日本自室町時代以來有著與中國和韓國截然不同的歷史。 但這個簡單的事實並不為大眾所熟知。 其實日本男性的基因在亞洲人中是獨一無二的。 以下是Hammer（亞利桑那大學）論文的相關部分。
Three haplogroups are almost entirely restricted to the Japanese archipelago:haplogroup D-P37.1 and its descendants (D-P37.1*, D-M116.1*,D.M125*, and D-P42), O-47z, and C-M8. These lineagesaccount for 34.7, 22.0, and 5.4% of Japanese Y chro-mosomes, respectively, and may have originated on the Japanese archipelago.
令人驚訝的是與朝鮮半島男性的差異。 儘管地理位置接近，但差異還是很明顯的。
只有中國、日本和印度洋阿達曼群島的族人在Y染色體基因中有很多被稱為YAP+的插入突變，但在YAP+突變的亞類分類上卻明顯不同。...
YAP Plus在世界範圍內的分佈的表格可以看出，日本男性Y染色體的35%在世界上是極其罕見和孤立的。 M57 是一種插入突變，肯定只發生在日本群島的男性中。 作為單倍群的細分，M57 突變顯示為 D1b 或 D2。
M96是替代突變，指單倍群E，在非洲黑人中很常見。
