾氐去阿克蘇迎接清軍進城，霍集佔一看勢頭不對趕緊一路南下退到了喀什噶爾。
兆惠率領大軍進回把當初說要反清的回部貴族嚇得夠嗆，紛紛表示自己當初也是被逼的，自己是好人一定會支援清軍。
霍集佔逃到喀什噶爾以後被大哥一頓數落，霍集佔很鬱悶於是自己跑到葉爾羌駐守，並且玩起了輿論戰見人就說霍集斯被清軍給殺了，對他們忠心耿耿的霍集斯他們都能下手真是無恥！而且清軍不僅要殺他們這些領頭人還要來殺光所有的回人！大家這時候不反抗什麼時候才反抗啊。
因為吸取了雅爾哈善的教訓，兆惠決定輕裝出發，從伊犁出發率兵3000到達阿克蘇。但是現在已經是十月份了，如果不速戰速決的話對長途跋涉的清軍極為不利。所以兆惠僅僅帶著四千人馬從阿克蘇打到葉爾羌城下，準備誘敵出城速戰速決。但是沒想到在剛渡河的時候就被早就埋伏好的一萬五千名敵軍包圍了。
兆惠無法只好下令士兵在黑水河邊挖掘壕溝，安營紮寨等待清軍救援。結果大和卓波羅尼都聽說了這個好訊息以後十分開心，又率了五千人馬到葉爾羌加強對清軍對圍堵。但是大小和卓強攻了幾次也沒有成功攻下清軍，就繼續圍堵。
因為當初來得匆忙，清軍尚未準備足夠的糧草和彈藥。當時正是天寒地凍的時節，兆惠派出去五名士兵分別前往阿克蘇告急，頭等侍衛舒赫德說到求救立刻加急報告給乾隆皇帝。乾隆讓靖逆將軍納木扎爾去支援兆惠。當時負責防禦喀什噶爾的副都統愛隆阿跑到阿克蘇去催促援軍，在途中遇到納木扎爾率領的2000騎兵，愛隆阿趕緊給他說彆著急等大軍到了一起去。但是納木扎爾沒有聽愛隆阿的話，結果還沒有到達葉爾羌就被迎面而來敵軍打了措手不及，全軍覆沒。
在當時援兵不至，無險可依的情況下，兆惠只得見招拆招。大小和卓命令手下在河的上游決堤準備淹沒清軍，清軍在下游就挖排水溝。回軍武器充足，對著清軍的陣營就是一陣突突，等到回軍突突完了兆惠馬上讓手下砍掉草木把回軍打過來的彈丸都給收集起來做武器。後面兆惠讓屬下在營地周圍四處挖地窖找任何可以吃的東西，天無絕人之路居然在地窖裡面找到了五百石小麥可維持清軍半個月的口糧，如此即使是叛軍在黑水營周圍堆積了無數的堡壘來圍困清軍也不是大問題。
這時候戲劇性的事情就發生了。當時正好布魯特人在英吉沙爾城打家劫舍，清軍恰好又在黑水營放火燒了兩座回部營地。霍集佔嚇了一跳，他以為是清軍當初和布魯特人暗中勾結好了要來前後夾擊他，馬上擔驚受怕起來。而駐紮在阿克蘇副將軍富德和舒赫德終於回合了，帶著三千人馬冒著風雪去支援。巴里坤的辦事大臣阿里袞率著600名士兵，2000馬匹和1000駱駝與愛隆阿的援軍回合。
乾隆二十四年正月初六，富德和舒赫德的援軍在支援的路上遇到了葉爾羌趕過來的五千叛軍，仇人見面分外眼紅。雙方大戰三百回合廝殺了四天，清軍越打越勇步步逼近，初九的時候已經距離黑水營越來越近了。這時候阿里袞和愛隆阿的援軍也趕到和富德等人匯合。叛軍大驚退回了葉爾羌城內，此時被圍困在黑水營的兆惠知道援軍已到馬上組織人馬再次強突，殺敵數千，盡焚其壘。回軍大敗，完全撤回葉爾羌防守。當時大和卓波羅尼都被嚇破了膽，覺得清軍這次肯定要殺進來了還不如現在投降，但是小和卓霍集佔覺得還有機會反攻，膽子十分大不準哥哥投降。
果然兆惠考慮到軍隊現在已是十分疲憊不適合繼續作戰，隨即決定回到阿克蘇休整再做決定。
然後另外一邊的大小和卓沒有閒著，兩兄弟知道清軍撤軍以後趁機派兵佔領了和田。和田東接青海，南接西藏，西靠布魯特，戰略位置十分重要，此舉更加堅定了清軍要消滅其的決心。次年的六月份，乾隆再次派兵討伐大小和卓，攻克和田直奔葉爾羌。
霍集佔兄弟在退回葉爾羌以後十分害怕清軍的攻勢，霍集佔之後派人聯絡了蔥嶺以西的巴達克山、浩罕等國。但是浩罕一直沒有回信，霍集佔又害怕當初打家劫舍的厄魯特人要打他們的主意，和卓兄弟於是決定從巴達克山逃跑，再由巴達克山逃到痕都斯坦（克什米爾南部及巴基斯坦北部）。
彼時富德從和田出發進兵葉爾羌，兆惠率兵九千從烏什南下進兵喀什噶爾，阿里袞率兵三千進兵巴爾楚克。霍集佔接到訊息以後趕緊派親信通知自己的哥哥波羅尼都趕緊出逃，前來攪局的厄魯特人搶劫了喀什噶爾城北的阿拉古，波羅尼都派手下出戰卻被百餘人的厄魯特人打敗。波羅尼都藉口要抗擊厄魯特人，在城裡搶家劫舍，毀壞城市的建設，要挾喀什噶爾的貴族和平民跟著自己一起逃，做障眼法。多數平民不願意跟著和卓兄弟逃命，四處逃散，被其他縣城收留。
清軍隨即駐入喀什噶爾、葉爾羌等地。乾隆派兆惠繼續駐守喀什噶爾，富德和明瑞等人繼續追擊和卓兄弟。
乾隆二十四年大小和卓兵敗西逃，經蔥嶺進入巴達克山，被巴達克山首領素勒坦沙抓住並殺死。後面素勒坦沙把大小和卓的屍體交還給了清朝並且 和清朝多次交涉建立了聯絡。其實就是雙方互相利用的關係，乾隆認為素勒坦沙交還大小和卓的屍體十分有眼力見，甚至說巴達克山為“第一西方足嘉國“。在素勒坦沙看來就是清朝是個十分龐大的勢力團體，巴達克山可以依靠清朝發展。交還屍體就是攀附清朝的墊腳石，所以後面多次向葉爾羌的駐兵求救清朝都投入了相當的兵力或精力來維持邊疆的穩定。
大小和卓之亂平定後，中國和西亞、南亞的陸地貿易之路重新開啟。中國的茶葉、瓷器、絲綢等從葉爾羌等地流入波斯和俄羅斯等國家，經過伊拉克進入英屬印度賣入歐洲。俄羅斯的皮革、火器等也由葉爾羌流入中國，當然還有萬惡的鴉片！
從此，新疆再次回到了中央的懷抱，納入中國的版圖，成為中國密不可分的一部分！
最後不得不感慨一下，大和卓波羅尼都真的是又菜又愛玩，從最開始就是看著弟弟造反做老大他自己也要湊熱鬧，後面清軍打過來了他就害怕讓弟弟不要去惹清軍甚至一度要投降的地步。如果不是親哥哥小和卓早就把他掐死了，當然小和卓也是個菜雞但是有膽量比大和卓好了不是一點半點。
