首先需要建立一個概念：什麼是中世紀。中世紀其實大致是指西羅馬滅亡的公元476年到東羅馬滅亡的1453年，將近1000年的歷史，這個時期稱為中世紀。
中世紀是歐洲封建制社會形成、發展的時期，也是三大宗教迅速傳播的時期，歐洲的基督教文化在整個中世紀取得了萬流歸宗的地位，也就成了歐洲宗教的正統。
很遺憾，這個時期的歐洲沒有強有力的政權，封建割據帶來的戰爭非常頻繁，這種頻繁的戰爭造成了科技和生產力發展的停滯，人民生活幾乎毫無希望，所以整個中世紀普遍被稱為黑暗時代。
是什麼造成了黑暗時代呢？基督教。要先從基督教的另外一段歷史也就是基督教成為國教之後說起。
公元393年，羅馬皇帝狄奧多西一世宣佈基督教為羅馬國教。在世俗權力的支援下，基督教的事業迅速膨脹、發展，遍佈整個歐洲大地。然而這種勝利又導致教會迅速與世俗的力量相融合，開始世俗化，信仰的力量慢慢被弱化。
《聖經》本來是信徒行事的最高準則，但是羅馬教皇規定，除了教會中的領袖以外，不準普通的信眾讀《聖經》，怕一般的信徒誤解、濫用《聖經》。更可笑的是，他們還把《聖經》鎖起來，這樣神職人員就可以任意曲解《聖經》，以人的意志取代神的意志。而且他們宣傳“教皇無誤論”，就是教皇說什麼都是對的，教皇是上帝的代言人，他講的話不是他的話，是上帝的話，所以教皇斷案也就是神斷案。這就很荒唐了。
正是因為有這種權力，所以羅馬的教庭開始壟斷屬靈的事務，也就是信仰層面的事務，慢慢地又開始把權力延伸到世俗的事務中。這個時期教會開始逐步從神的領地擴張到了世俗的領地，整個教會只關心世間的事，而忽略了精神的拯救。
在基督教教義中，上帝派他的兒子耶穌來到世間是來拯救世人的，是因為世人有罪。而這一時期教會關心的是怎麼樣在世間擴大權力，卻忽略了它的本職工作，這種世俗化代替了永恆的追求，使教皇處在一個既管世俗又管精神的至高無上的地位，這種力量和權力使教皇產生一種幻覺，以為他就是上帝，上帝就是他。因為神是至高無上的、萬能的，而神不會直接對人發號施令，要透過代言人教皇，所以教皇慢慢產生了這種錯覺，因為入戲太深而不能自拔。教皇是上帝嗎？不是。因為這種錯覺造成精神的分裂、人格的分裂，這種分裂使教皇開始干涉很多世間的事物。
整個中世紀的1000年裡，教皇乾的大部分事都是壞事，比如干涉世俗的王權，世俗的王權沒有得到教皇的認可，皇帝的加冕就是沒有法律效力的；還挑起十字軍東征，教皇說聖城耶路撒冷被佔領了，要信徒奪回聖城，於是發動了多次十字軍東征，演變成人類的一場浩劫。
正是因為教皇有管轄世俗事務的權力，搞異端裁判，迫害和阻滯科學發展，醫學也沒有進步。在歐洲黑死病盛行期間，大量的人死掉，人口銳減，整個歐洲死氣沉沉。
最關鍵的一點是，教皇還壟斷知識教育，壓制知識分子，不允許他們有任何新的思想，搞異端審判，把新思想者都處死、折磨死。
最糟糕的是，教皇為了斂財，還發明瞭贖罪券。教會非常腐化墮落，教皇揮金如土，寡廉鮮恥到了極致，沒有錢了就去騙人，要信徒買贖罪券。他宣稱，只要信徒把錢投到錢箱裡，“叮噹”的一瞬間，他的罪就被赦免了，死後能從地獄直接升到天堂。很多窮苦的人省吃儉用就是為了買贖罪券，還有很多妓女把賣身得的所有錢都買了贖罪卷，因為這是進入天堂的門票！這是多大的騙局？很多人因為對地獄感到恐懼，所以窮其家財換來的卻是這些廢紙。
