1896年日本政府制定了新的海軍發展規劃，即增添海軍軍費購入六艘主力艦和六艘裝甲巡洋艦，這便是著名的“六六艦隊”方案。
以此為核心，日本海軍的主力戰艦噸位達到13萬噸，如果再算上艦隊方案的其他輔助艦艇，日本海軍的實力將超過遠東地區其他國家海軍力量的總和。
經國會的批准，兩期海軍擴建費的總額為2.13億日元，其中1.395億日元的購艦費用來自甲午戰爭後的馬關賠款，佔到總金額的65.5%。換言之大清用1.395億日元為日本海軍增添了10餘艘大型艦艇，使得敵人變得更加強大。
自鴉片戰爭國門被西方列強開啟後，清政府在對外戰爭中基本就沒贏過，就連中法戰爭這種到手的勝利也本著息事寧人的態度拱手讓人，伴隨著清王朝末期的是無休止的割地和賠款。
清政府面對列強入侵屢屢賠款，但在甲午戰爭前賠償總額還不至於說到大規模對外借款的地步。相比於同為島國的大英帝國，後者殖民地遍佈全球，可排程的資源非一般國家所能比擬；而日本就顯得資源貧乏，起步太慢。
所以一旦讓日本人抓住機會那便是獅子大開口，馬關條約不僅要求清政府割讓臺灣、澎湖列島及其附屬島嶼和遼東半島，還要求賠償白銀3億兩。這幾乎是此前50年清政府對外賠款總和的七八倍，即便後來減少了1億兩，但算上3千萬贖遼費，2.3億兩白銀的賠款對於清王朝而言就是天文數字。
賠款總額高達2.3億兩庫平銀，當時摺合約3.58億日元。這是一個什麼概念，1894年日本政府財政收入為9817萬日元，同期財政支出為7813萬日元，而同一年為了應對戰爭日本境內通貨總髮行量也不過才2.3億日元。
清王朝一年的財政收入才7000萬兩白銀，也就是說不吃不喝財政收入全部拿去支付賠款也要4年才能還清。這筆錢毫無疑問最終要攤在老百姓身上，日本政府要求如果清政府不能在三年內還清，那麼此後每年將面臨高達5%的罰息。
根據中日雙方的協定，所有賠款摺合成當時最有信用的金本位貨幣——英鎊，在倫敦分期支付給日本政府的代理部門，計8年付清。同時為了避免逾期後5%的高額罰息帶來的不必要損失，清政府還被迫在1898年透過向希望列強借貸的方式償還清賠款。
賠款中用於軍費擴張和臨時軍事費的金額佔總賠款比重的84.6%，其中撥給海軍的1.42億日元，其中1.395億用於購置新的軍艦。
日本政府視三國干涉還遼事件為“國恥”，在所謂俄國威脅的陰影下，憑藉甲午賠款，日本海軍在日俄戰爭前完成了“六六艦隊”計劃的擴軍目標，躋身一流海軍之列。
從清政府獲得的賠款中，相當大一部分根本就沒有轉移回日本，而是在倫敦直接付給了英國船廠用於訂購軍艦。正是依託鉅額的賠償金，日軍才能在10年時間武裝出了一支可以同沙俄海軍抗衡的軍事力量，為日俄海戰的勝利奠定了基礎。
