生物學證據推翻考古發現！
先說結論，科學家已經透過基因分析得出：美洲原住民，不會是古代日本繩文人的直接後裔！
對於這個新的研究結果，加州大學考古學家布賴恩法根表示：
研究人員的確給出了更加令人信服的證據，足以證明第一枚美洲原住民的直系祖先並非此前推測的日本繩文人，這對於大家瞭解第一批美國人是怎麼來到這片土地上來說，已經取得了很大的進步。
在研究的時候，科學家收集了大量牙齒，對比美洲原住民和古代日本繩文人的牙齒差異，因為，我們的牙齒裡面也隱藏了不少遺傳資訊。為什麼牙齒有很多形態？說得直接點，那就是不同基因組合的結果，遺傳起源和親緣關係都會在牙齒遺傳上有所體現，生活在不同地方的人可能發明相似的工具，但不可能想長出什麼樣的牙齒也可以。
因為，牙齒長什麼樣子，很難因為周圍的環境而發生很大變化，這也是為什麼觀察一個血統是什麼樣子，從牙齒入手也是一個不錯的選擇。所以，科學家們在進行這項研究的時候，收集了一千多組、涉及25種不同形態的繩文人和美洲原住民的牙齒，它們的時間距離現在都比較久遠了，怎麼都得一萬多年了，還包括一些東亞其他古代群的牙齒。
第一批美國人、乃至美洲原住民的祖先，其實是東亞的另一個未知群體？
有了牙齒的DNA分析，美洲原住民的祖先是古代日本繩文人這個推論，應該不會再有多少人還會相信，因為親緣關係證據已經推翻了考古理論。但是，科學家們也認為，美洲原住民的祖先，很可能是來自東亞的群體，只不過目前還沒有誰能確定，到底是東亞的哪個未知的群體。
也就是說，雖然排除了日本繩文人是第一批美國人、乃至美洲原住民祖先這個考古理論，但是，既然它們都來自東亞，那就不能確定日本古代繩文人，以及美洲原住民，會不會同為更古老共同祖先的後裔，從時間上來推算，也就是還不到三萬年前的樣子。
從目前掌握的情況來看，科學家認為，美洲原住民的起源地可能是大白令海峽，位於如今的西伯利亞，因為當時冰川和冰蓋將他們困在了白令島，所以，在沒有辦法沿北美西海岸前行的時期，這些人就被迫與世隔絕。
這些年的時間，足以讓他們與東亞祖先進化出不同的特徵，但礙於當地被發現的遺蹟太少，所以才沒有辦法確認。
當然，也不能排除另一種可能，那就是美洲原住民並不是在來到北美之後才開始了另一個進化分支，而是在遷入北美這個時間點以前就已經繁殖了幾代人，而這種可能自然也就讓北美人的起源變得更加難以確定。
美洲人的祖先，怎麼會和日本繩文人聯絡到一起？
大約一萬六千多年前，當時的繩文人就生活在如今的日本北海道等地，這一點也透過現代本州和族的DNA證實過了，但繩文人也是從亞洲過去的，具體時間很難確定，大概是38000年前到18000年前這個區間。
關於北美的人直接祖先是古代日本繩文人這事，主要還是考古學家的猜測，因為，他們在繩文人居住舊址發現的一些石器，與後來在美洲原住民生活地找到的一些石器具有相似性，其中相似度最高的就是彈射武器這個類別。
然後，他們就推測古代日本的繩文人，應該就是北美人的直接祖先，大概在15000年前還沒有發生海平面上升的時候，也就是當時的北美和俄羅斯還被一片土地人連線在一起的時候，繩文人就已經透過白令陸橋到達了北美。雖然這個推測“懷疑”的可能性更大，並沒有什麼直接證據，但還是有不少人相信。
當然，一件沒有定論的事情，即便大多數人都信以為真，依然會有個別人會持懷疑態度，正如有的已經被定論的結論也會被推翻一樣，而斯科特和自己的一些同事們，便是因為不相信考古學理論的這個說法，文化相似並不是什麼罕見的事情。
而且，單憑石器工具具有相似的地方，就判定繩文人和美洲原住民是祖先和後代的關係，完全是站不住腳的，既然是確定生物學上的關係，當然要從基因分析這個維度來證實，包括美洲原住民的起源。
